Каким же образом индейцам удалось вывести породы, отличавшиеся в первую очередь цветовыми признаками? Ясно, что цветовая палитра не была результатом стихийного скрещивания мустангов, а выводилась целенаправленно. Нигде в мире нет диких лошадей яркой и разнообразной окраски, напротив, все они имеют ровный, неброский окрас, помогающий им маскироваться на фоне окружающего ландшафта. Например, одичавшие лошади Южноамериканской Пампы не имеют той характерной окраски, отличающих индейских пони Североамериканских Равнин. Их основные цвета коричневые и каштановые, а светлые тона практически никогда не встречаются. Убежавшие с окрестных ферм лошади светлого окраса уже во втором поколении теряют этот признак и сливаются с основной массой. Но у индейских пони дело обстоит совсем по-другому. Белый цвет не смешивается и не сливается с другими, а создаёт чёткий узор. Белый, в различных его оттенках, тот самый необходимый цвет (а вернее, отсутствие цвета) для создания пегой лошади. Он сильно бросается в глаза среди коричневых и чёрных тонов диких лошадей. В чем же дело? Скорее всего в том, что одичавшие лошади пампасов, сбегавшие с ранчо, с самого начала оказывались в условиях выживания в дикой природе, где маскировочный окрас помогал выжить. К тому же лошади использовались для работ, главным образом, местными пастухами-гаучо, имевшим испанские корни, и не жаловавшими цветастых лошадей.
Европейцы, особенно испанцы и англичане, не любили и всерьёз не воспринимали пегих лошадей, считая их беспородными и глупыми. Причина в том, что для военных целей отбирались лошади одного цвета и послушные воле седока. Излишняя броскость, чего бы она не касалась, в армии не ценилась и считалась неуместной. А поскольку Европа долгое время «развлекалась» именно войнами, этот стереотип закрепился в культуре. Европейцы полагали, что место пятнистых лошадей только в цирке и на крестьянском подворье. Это предубеждение относилось даже к белым лошадям. Испанцы, например, использовали белых лошадей для перевозки грузов, производства мулов и т. п. Точно так же обстояло дело и с лошадьми пегих или чубарых мастей, например, берберских пород, которых покупали обедневшие дворяне. Эти лошади также прибывали с испанцами в Новый Свет. Южную Америку заселяли, торговавшие африканскими рабами и выращивавшие сахарный тростник, относительно богатые португальцы. А вот в Северную Америку двинулись бедные конкистадоры, многие из которых имели одну лошадь на двоих. Вот эти лошади и попадали к индейцам, которые угоняли или покупали их у испанцев. В последнем случае сделка могла быть очень выгодной для испанцев, так как индейцы покупали приглянувшихся им коней по необычайно высокой цене, а испанцы с удовольствием продавали им «беспородных кляч», которых не слишком ценили. И лошади в табунах индейцев не были дикими, не выживали, используя против хищников маскировочный окрас. Напротив, индейцы тщательно культивировали необычные и яркие окрасы лошадей, защищали табуны от волков, которые, кстати, скоро были истреблены, и их место заняли безопасные для коней койоты. Поэтому яркий окрас сохранился даже у американских мустангов. Капитан Джон Грегори Борк опроверг старое суеверие, что белые лошади менее выносливые. Он заявляет, что в кампании против Сиу 1876 года белые лошади отряда Пятой кавалерии превосходили по выносливости всех остальных.
Действительно, американцы и англичане, как правило, предпочитали неброских лошадей, поскольку им претила индейская склонность к пестроте, да и в отношении белых и пятнистых лошадей в народе ходило множество суеверий. Белые лошади, главным образом, шли из Мексики. Вилкенс Кендол упоминал о вдове-мексиканке, хозяйке огромного ранчо в районе Дуранго, которая была владелицей 300 000 лошадей! (Честно говоря, цифры весьма сомнительны, скорее это означает что-то типа «очень много»). Из этих «сотен тысяч» одну тысячу составляли белые лошади превосходных испанских пород, заслуживающие самых высоких оценок. Мы не знаем, продавала ли она или дарила этих лошадей индейцам, но поскольку подобный «обмен любезностями» был широко распространенной практикой Дикого Запада в отношении дружественных племен или чтобы задобрить воинственных соседей, то вполне вероятно, что многие белые лошади из ее табунов попали к индейцам. Многие наблюдатели отмечали наличие белых лошадей в диких или индейских табунах. Кэтлин в 1834 году говорил о тысячах лошадях серой масти в стране команчей. В 1807 году Дэвид Томпсон описывает поимку «прекрасного жеребца стального цвета» в стране кутенаев. Принц Максимилиан, бывший на реке Миссури в 1834 году у племени шайеннов, среди всех цветов лошадей упоминает двух мышастых, двух белых и одну серую. Что же касается пятнистых лошадей, то пони подобного окраса стали любимцами индейцев практически с самого первого дня их появления. Фрэнк Доби говорит: «Некоторые торговцы из Мексики красят лошадей и продают их на Равнинах индейцам, любящим безвкусные цвета». В 1856 году отряд воинов кроу захватил в бою с другим племенем пегую лошадь. Скоро это животное было признано всеми как самое красивое и изящное среди тысяч лошадей, уже принадлежавших кроу. Оно стало гордостью целой нации!
Действительно, все индейцы любили пегих лошадей, но объясняли свой выбор по-разному. Например, апачи и навахо считали, что цвет наделяет животное определёнными магическими свойствами, связанными с цветами сторон света. Таким образом, пятнистая лошадь, как бы имеющая в своём окрасе элементы всех направлений, априори обладает комплексом магических свойств, и ей покровительствуют все божества.
Индейцы племени неперсе входили в особую категорию производителей и продавцов самой известной породы лошадей в Северной Америке аппалуза. Один из крупнейших специалистов по индейским лошадям и, в частности, по этой породе Фрэнсис Хэйнес, опираясь на множество фактов и признаки породы, утверждает, что изначально предки аппалузы были распространены по огромной территории Евразии от Дальневосточного Китая до Адриатики. Их, по его мнению, вывезли в Мексику из Нидерландов, принадлежавших в то время Испании. В провинцию Чиуауа было завезено несколько десятков лошадей подобной окраски. Впоследствии эти лошади распространились к северу обычными для того времени путями: кражами, набегами и торговлей в бассейне реки Колумбии. Впервые увидев лошадей «суперпегой» окраски у своих соседей племени палуза, неперсе дали породе имя этого племени. Вскоре они охотно «приняли» такую окраску, как свой «племенной» признак, сделав её, выражаясь современным экономическим языком, известной торговой маркой на всей территории Равнин, и стали считаться самыми выдающимися коневодами среди северных племён. Даже команчи, жившие на далёком Юге, отправлялись за 2500 км в набеги на Северные Равнины, чтобы пополнять свои табуны лошадьми этой породы. Некоторые команчи владели табунами в 250 аппалуза и более.
Сэм Фишер, старейшина племени неперсе, живший в самом сердце лошадиной страны в устье реки Палуза, в течение почти семидесяти лет разводил лошадей этой породы. Он говорил, что даже лучшие производители далеко не каждый раз «попадают в десятку», и окрас лошади зависит от множества причин. Фишер утверждал, что порода аппалуза целенаправленно и тщательно выводилась на протяжении целых ста лет, и для того, чтобы закрепить особенности окраса, селекционеры неперсе использовали особенно сильную «магию». Эта «магия» состояла в постановке отметин на беременной кобыле особенной краской, смешанной на основе секретных формул, которая вместе с магическими заклинаниями применялась «в подходящий момент». Сначала шаман опускал свой большой палец, а затем и все пальцы в краску, потом прикладывал большой палец к бедренной кости кобылы и делал отпечаток всеми пальцами кисти. И так трижды с определёнными интервалами. Ожидалось, что жеребёнок будет иметь отметины пяти пальцев на бедре, в дополнение к остальным пятнам. Отмеченный подобным образом жеребёнок признавался превосходным экземпляром, который впоследствии будет приносить хорошее потомство.
Чтобы предотвратить внеплановое скрещивание и сделать жеребцов более спокойными, их кастрировали, причем это действие сопровождалось особыми церемониями. На Севере Равнин среди специалистов в этой области выделялись плоскоголовые. Они утверждали, что переняли технику кастрирования от испанцев. Хидатса, сиу и многие другие племена считали, что мерины более покладисты и выносливы. Однако некоторые племена ценили жеребцов выше меринов, и, как следствие, «стерилизацию» не применяли. Так, навахо предпочитали покладистых лошадей, а апачи любили норовистых, особенно если дело касалось боевых действий. Воины команчей тоже считали кобыл предназначенными исключительно для женщин, и могли ездить на них только в случае крайней необходимости. В бой или на парад они отправлялись исключительно на жеребцах или меринах.
В селекционной работе индейцы тщательно подбирали лишь жеребцов, не уделяя внимания кобылам (исключение составляли неперсе). И только некоторые племена осознанно занимались селекцией. Например, сарси (дальние северные родственники апачей), несмотря на позднее знакомство с лошадьми, были хорошими коневодами, а кри не делали никаких попыток управлять размножением.
Фрэнк Доби утверждал, что «хорошие лошади были более обильны среди северных племён, чем среди южных, хотя первоисточник их был один». Он также считал, что менее жаркий климат и обильные травой пастбища Северных Равнин, особенно района Монтаны, способствовали общему хорошему состоянию табунов. Это не совсем так. Действительно, лошади района Монтаны были намного лучшими, чем пони Южной Дакоты, но лошади команчей и кайовов ни в чём не уступали первым, а часто и превосходили. В то же время лошадки Юго-Запада, которых, вероятно, и имел в виду Доби, явно уступали в экстерьере лошадям Северо-Западных Равнин. На Юго-Западе не занимались селекцией, предпочитая получать лошадей из Мексики. Навахо утверждали, что человек не имеет права вмешиваться в численность животных, созданных богами. К тому же, засушливый климат этой территории не слишком способствовал приобретению нужного экстерьера.