С 11 по 28 августа 1996 года группа «Альфа» участвовала в боях в Грозном, сражаясь за комплекс административных зданий, в том числе за здание Управления ФСБ и общежития ФСБ. Чеченские сепаратисты нанесли мощный удар, взяв здание общежития ФСБ и выбив оттуда бойцов группы «В», потерявшей 15 человек убитыми[90]. Оборону здания Управления ФСБ держал сводный отряд, куда входили 21 сотрудник группы «А», 14 бойцов Краснодарской «Альфы» и работники УФСБ. Старший А. В. Михайлов; группа «А» потерь убитыми не понесла.
Освобождение заложников в Майкопе: 29 мая 1997 года оперативники УФСБ по Адыгее предприняли попытку арестовать криминального авторитета Аслана «Безрукого» Атажахова, чья банда орудовала в Адыгее и помогала полевым командирам Чеченской Республики Ичкерия. Сотрудники 13-го отдела группы «А» УФСБ России по Краснодарскому краю (краснодарский региональный отдел «Альфы») разработали план по захвату Атажахова в доме 383/2 по улице Пионерской в Майкопе, где он постоянно проживал. Атажахова силовики задержали без особого сопротивления, намереваясь затем обыскать его квартиру с целью изъятия оружия и иных доказательств его связей с преступным подпольем. Однако около получаса силовики не могли достучаться, а позже выяснилось, что его племянник и сообщник Азамат Тхитлянов, воевавший в Чечне на стороне сепаратистов захватил квартиру, взяв в заложники супругу Аслана гражданку Шовгенову и двоих детей Атажахова.
Оперативники пошли на штурм квартиры. Сотрудник «Альфы» прапорщик А. В. Дёмин открыл основную дверь, выломал вторую, однако после этого по нему открыл огонь Тхитлянов. Дёмин принял все пули на свой бронежилет, упав на лестничную площадку, а затем Тхитлянов бросил взведённую гранату. Дёмин накрыл гранату, спасая сослуживцев от гибели, но и сам погиб. Ещё один сотрудник УФСБ России по Республике Адыгея Сергей Садовничий получил тяжёлые ранения, от последствий которых скончался через два месяца. Ещё два оперативника Владимир Зайцев и Инвербий Джаримок также были ранены, но выжили. После перестрелки с Дёминым Тхитлянов объявил жену Атажахова и их детей заложниками, потребовав в обмен на их жизни освободить Атажахова и предоставить оружие и автобус для выезда в Чечню, угрожая в случае взорвать дом. Весь квартал Майкопа был оцеплен, всех жильцов дома эвакуировали. Атажахов, узнав о случившемся, потребовал от силовиков любой ценой вернуть ему сына.
Переговоры с Тхитляновым вёл по телефону начальник отдела по борьбе с террористом УФСБ по республике подполковник Леонид Михалюк. Тхитлянов для устрашения обстреливал окрестности из автомата; позже было установлено, что он находился в наркотическом опьянении. Спустя 12 часов после начала переговоров Тхитлянов вынужден был сдаться, выбросив с балкона автомат, пистолет и чеку одной из гранат. Тхитлянова задержали, изъяв у него фальшивый паспорт, наркотики и ещё две боевые гранаты. Он был приговорён судом к пожизненному лишению свободы, а Атажахов получил 5 лет тюрьмы. Погибших Александра Дёмина и Сергея Садовничего наградили орденами Мужества посмертно; в память о событиях на здании дома была установлена мемориальная доска в память о Садовничем и Дёмине.
Переговоры с Тхитляновым вёл по телефону начальник отдела по борьбе с террористом УФСБ по республике подполковник Леонид Михалюк. Тхитлянов для устрашения обстреливал окрестности из автомата; позже было установлено, что он находился в наркотическом опьянении. Спустя 12 часов после начала переговоров Тхитлянов вынужден был сдаться, выбросив с балкона автомат, пистолет и чеку одной из гранат. Тхитлянова задержали, изъяв у него фальшивый паспорт, наркотики и ещё две боевые гранаты. Он был приговорён судом к пожизненному лишению свободы, а Атажахов получил 5 лет тюрьмы. Погибших Александра Дёмина и Сергея Садовничего наградили орденами Мужества посмертно; в память о событиях на здании дома была установлена мемориальная доска в память о Садовничем и Дёмине.
Захват заложника у посольства Швеции: 10 декабря 1997 года в московском аэропорту «Шереметьево-1» был арестован Геннадий Тодиков, который угрожал взорвать самолет Ил-62М, следовавший по маршруту Магадан Норильск Москва. Тодиков требовал 10 миллионов долларов США и вылет в Швейцарию с целью получения политического убежища. В операции участвовал полковник группы «А» А. Н. Савельев, который проник на борт под видом технического работника и легко обезвредил преступника: как оказалось, у Тодикова был только муляж самодельного взрывного устройства, а сам Тодиков был психически нездоровым и пытался сбежать на Кубу через Швейцарию.
Через 9 дней Савельев стал фигурантом ещё одной операции: вечером 19 декабря на автостоянке возле здания посольства Швеции (дом 60 по улице Мосфильмовской) ранее судимый Сергей Кобяков, вооружённый пистолетом ПМ и гранатой Ф-1, захватил торгового представителя Швеции Яна-Улофа Нюстрема (швед. Jan Olof Nystrom) и его жену, находившихся в автомобиле Volvo 340 (позже он отпустил жену). Кобяков потребовал 3 миллиона долларов и вертолёт, угрожая убить Нюстрема. На место происшествия прибыла группа во главе с начальником управления А. В. Гусевым, а также его заместителями А. И. Мирошниченко и А. Н. Савельевым. Савельев предложил себя в заложники в обмен на жизнь Нюстрема, и Кобяков согласился.
Пока шли переговоры с участием директора ФСБ Н. Д. Ковалёва и шведского посла Свена Хирдмана, «Альфа» готовила план освобождения своего сотрудника и нейтрализации преступника. После полуночи Савельев перенёс сердечный приступ: агрессивный Кобяков потребовал передать ему коньяк в обмен на допуск врачей к заложнику, которые сделали Савельеву инъекцию. После часа ночи оперативники пошли на штурм: последовала перестрелка, в ходе которой снайперы всё же застрелили Кобякова. Савельева, находившегося в состоянии клинической смерти, срочно доставили в 64-ю городскую больницу. Несмотря на все усилия врачей, Савельева спасти не удалось. 22 декабря 1997 года начальник штаба группы «Альфа» полковник Анатолий Николаевич Савельев был посмертно удостоен звания Героя России.
Участие в сражениях Второй чеченской войны бойцов Управления «А» ЦСН ФСБ России: Осенью 1999 года в Дагестан вторглись исламские боевики, и для предотвращения дальнейших действий с их стороны в республику были направлены бойцы «Альфы». В том же году «Альфа» вступила в бои в Чечне против сил Чеченской Республики Ичкерия и иностранных исламских наёмников, которые шли в рамках начавшейся Второй чеченской войны. Параллельно в январе 2000 года в Иерусалиме оперативники входили в состав сил, охранявших Святейшего Патриарха Московского и Всея Руси Алексия II, который посетил Иерусалим по случаю 2000-летия Рождества Христова.
В марте 2000 года «Альфа» участвовала в нескольких важнейших операциях в Чечне. С 5 по 20 марта 2000 года в селе Комсомольское Урус-Мартановского района велись бои против вооружённой группы Руслана Гелаева: в ходе боёв на юго-западной окраине Комсомольского снайперская группа «Альфы», подошедшая с КП «Запад», помогла ликвидировать чеченских снайперов, которые не позволяли пополнить боеприпасы экипажам танков. В составе группы снайперов присутствовал в качестве наблюдателя майор А. В. Перов. 13 марта в посёлке Новогрозненский оперативно-боевая группа Центра специального назначения ФСБ, куда входили и бойцы «Альфы», используя тщательную маскировку участников, схватила «генерала армии Джохара Дудаева», полевого командира Салмана Радуева. В тот день Радуева пригласили на встречу в посёлок с земляком, который обещал одолжить ему 7 миллионов долларов, припрятанных в некоем тайнике, и он прибыл на встречу с охранником и казначеем, однако всех обезвредили усыпляющими инъекциями, а сам Радуев очнулся уже в самолёте спецслужб. 30 марта того же года в посёлке Ведено произошла трагедия: на управляемом фугасе подорвались трое оперативников разведгруппы ЦСН ФСБ, которые разыскивали убийц сотрудников Пермского ОМОНа. Среди погибших был капитан управления «А» Н. Н. Щекочихин, участвовавший в операции по захвате Радуева и награждённый за операцию медалью «За отвагу» (посмертно награждён орденом Мужества).
21 сентября 2000 года пос. Лазаревское, Краснодарский край. Освобождение строителей гостиницы, захваченных С. Хугаевым и И. Савченко.
1922 июня 2001 года станица Ермоловская (Алхан-Кала), Чечня. Сотрудники «Альфы» участвовали в полномасштабной специальной операции по уничтожению группировки полевого командира ЧРИ Арби Бараева (кличка «Эмир Тарзан»), прославившегося серией похищения людей и участии в работорговле в ЧРИ. В операции были задействованы сотрудники ЦСН, разведчики из 46-й бригады внутренних войск МВД, подразделения Министерства обороны. Схрон, в котором находился Бараев, вечером 21 июня обнаружили бойцы отряда «Русь»: в ходе короткого и упорного боя Бараев и его сообщники были уничтожены, но при этом погиб рядовой Е. В. Золотухин (посмертно удостоен звания Героя России).
11 июля 2001 года село Майртуп Курчалоевского района, Чечня. Уничтожение полевого командира Абу Умара (полное имя Мухаммед Ас-Сайяф) подручного Хаттаба, руководителя учебного лагеря «Кавказ», организатора взрывов жилых домов в сентябре 1999 года в Москве и Волгодонске. В ходе операции при обыске дома бойцы «Альфы» обнаружили тайный ход, замаскированный за половицей деревянной лестницы, и после открытия хода оттуда ударили автоматные очереди. Сотрудник «Альфы» был ранен, но его товарищи уничтожили засевшего в укрытии Абу Умара. В операции участвовали две группы бойцов отряда «Русь», которые блокировали отступление Абу Умара в горы.
31 июля 2001 года Минеральные Воды. Чеченцем Султан-Саидом Эдиевым захвачен автобус «Икарус», следовавший рейсом Невинномысск Ставрополь; террорист потребовал освобождение пятерых преступников, осуждённых в 1994 году за захват пассажирского самолёта в Минводах, в обмен на жизни более 30 пассажиров. В ходе штурма автобуса Эдиев был убит, заложники не пострадали. При обыске на теле Эдиева обнаружили стакан с боевой гранатой Ф-1 с выдернутой чекой, вставленной запалом вниз; ряд проводов, шедших к поясу на животе, и 1,5 кг литого тротила. Старшие в операции начальник Управления «А» В. Г. Андреев и А. И. Мирошниченко.
12 февраля 2002 года Старые Атаги, Чечня. В районе данного села во время разведки завязался бой против банды Хизира Хачукаева, насчитывавшей от 16 до 50 человек. Погибли двое оперативников «Альфы» майор М. П. Марченко и майор Б. Б. Курдибанский; ещё двое офицеров были ранены и попали в плен.