О. Мисаил с 1 сентября 1956 года по вызову митрополита Нестора духовник и священнослужитель Вознесенского собора города Новосибирска. С 14 марта 1957 года настоятель Покровской церкви села Чебаки Ширинского района, Красноярского края.
Здесь по представлению митрополита Новосибирского и Барнаульского Нестора (Анисимова) от 25 апреля 1958 года ко дню Святой Пасхи за труды на пользу Святой Церкви, за основание иноческой общины при Свято-Покровском храме села Чебаки о. Мисаил был удостоен высокой награды и за Божественной литургией в неделю Входа Господня во Иерусалим возведён митрополитом Нестором в сан игумена. В 1958 году переведен на настоятельское место в Дмитриевскую церковь города Алейска Алтайского края.
О. Мисаил с 22 сентября 1958 года в Оренбурге.
С 22 апреля по 15 июня 1959 года настоятель Казанской Крестовой церкви и сверхштатный священник Никольского кафедрального собора города Оренбурга.
15 июля 1959 года митрополитом Нестором (Анисимовым) назначен настоятелем Крестовой церкви с поручением обслуживать приходы Никольский с. Калиновки и Михайловский с. Донино-Кашинка Кировоградской епархии.
С 20 января 1961 года настоятель Крестовой церкви города Кировограда.
В 1962 году митрополитом Нестором (Анисимовым) награждён палицей, на праздник Покрова Божией Матери возведён в сан архимандрита.
После смерти митрополита Нестора (Анисимова) в 1962 году два года о. Мисаил был за штатом в Кировограде.
С 1964 года о. Мисаил переехал в Оренбург, жил на улице Куйбышева, 18 а, был за штатом и пенсионером Московской Патриархии.
24 марта 1970 года Его Святейшество, Патриарх Алексий II (Ридигер, 19292008 годы) наградил о. Мисаила юбилейным крестом с украшениями.
О. Мисаил в это время жил в Оренбурге, по улице Красноармейская, 12. Он, по благословению владыки Леонтия (Бондаря, 19131999 годы), тайно постригал в монахи и в монахини, особенно матушек, бывших послушниц Успенского женского монастыря.
Мечта о том, чтобы попасть на Афон, не оставляла о. Мисаила.
Когда он гостил на даче у Патриарха Алексия I (Симанского) в Переделкине, Патриарх подал ему надежду:
Ты знаешь, сейчас ожидается разрешение греческих властей на проезд монахов из России на Афон. Молиться надо, чтобы Господь дал, чтобы афонский русский монастырь к России вернулся.
Поясним, что к тому времени в Русском Свято-Пантелеимоновом монастыре на Афоне оставалось только восемь столетних старичков.
С 4 января по 13 мая 1971 года о. Мисаил настоятель Георгиевской церкви села Ярышева Гаврило-Посадского района в Ивановской епархии.
В 1971 году о. Мисаил получил приглашение от грузинского Католикоса-Патриарха Ефрема (Сидамонидзе, 18961972 годы жизни) переехать на жительство в Грузию.
О. Мисаил продал дом на ул. Красноармейской в Оренбурге, уже присмотрел дом в грузинском городе Лагодехи, дал задаток. Проездом из Грузии в Оренбург зашёл в патриарший собор в Москве, начиналась всенощная. Службу вел Местоблюститель патриаршего престола митрополит Пимен (Извеков, 19101990 годы жизни).
При встрече он сделал о. Мисаилу неожиданное предложение:
Мисаилушка! Куда ты пропал, куда делся! Мы ищем тебя отправить на Афон, а найти не можем.
Ваше Святейшество, а я уже в Грузию собрался, дом продал!
В какую Грузию, никакой Грузии, поедешь на Афон!
Я с радостью, мне старец Пётр предрек, что я буду на Афоне! Матушка Зосимия предсказывала, что я на Афоне буду.
Завтра в Патриархию приезжай за оформлением документов.
О. Мисаил оформил и потом целых пять лет ждал визы. Приехал в Оренбург, купил дом на Сызранской, 37а.
С 1971 по 1975 год опять за штатом в любимом Оренбурге.
Назначили на Афон от Московской Патриархии 29 человек, но комиссию окончательно прошли только девять.
Кроме о. Мисаила, был иеромонах Илья (сегодня это известный схиархимандрит Илий (Ноздрин)) и иеродиакон, остальные послушники.
О. Мисаила назначили благочинным, ризничным, уставщиком и духовником Русского Свято-Пантелеимонова монастыря. Также он выполнял послушания встречать и размещать всех паломников.
С Афона в 1979 году он приезжал в Оренбург на лечение, жил около трёх месяцев. О. Мисаила мучила глаукома, операцию сделал профессор Леонид Феодосьевич Линник, заведующий кафедрой глазных болезней областной больницы.
Кроме о. Мисаила, был иеромонах Илья (сегодня это известный схиархимандрит Илий (Ноздрин)) и иеродиакон, остальные послушники.
О. Мисаила назначили благочинным, ризничным, уставщиком и духовником Русского Свято-Пантелеимонова монастыря. Также он выполнял послушания встречать и размещать всех паломников.
С Афона в 1979 году он приезжал в Оренбург на лечение, жил около трёх месяцев. О. Мисаила мучила глаукома, операцию сделал профессор Леонид Феодосьевич Линник, заведующий кафедрой глазных болезней областной больницы.
В 1980 году исполнилось 36 лет его монашества. Его вызвали в Священный Кинот Афона (орган управления всеми афонскими монастырями) и в очень торжественной обстановке поздравили с этой датой. Сказали, что о. Мисаил выдержал много испытаний в безбожной России и потому достоин принятия схимы (с именем Серафим).
Схиархимандрит Серафим (Томин) 1923 2013 гг.
На Афоне о. Серафим (Томин) тяжело заболел, ему сделали в Афинах неудачную операцию по удалению желчного пузыря. Пришлось вернуться в Россию для лечения.
На пристани, когда корабль его увозил с Афона в Россию и он со слезами прощался с братией и монастырем, к нему подошел греческий старец и сказал:
Отец Серафим! Не плачь. Твоя болезнь не к смерти. Божья Матерь умолила Сына Своего, чтобы Господь послал тебе через эту болезнь дивный афонский монастырь в России.
Это пророчество, данное о. Серафиму на Афоне, сбылось, когда в 1996 году возник Свято-Андреевский мужской монастырь в селе Андреевка Саракташского района, действующий и ныне по афонскому уставу.
Вернувшись в Оренбург, о. Серафим (Томин) пролежал девять месяцев в областной больнице, его лечили рентгенотерапией.
Патриарх Пимен (Извеков) благословил о. Серафима (Томина) восстанавливать Свято-Данилов монастырь в Москве в качестве благочинного и духовника. О. Серафим не сдавал греческий паспорт, надеясь ещё когда-нибудь попасть на Афон, из-за этого его не прописывали в Москве.
Патриарх Пимен его уговаривал:
Что вы делаете? Зачем оставляете паспорт?
Ваше Святейшество, благословите, я поеду на Афон, обращался к нему о. Серафим.
Нет, не поедете, я не благословляю, будете с о. Евлогием (Смирновым) восстанавливать Данилов монастырь.
Данилов монастырь представлял в то время печальное зрелище, здесь находилась детская колония, большинство зданий было в аварийном состоянии.
Три с половиной года о. Серафим (Томин) участвовал в его восстановлении в 19821985 годах, братии было всего человек десять.
По благословению Патриарха Пимена схиархимандрит Серафим участвовал ещё два года в качестве благочинного, духовника в восстановлении Киево-Печерской лавры. В Киеве после чернобыльской катастрофы о. Серафим получил облучение ещё большее, чем при рентгенотерапии. Лечился в Москве, Оренбурге.
В 1990 х годах о. Серафим активно участвовал в восстановлении полутора десятков храмов и приходской жизни в городах Оренбурге, Орске, Кувандыке; в поселках Саракташе, Пономаревке, Матвеевке, Кармалке.
За многолетнее подвижническое служение Церкви «во внимание к усердному несению Вами возложенного на Вас послушания» в 2000 году о. Серафим был награжден Его Святейшеством Патриархом Московским и всея Руси Алексием II (Ридигером) Патриаршим Крестом высшей наградой Русской Православной Церкви.
Последнее послушание старца Оренбургский Афон.
В 1996 году Оренбургскую епархию посетил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. Патриарх освящал храм в селе Чёрный Отрог. Вместе с митрополитом Леонтием (Бондарем) Патриарху сослужил и о. Серафим. Святейший был знаком с батюшкой много лет и, узнав, что в Оренбургской епархии нет монастырей, но есть небольшая иноческая община, благословил основать монастырь.
Братия тогда жила в доме о. Серафима на Сызранской улице в Оренбурге. В одной из комнат была домовая церковь во имя великомученика и целителя Пантелеимона покровителя русского монастыря на Афоне. В годы гонений дом о. Серафима служил прибежищем для многих молодых людей, желающих жития монашеского. Многих батюшка постригал по благословению правящего архиерея.