Роботу реакторів із блокового щита управління контролював старший інженер із керування реактором, маючи повну картину теплової потужності по всьому периметру. Коли у роботі установки можливі аварійні відхилення параметрів (перепади температури та інше), то спрацьовує автоматичний захист (АЗ-5) падають під власною вагою стрижні системи управління вглиб реактора, і він глушиться.
Раніше стрижні мали трос та моторчик і спускались повільно. Але Чорнобиль навчив: необхідно, щоб стрижні миттєво заходили в активну зону реактора. Тому сучасні реактори удосконалені: підведено повітря під високим тиском, і стрижні повітрям відстрелюються в активну зону за долі секунди та глушить реактор.
Конкретно на 4-му реакторі ЧАЕС стрижні пішли у зону, хоч аварійна система і спрацювала. Вони рухалися близько 56 секунд, а це надто довго. Таким чином, на ЧАЕС відбулася звична несправність під кодовою назвою «козел», лише зачепила весь низ реактора, що і призвело до вибуху.
Ще одна недоробка, характерна для РВПК-1000. Під час роботи реактора в активній зоні утворюється інертний газ ксенон, який у ньому розпадається на йод. Поки реактор працює, нейтронний потік розбиває цей йод, не даючи йому накопичитися. Якщо сталася аварійна зупинка понад 30 хвилин, потужність реактора неможливо підняти: йод, що накопичився за цей час, отруює реактор, спричиняючи так звану йодну яму. У цій ситуації вода, графіт і йод уповільнюють атомну реакцію. Тому реактор повинен добу простояти заглушеним на час розпаду йоду. Перекладаючи суть із технічного на фінансовий контекст це втрачені мільйони грошових одиниць. Тому в разі непередбачуваної зупинки, завдання ставилося однозначне запустити реактор у найкоротший термін.