Теракт на Дубровке: 2326 октября 2002 года Москва, Театральный центр на Дубровке. Группа террористов во главе с Мовсаром Бараевым, собравшись в Москве, взяла в заложники до 800 зрителей мюзикла «Норд-Ост», актёров и работников Театрального центра на Дубровке. Бараев и его люди потребовали прекратить боевые действия в Чечне, угрожая взорвать здание с помощью размещённых в зале мощных взрывных устройств и поясов смертников, скрытых на телах нескольких женщин. В ходе предварительных действий сотрудники ФСБ добились освобождения нескольких десятков человек из числа заложников, однако от рук террористов в зале погибли несколько людей. Силами Центра специального назначения ФСБ был предпринят штурм: с момента штурма и до захвата шахидок, сопровождавших Бараева, прошло около 1518 секунд. В результате операции был уничтожен 41 террорист (в том числе главарь группы Мовсар Бараев), все террористки-смертницы были убиты выстрелами в голову с близкого расстояния. Освобождено более 750 заложников (из них 60 иностранцев), но 120 человек спасти не удалось. Для нейтрализации шахидок использовался усыпляющий газ, однако целесообразность его применения в присутствии большого числа заложников оспаривают до сих пор.
Ликвидации чеченских «амиров»: В течение 2003 года группа «А» работала в Чечне, занимаясь не только нейтрализацией незаконных вооружённых формирований, но и обнаруживая склады. Так, летом в одном из чеченских сёл группа во главе с майором В. А. Ульяновым обнаружила подозрительный дом, в котором могли скрываться сепаратисты, однако Ульянов предположил, что в доме находился схрон с оружием. Несмотря на то, что за день работы Ульянов не раскопал схрон, последующие группы подтвердили его догадку и обнаружили на большой глубине подпольный склад с оружием и боеприпасами. Осенью того же года состоялась очередная командировка группы «А» в Чечню, которая работала в горах и за время командировки взяла базу чеченских сепаратистов. Утром 8 сентября группа приступила к очередному заданию: в селении Ялхой-Мохк находились два «амира» (главари крупных группировок), которых надо было взять живыми для получения ценной информации, а рядом с селением была база. Оперативники для маскировки переоделись так, чтобы не отличаться от чеченцев. Ночью бойцы добрались до нужных позиций, а через несколько минут появились противники, вооружённые автоматами с подствольными гранатомётами и ручными гранатами. В первой группе работал майор В. А. Ульянов: одного «амира» удалось схватить живым, однако его охрана начала отстреливаться. В ходе перестрелки Ульянов получил тяжёлое ранение, от которого скончался. Второго «амира» захватить живым не удалось: в результате завязавшейся перестрелки он был уничтожен. Посмертно Ульянову было присвоено звание Героя России.
Ликвидации чеченских «амиров»: В течение 2003 года группа «А» работала в Чечне, занимаясь не только нейтрализацией незаконных вооружённых формирований, но и обнаруживая склады. Так, летом в одном из чеченских сёл группа во главе с майором В. А. Ульяновым обнаружила подозрительный дом, в котором могли скрываться сепаратисты, однако Ульянов предположил, что в доме находился схрон с оружием. Несмотря на то, что за день работы Ульянов не раскопал схрон, последующие группы подтвердили его догадку и обнаружили на большой глубине подпольный склад с оружием и боеприпасами. Осенью того же года состоялась очередная командировка группы «А» в Чечню, которая работала в горах и за время командировки взяла базу чеченских сепаратистов. Утром 8 сентября группа приступила к очередному заданию: в селении Ялхой-Мохк находились два «амира» (главари крупных группировок), которых надо было взять живыми для получения ценной информации, а рядом с селением была база. Оперативники для маскировки переоделись так, чтобы не отличаться от чеченцев. Ночью бойцы добрались до нужных позиций, а через несколько минут появились противники, вооружённые автоматами с подствольными гранатомётами и ручными гранатами. В первой группе работал майор В. А. Ульянов: одного «амира» удалось схватить живым, однако его охрана начала отстреливаться. В ходе перестрелки Ульянов получил тяжёлое ранение, от которого скончался. Второго «амира» захватить живым не удалось: в результате завязавшейся перестрелки он был уничтожен. Посмертно Ульянову было присвоено звание Героя России.
8 апреля 2004 года бойцы Управлений «А» и «В» участвовали в спецоперации по поиску и ликвидации Абубакара Висимбаева по кличке «Одноглазый Бакар», который был ближайшим подручным Шамиля Басаева и прошёл обучение диверсионному делу в одном из лагерей Хаттаба. Висимбаев был вербовщиком женщин-смертниц («шахидок»), готовившихся к совершению теракта на Дубровке, а также был причастен к серии взрывов (теракты на религиозном празднике в селении Илисхан-Юрт и в селе Знаменское, взрывы автобуса с персоналом базы ВВС и на территории военного госпиталя). Предварительные поиски в Грозном не дали ничего, и обе группы отправились в станицу Шелковская Наурского района, где было одно из убежищ Висимбаева. Когда они вошли в дом, где скрывался «Одноглазый», то при обыске комнат обнаружили двух женщин, ребёнка и молодого мужчину. Сотрудник «Альфы» майор Ю. Н. Данилин, открывая одну из больших комнат, попал под обстрел находившегося в здании боевика, и был тяжело ранен. Ранение Данилина оказалось смертельным, однако Висимбаева удалось уничтожить, а его подручного захватить в плен. Данилину посмертно было присвоено звание Героя России.
13 июля 2004 года «Альфа» понесла очередную потерю: в Грозном погиб прапорщик С. А. Цаплин, который осуществлял личную охрану и.о. президента Чеченской Республики Сергея Абрамова. Цаплин находился в автомобиле сопровождения, который был взорван в результате срабатывания радиоуправляемого фугаса.
Операция по освобождению заложников в Беслане: 13 сентября 2004 года Беслан, Северная Осетия. Группа вооружённых боевиков под командованием Руслана Хучбарова по приказу Шамиля Басаева захватила свыше 1100 заложников в здании школы 1; в первый же день ими были расстреляны более 20 заложников. 3 сентября в 13:05 в здании школы прогремели два мощных взрыва, после чего сотрудники ЦСН пошли на штурм. В ходе многочасовой операции были уничтожены 28 террористов (трое участников захвата, включая одну из смертниц, погибли в период с 1 по 2 сентября), один бандит был захвачен живым. Всего жертвами теракта стали 334 человека (в том числе 186 детей), свыше 800 человек получили ранения. Спасая заложников, погибли три сотрудника «Альфы» майор А. В. Перов (Герой России посмертно), майор В. В. Маляров, прапорщик О. В. Лоськов, а также семеро бойцов «Вымпела».
Ликвидация Аслана Масхадова и Абу Хафса: 8 марта 2005 года Толстой-Юрт, Чечня. Ликвидация президента Чеченской Республики Ичкерия Аслана Масхадова. Операция по задержанию Масхадова и его ближайшего окружения планировалась долго и тщательно: благодаря полученной в начале марта 2005 года информации удалось определить адрес убежища Масхадова. В ответ на предложение сдаться боевики ответили категорическим отказом. Оперативно-боевые группы ЦСН обезвредили бандитов, а сам Масхадов был застрелен своим же племянником.
26 ноября 2006 года Хасавюрт, Республика Дагестан. Ликвидация Абу Хафса (настоящее имя Фарис Юсейф Умейрат), представителя «Аль-Каиды», командира иностранных исламских боевиков на Северном Кавказе, финансиста «джихада» в Чечне и сопредельных регионах (вместе с ним уничтожены четверо человек). Силовая фаза операции началась на рассвете с уничтожения снайперами двоих боевиков, занявших оборону в частном доме; позже по воротам был произведён выстрел из гранатомёта, а затем на бронированном КамАЗе во двор дома ворвалась штурмовая группа. В ходе получасового боя все боевики были уничтожены.
Ликвидация Аслана Масхадова и Абу Хафса: 8 марта 2005 года Толстой-Юрт, Чечня. Ликвидация президента Чеченской Республики Ичкерия Аслана Масхадова. Операция по задержанию Масхадова и его ближайшего окружения планировалась долго и тщательно: благодаря полученной в начале марта 2005 года информации удалось определить адрес убежища Масхадова. В ответ на предложение сдаться боевики ответили категорическим отказом. Оперативно-боевые группы ЦСН обезвредили бандитов, а сам Масхадов был застрелен своим же племянником.
26 ноября 2006 года Хасавюрт, Республика Дагестан. Ликвидация Абу Хафса (настоящее имя Фарис Юсейф Умейрат), представителя «Аль-Каиды», командира иностранных исламских боевиков на Северном Кавказе, финансиста «джихада» в Чечне и сопредельных регионах (вместе с ним уничтожены четверо человек). Силовая фаза операции началась на рассвете с уничтожения снайперами двоих боевиков, занявших оборону в частном доме; позже по воротам был произведён выстрел из гранатомёта, а затем на бронированном КамАЗе во двор дома ворвалась штурмовая группа. В ходе получасового боя все боевики были уничтожены.
Деятельность в Дагестане и Сирии: 13 мая 2009 года Хасавюрт, Республика Дагестан. Уничтожение «амира» Хасавюртовской бандгруппы Арсена Асульбегова в районе горного селения Эндирей. В результате операции погиб капитан Р. К. Холбан.
С мая 2009 года и по настоящее время Северный Кавказ. Проведение специальных операций на территории Северного Кавказа в составе оперативно-боевых групп Центра специального назначения ФСБ России. 4 ноября 2013 года группа «А» потеряла своего 30-го сотрудника за всю свою историю: погиб старший лейтенант А. А. Матюшин.
2 марта 2010 года Экажево, Ингушетия. Ликвидация идеолога террористической организации «Имарат Кавказ» Саида Бурятского. Старший Ю. Н. Торшин.
21 июня 2011 года Кузнецовское, Дагестан. Бой против членов Кизлярской диверсионно-террористической группировки. В ходе боя погибли два сотрудника «Альфы» майор И. С. Панин и капитан Р. А. Лашин; был тяжело ранен полковник С. А. Савчук, однако он выжил и вернулся в строй.
Зима 2014 года Сочи. Обеспечение безопасности при проведении зимних Олимпийских игр.
19 апреля 2015 года Буйнакск, Республика Дагестан. Спецоперация по ликвидации Алиасхаба Кебекова, лидера террористического движения «Имарат Кавказ».
С 20152016 годов Сирия. Участие группы «А» в военной операции ВС РФ в Сирии: от подготовки батальонов военной полиции с участием инструкторов из «Альфы» до привлечения оперативников группы «А» к участию в наземных операциях. Имели место потери личного состава (майор С. И. Чернышов).
1617 июня 2016 года Дагестан. В Сулейман-Стальском районе ликвидирована банда террористов Гасана Абдуллаева («Абу Ясир»). В ходе нее погиб сотрудник «Альфы» подполковник И. В. Марьенков, посмертно удостоенный звания Героя России.