За семь лет ни один человек не нарушил монастырское уединение в Тянь-Шанских горах. И за всё это время здесь ни разу не встретили ни единого постороннего человека. О. Мисаил предлагал Владыке уйти дальше в горы.
Владыка отвечал:
Нет. Надо мне окончить жизнь, а вам нужно пройти школу на костях.
Монахи каждый день готовились к тому, что их арестуют. И вот однажды, в день празднования в честь иконы Божией Матери «Скоропослушница», была отслужена литургия, все причастились и увидели в небе «кукурузник». Нас выследили с самолета.
Стал этот «кукурузник» вывозить братию по два человека в Джалал-Абад, в тюрьму, и никто, ожидая своей очереди, не сбежал и не спрятался. По всей стране в газетах писали, что далеко в горах нашли целую банду монахов. Старца увезли первым, и его я больше не видел. Впоследствии стало известно, что владыку Петра посадили под домашний арест в городе Глазове Кировской области. Остальных, арестовав, обвинили в том, что они убежали от советской власти и убедили молодёжь не служить в армии. Было это в 1951 году.
Вывезенных с гор Тянь-Шаня монахов отправили в город Бийск. Здесь неподалеку от города была разрушенная деревенька с сохранившейся церковью. Они построили себе землянки и стали служить в церкви по монастырскому уставу. Вскоре была амнистия.
Братии многим достались паспорта, о. Мисаилу «волчий билет», разрешавший жить в каком-либо населенном пункте не более трёх недель. Стал он переезжать из города в город по всей Средней Азии. Вскоре, устав от бесконечных переездов, он ушёл в бега. Был объявлен во всесоюзный розыск. О. Мисаил узнал об этом позже, иначе бы не отправился тайно в родной Оренбург. Находясь на квартире у сестры, о. Мисаил обнаружил, что дом оцеплен. Едва сумел скрыться, выйдя из дома, надев поверх рясы женское пальто, а на голову накинув платок.
Где только не пришлось скрываться о. Мисаилу от ищущих его солдат. На чердаке в сене, которое прокалывали штыками, в коптильне, в колодце, в овраге. Один раз под койкой, на которой сидел энкаведешник, который допрашивал хозяев.
Вот проклятый одноглазый поп! жаловался он. На него всесоюзный розыск объявлен, а мы не можем его схватить.
В 1955 году о. Мисаил благополучно вернулся в Среднюю Азию. Там его всё-таки арестовали. Епископ Ташкентский Ермоген (Голубев, 18961978 годы жизни), взяв его на поруки, отправил в Пржевальск. С 1955 по 1956 год о. Мисаил был псаломщиком Троицкой церкви города Пржевальска Иссык-Кульской области.
О своей дальнейшей судьбе отец рассказывал так:
В начале 1956 года владыка Ермоген (Голубев) с сопроводительным письмом отправил меня в Москву к Патриарху Алексию I (Симанскому, 18771970 годы жизни). Девять дней прожил я у Святейшего в Чистом переулке, а потом, по его благословению, уехал в Одессу. С марта 1956 года пребывал в числе братии Свято-Успенского монастыря города Одессы на различных послушаниях, в том числе помощником уставщика и келейником митрополита Нестора (Анисимова, 18851962 годы жизни) и архиепископа Даниила (Юзвьюка, 18801965 годы жизни).
Шёл 1956 год. В этот год многие репрессированные архипастыри возвращались из мест заключения. Время было тревожное, но светлая память о сотнях, тысячах наших братьев во Христе, пострадавших за веру, отнимала у нас страх и вселяла упование на что-то светлое впереди.
Только приехал о. Мисаил в Одессу, звонит из Москвы Даниил Андреевич Остапов, с детских лет бывший келейником у Патриарха Алексия I, и даёт задание: встретить прибывающего из тюрьмы владыку Даниила (Юзвьюка).
Владыка Даниил во время войны управлял белорусскими приходами, находящимися на территориях, оккупированных фашистами. И после освобождения Белоруссии советскими войсками формальной причиной его ареста было то, что он, шантажируемый фашистами расстрелом всех православных священнослужителей Белоруссии, был вынужден официально поздравить с днём рождения Адольфа Гитлера.
В заключении владыка Даниил провел шесть страшных лет. В тюрьме он окончательно подорвал здоровье и ослеп. Нельзя было удержать слёз при виде этого глубокого старца слепого, с изможденным лицом. Но когда он сказал всего несколько слов, мы поняли, что перед нами богатырь духа. На следующий день снова звонок из Москвы.
На этот раз предстояло встретить митрополита Нестора (Анисимова). Владыка Нестор провел в заключении восемь лет. В тюрьме он тяжело заболел водянкой, и всё его тело было опухшим. Мы встречали его с носилками. Владыка видел всех нас в первый раз, но всё спрашивал и спрашивал сквозь слезы:
Деточки, родненькие, вы откуда?
Я, владыка, только из Средней Азии вернулся, отвечал я.
А чей будешь?
Схиепископа Петра духовный сын.
Петра Ладыгина?! воскликнул митрополит.
Да!
Тут же достал он из тюремной кирзовой сумки крест и, благословляя меня, сказал:
Отныне и до моей кончины будешь моим духовником.
Долго плакали мы со смешанным чувством горя и радости, вспоминая уже почившего к тому времени высокочтимого владыку Петра. Так я, молодой монах, имея от роду 33 года, стал духовником легендарного российского архипастыря митрополита Нестора (Анисимова).
У святых ворот Одесского Успенского монастыря нас встречала вся братия во главе с архимандритом Назарием 90-летним старцем, ещё до революции награждённым тремя наперсными крестами. Рядом с отцом Назарием стояли четыре заслуженных архипастыря. Все только что прибывшие из мест заключения.
Это были: уже упомянутый мною архиепископ Даниил (Юзвьюк), митрополит Серафим (Лукьянов, 18791959 годы жизни), епископ Феодор Аргентинский (Текучев, 19081985 годы жизни), духовный сын владыки Вениамина (Федченкова, 18801961 годы жизни), и архиепископ Иоанникий Красноярский (Сперанский, 18851969 годы жизни).
Когда мы подошли к святым монастырским воротам, владыка Нестор попросил опустить его на колени. Мы исполнили его просьбу, и он долго плакал, припав к монастырской земле. А затем старые архиереи все уже седовласые старцы, не видевшиеся друг с другом по 10 и более лет и претерпевшие за эти годы суровые испытания, долго и трогательно обнимались.
За что послал мне Господь такую радость назначили меня келейником всех пяти архиереев. А в мае в Одессу на патриаршую дачу приехал Святейший Патриарх Алексий I. И опять я, недостойный, был награждён большим утешением. Благословили меня каждое утро ходить к Патриарху, вычитывать молитвенное правило. У Святейшего были больные ноги, и когда я вычитывал правило, он всегда сидел на кровати в простой зелёной рясе, опершись на палочку.
Святейший часто приглашал старцев-архиереев к обеду. Пища всегда была очень простая. Завтрак, как правило, состоял из квашеной капусты с мёдом и ржаного хлеба. Обеды были немногим богаче. А какие беседы велись за этим столом! Я тихо сидел, благоговея от мудрых, исполненных смирения и любви речей этих старцев. При мне бывал здесь архиепископ Лука (Войно-Ясенецкий (18771961 годы жизни), канонизирован в августе 2000 года Русской Православной Церковью в сонме новомучеников и исповедников Российских для общецерковного почитания; память 29 мая (11 июня). Бывал и профессор Владимир Петрович Филатов с супругой Варварой Васильевной, а также профессор Владимир Евгеньевич Шевелев и многие другие истинные рабы Божии.
Но недолгой была наша радость. Вскоре, под Ильин день, всем проживающим в Одесском монастыре архиереям было предложено советскими властями разъехаться по разным дальним обителям.
Владыка Нестор, перед тем как уехать в Балтский Феодосиевский монастырь (монастырь вскоре был закрыт, сейчас возрождается), спросил Патриарха:
Ваше Святейшество, благословите отца Мисаила (моё монашеское имя) быть моим духовником.
Святейший благословил. Это благословение и позволило мне быть вместе с митрополитом Нестором до последних дней его жизни.
С 30 июля 1956 года архиепископ Борис (Вик, 19061965 годы жизни) перевел отца Мисаила в Балтский Феодосиевский монастырь Одесской области. Здесь он был помощником уставщика и келейником епископа Гавриила.
Но вскоре, в 1956 году, владыка Нестор был назначен управляющим Новосибирской и Барнаульской епархией.
В те годы во всей Новосибирской епархии, охватывающей почти всю Восточную Сибирь, оставалось лишь 50 действующих приходов. Владыка, несмотря на слабость своего здоровья, часто выезжал в самые дальние, затерянные в Сибирской тайге приходы. Сибирь очень напоминала ему Камчатку, где он ещё молодым иеромонахом совершал миссионерские подвиги. А когда владыка вспоминал про Камчатку, у него всегда наворачивались на глаза слёзы.