Однако спастись Алексею V Дуки не удалось. Его участь была ужасной. Его хитростью пленили и, лишив зрения, выдали крестоносцам. Алексея V в Константинополе судили и, приговорив к смерти, сбросили с высокой Таврской колонны.
После бегства из осаждённого Константинополя императора Алексея V Дуки Мурзуфла, в ночь на 13 апреля 1204 года в храме Святой Софии знатью был коронован Константин Ласкарис (1170 19.03.1205), отпрыск знатного и богатого рода. Он должен был возглавить оборону от крестоносцев. Но дело было уже безнадёжно проиграно, и новый император вскоре сам был вынужден спасаться бегством. Вскоре он погиб в одном из сражений с крестоносцами. Реальная власть оказалась в руках брата изгнанного императора Феодора Ласкариса (1174 ноябрь/декабрь 1221/222). Феодор укрепился в Малой Азии и в 1208 году в Никеи короновался патриархом Михаилом IV Авторианом в качестве Византийского императора. В исторической науке новое государство получило название Никейской империи, по имени своей столицы. Новый Никейский правитель Феодор I Ласкарис, правивший в 1208 1221/22 годах, возглавил борьбу византийцев за возрождение империи. По свидетельству автора хроники о взятии Константинополя шампанского маршала Жоффруа де Виллардуэна, Никейский правитель Феодор I вступал в схватки с католическим войском при всяком удобном случае.
А что же Палеологи? Как представители византийской элиты они всё это время находились в самой гущи политических событий. Они едва не заполучили заветную корону. Дело в том, что император Алексей III, из рода Ангелов, правивший в 1195 1203 годах, не имея сыновей, выбрал своим наследником одного из представителей семьи Палеологов. А именно Алексиса Палеолога. В 1199 году император выдал за него свою дочь принцессу Ирину. Алексис принадлежал к наиболее знатной ветви рода Палеологов. Через свою бабашку он находился в родстве с прежней императорской династией Комнинов. Однако Алексису не суждено было наследовать корону. Он рано умер, ещё до того, как его коронованный тесть был отрешён заговорщиками от власти.
Другие семьи Палеологов не были так близки к престолу. Родственными узами, прежде всего брачными, Палеологи были связаны со многими аристократическими семьями, Торниками, Кантакузеносами, Музалонами, Траханиотами и другими, но самостоятельной роли, в силу своей слабости не играли. Их связь с царскими родами Комнинами, Дуками, Ангелами была не так сильна, чтобы знать могла выбрать их своими лидерами. Но как представители элиты они активно занимались политикой. Так среди участников заговора 1195 года против императора Исаака II Ангела упоминается Георгиос Палеолог. Его родной брат Алексиос командовал византийским флотом и был женат на дальней родственнице императоров из династии Комнинов. Сын последнего Андроникос (1190 1248/52) благодаря браку со своей родственницей Феодорой Палеологиней, породнился с Никейскими правителями Ласкарисами, заняв в новом государстве ведущие положение. Он стал великим доместиком, то есть верховным главнокомандующим. Феодора Палеологиня приходилась племянницей первой супруги Никейского императора Феодора I Ласкариса Анны Комниной. Чтобы подчеркнуть свою высокую родословную, Андроникос именовался тройным именем Дука-Комнин-Палеолог. Главой Никейской армии при Ласкарисах был, и его сын Михаил Палеолог. Однако в отличие от своего отца, служившего при сильных правителях императорах Феодоре I Ласкарисе и Иоанне III Дуке-Ватаце, Михаил Палеолог состоял при мягком слабохарактерном правителе Феодоре II Ласкарисе, занимавшимся более наукой, чем государственными делами. А при приемнике Феодора II малолетнем императоре Иоанне IV Михаил Палеолог вообще занял ведущее положение в государстве. К тому же Михаил был идеальным воплощением византийского аристократа, был красив и умён. Пользовался поддержкой народа и авторитетом у знати. Был очень богат и щедр. Все эти качества дополнялись его полководческими дарованиями. Он успешно воевал как с латинянами, обосновавшимися на Балканах, так и с сепаратистки настроенными единоверцами.
Михаил Палеолог был человеком решительным, честолюбивым и везучим. Он неоднократно устраивал заговоры против монарха, даже скрывался некоторое время у турок. Но всегда добивался прощения, благодаря ловкому обращению и магическому обаянию.
10 августа 1258 года умер император Феодор II Ласкарис, и власть перешла к его восьмилетнему сыну Иоанну IV (1250 1305). Его опекунами были назначены протовестарий Георгий Музалон и патриарх Арсений. Сразу же против регента был составлен заговор. Заговорщики не теряли времени. Уже через три дня после похорон императора Феодора II во время панихиды в Сосандрском монастыре регент Георгий Музалон с двумя братьями и своими сторонниками был убит. Новым регентом стал Михаил Палеолог. Действуя лестью, убеждениями, угодливостью и хитрость Михаил постепенно сконцентрировал всю полноту власти в своих руках, поставив на ответственные посты своих родственников и сторонников.
10 августа 1258 года умер император Феодор II Ласкарис, и власть перешла к его восьмилетнему сыну Иоанну IV (1250 1305). Его опекунами были назначены протовестарий Георгий Музалон и патриарх Арсений. Сразу же против регента был составлен заговор. Заговорщики не теряли времени. Уже через три дня после похорон императора Феодора II во время панихиды в Сосандрском монастыре регент Георгий Музалон с двумя братьями и своими сторонниками был убит. Новым регентом стал Михаил Палеолог. Действуя лестью, убеждениями, угодливостью и хитрость Михаил постепенно сконцентрировал всю полноту власти в своих руках, поставив на ответственные посты своих родственников и сторонников.
Не довольствуясь ролью регента, Михаил Палеолог сам провозгласил себя соимператором безвольного правителя Иоанна IV. А после того, как его войска в 1261 году овладели Константинополем, короновался в Святой Софии под именем императора Михаила VIII, положив начало новой династии Византийских императоров.
Тяготясь наличием соперника, молодого императора Иоанна IV Ласкариса, Михаил VIII Палеолог совсем отстранил его от управления страной, лишив знаков царской власти. Но и этого ему показалось мало. Он ослепил молодого императора и заключил его в темницу в Вифинии. Его сестёр Палеолог выдал замуж за иностранцев, чтобы исключить их из списка возможных претендентов на власть. Так Михаил VIII Палеолог стал единоличным правителем Византии, фактически узурпировав верховную власть.
Такое вероломство новоявленного правителя привело к затяжному конфликту с церковью. Дело в том, что после удачного военного похода в Греции, когда никейское войско под предводительством великого доместика Иоанна Палеолога, родного брата регента Михаила, разгромило латинян, в плен попал могущественный франкский правитель Пелопонесса князь Ахейский Гильом I Виллардуэн (1208 1278). За своё освобождение, Ахейский князь передал византийцам ряд крепостей в Пелопонессе, положив начало византийскому присутствию в Мореи. После этой победы военные лидеры провозгласили Михаила Палеолога императором. В Никеи же Михаил был признан соимператором лишь при условии, что не станет замышлять против молодого императора Иоанна IV Ласкариса и посягать на его монаршие права. Гарантом такого соглашения выступил патриарх Арсений. Михаил Палеолог клятвенно принял эти условия.
Нарушив клятву, отстранив малолетнего правителя Иоанна IV Михаил VIII Палеолог был подвергнут церковному отлучению, вступив в открытую борьбу с Константинопольским патриархом. Император свергал неугодных церковников и устанавливал новых патриархов. Но его противостояние с церковью только более углублялось. Более того Михаил VIII рассчитывая заручиться военно-политической поддержкой Испании и Венеции против турок вознамерился воссоединить Константинопольскую церковь с католической. В 1274 году император отправил в Рим своих послов. Папа охотно откликнулся на инициативу Византийского монарха о слиянии церквей, но православное духовенство, народ и знать резко осудили подобный демарш. Однако император был твёрд в своём решении. Сначала он пытался убедить своих оппонентов, а после перешёл к жёстким мерам. Своих противников император лишал состояния, отправлял в ссылку и тюрьму, казнил. По инициативе Михаила VIII в 1275 году в Константинопольские патриархи был избран беспринципный священник Иоанн IX Векка, который с большим рвением принялся реализовывать императорский план по соединению церквей. Ликвидация Православной церкви в Константинополе приостановилась лишь после смерти Михаила VIII в декабре 1282 года. Император-вероотступник не удостоился царских похорон.
Византийский философ Никифор Григора (умер 1360) в своей многотомной «Истории Ромеев» так охарактеризовал императора Михаила VIII Палеолога: «С природной кротостью лица он соединял в себе сановитость и повелительный вид, крепость телосложения и опытность в воинских делах Если бы он хотя на короткое время сдержал в себе нетерпеливость, если бы соблюл свой язык от клятвопреступлений, а руки от крови, если бы наконец не решился на нововведения в церкви, то, без сомнения, далеко оставил бы за собою всех своих царственных предшественников во всем, что превозносят похвалами».
Таким образом, первый Палеолог на императорском троне, фактически узурпировавший власть, создал опасный прецедент заигрывания с Западом. Отказавшись от миссии защитника веры, Михаил VIII Палеолог заботился лишь о сохранении своей власти, исключительно рассчитывая на помощь европейских монархов и Римской церкви. Императора более заботили европейские дела. Он успешно воевал с латинянами, значительно расширив территорию своей державы. У итальянцев были отвоёваны острова Накос, Парос, Кое, Кариест. У Ахейского князя на юге Греции область Лаконика, у болгар города Филиппополь, Месемврия и Анхиал. При этом Михаил VIII не уделял должного внимания своим восточным границам, что позволило туркам возобновить вооружённые набеги. Это привело к почти полному разорению и опустошению многих азиатских городов. Со временем, не смотря на успехи в противостоянии с латинянами на Балканах и Греции, именно турки на Востоке стали самыми опасными противниками Византийского государства.