Те же самые опасности религиозный раскол и чужеземное вторжение помогли суннитам совершить великое возрождение, которое начало набирать силу. В мире суннитов все еще были огромные резервы религиозной силы в богословии схоластов, духовности мистиков, благочестивой преданности их последователей. В этот переломный период восстановления произошло новое обобщение всех мусульманских знаний, ставшее ответом и на интеллектуальный вызов идей исмаилитов, и на эмоциональную притягательность их веры.
Пока их противники-сунниты набирали политическую, военную и религиозную силу, исмаилитов-Фатимидов ослабляли религиозные разногласия и политический упадок. Первые серьезные внутренние конфликты в исмаилизме были вызваны самими успехами Фатимидов. Потребности и круг обязанностей династии и империи требовали внесения некоторых изменений в изначальное учение и, говоря словами современного исследователя исмаилизма, «более серьезной и консервативной позиции в отношении существовавшего тогда института ислама». С самого начала возникали споры между исмаилитами-радикалами и исмаилитами-консерваторами, между хранителями и открывателями эзотерических тайн. Время от времени халифам-Фатимидам приходилось противостоять расколу и даже вооруженному сопротивлению, когда группы их сторонников отказывали им в своих одобрении и поддержке. Уже во время правления первого халифа-Фатимида в Северной Африке существовали разногласия между dais, придерживавшимися различных взглядов, и отступниками в лагере Фатимидов. Четвертый халиф аль-Муизз столкнулся с аналогичными трудностями. Во время завоевания им Египта в момент его триумфа ему даже пришлось сражаться с карматианцами из Восточной Аравии, которые сначала поддержали Фатимидов, а потом повернули против них и напали на их армии в Сирии и Египте. Позднее карматианцы снова стали выражать лояльность Фатимидам и исчезли как самостоятельная организация. Другой раскол произошел в 1021 году после исчезновения при неясных обстоятельствах шестого халифа аль-Хакима. Группа правоверных считала, что аль-Хаким был богом и не умер, а просто удалился из мира людей. Отказавшись признавать его преемников на троне Фатимидов, они отделились от основной секты. Им удалось заручиться некоторой поддержкой исмаилитов в Сирии, где их группы существуют и в наши дни в современных государствах Сирии, Ливане и Израиле. Одним из основателей этой секты был dai центральноазиатского происхождения Мухаммад ибн Исмаил ад-Дарази, и поэтому его последователи известны как друзы.
Во время долгого правления восьмого халифа аль-Мустансира (10361094) империя Фатимидов достигла пика своего расцвета и быстро пришла в упадок. После его смерти секту исмаилитов разорвал ее самый серьезный внутренний раскол.
Когда власть Фатимидов была в расцвете, халиф полностью сохранял личный контроль над всеми делами, авторитетно возглавляя три большие ветви власти чиновничество, религиозную иерархию и вооруженные силы. Главой бюрократического аппарата и правительства при халифе был визирь гражданское лицо, главой религиозной иерархии главный dai, или миссионер (dai al-duat), который, помимо того что руководил исмаилитскими общинами в империи, еще и командовал большой армией доверенных лиц исмаилитов и миссионеров за ее пределами. Командующий вооруженными силами при этом, по сути, в гражданском режиме возглавлял третью ветвь власти. Однако после смерти аль-Хакима военные стали быстро наращивать свою власть за счет гражданской власти и даже власти самого халифа. Поражения, неудачи и беспорядки в середине XI века ускорили этот процесс, который завершился в 1074 году, когда по приглашению халифа в Египет вместе со своей армией вошел военный губернатор Акры Бадр аль-Джамали, чтобы взять все дела под свой контроль. Вскоре он стал хозяином страны, получив от халифа три титула главнокомандующего армиями, главы миссионеров и визиря, что означало его контроль над всеми тремя ветвями власти военной, религиозной и чиновническим аппаратом. Обычно он известен под первым из этих титулов.
С той поры реальным хозяином Египта стал главнокомандующий армиями военный диктатор, правивший, опираясь на свои войска. Этот пост стал бессменным, на котором преемниками Бадра аль-Джамали стали его сын и внук, а затем ряд других военных диктаторов. Точно так же, как халифы-Аббасиды в Багдаде стали беспомощными марионетками своих собственных преторианцев, Фатимиды теперь стали всего лишь номинальными фигурами для череды военных диктаторов. Это был печальный упадок династии, которая претендовала на духовное и политическое главенство во всем исламе, упадок, который был в поразительном противоречии с верованиями и надеждами исмаилитов.
Такая перемена неизбежно пробудила недовольство и сопротивление среди наиболее воинственных и стойких членов секты, тем более что совпала с периодом возобновившейся активности исмаилитов в Персии. Смена Бадр аль-Джамали его сыном в 1094 году мало изменила положение дел, и, когда после смерти аль-Мустансира несколькими месяцами позже главнокомандующий армиями столкнулся с необходимостью избрать нового халифа, его выбор не был трудным. С одной стороны, был Низар старший взрослый сын, уже назначенный аль-Мустансиром своим наследником, известным и принятым исмаилитскими лидерами; с другой, был его младший брат аль-Мустали юноша, не имевший ни союзников, ни сторонников, который впоследствии полностью зависел бы от своего могущественного покровителя. Не было сомнений, что, памятуя об этом, аль-Афдал организовал брак своей дочери и аль-Мустали и после смерти аль-Мустансира провозгласил своего зятя халифом. Низар бежал в Александрию, где при поддержке местного населения поднял восстание. После первоначальных успехов он потерпел поражение, был схвачен и позднее убит.
Выбрав аль-Мустали, аль-Афдал расколол секту исмаилитов сверху донизу и оттолкнул возможно, намеренно почти всех ее сторонников в восточных регионах ислама. Даже во владениях Фатимидов существовали оппозиционные движения. Исмаилиты на Востоке отказались признавать нового халифа, заявили о своей верности Низару и его роду и порвали все отношения с ослабевшей организацией Фатимидов в Каире. Расхождения между государством и революционерами, которые начали появляться тогда, когда государство только образовалось, теперь сформировались окончательно.
Вскоре даже те исмаилиты, которые приняли аль-Мустали, разорвали свои связи с каирскими властями. В 1130 году после убийства сторонниками низаритов аль-Амира, сына и преемника аль-Мустали, оставшиеся исмаилиты отказались признать нового халифа в Каире, и среди них появилась вера, что потерянный младенец-сын аль-Амира Тайиб и есть скрывшийся и ожидаемый всеми имам. После него имамов больше не было.
Еще четыре халифа-Фатимида правили в Каире, но они были всего лишь местной египетской династией без власти, влияния или надежды. В 1171 году, когда последний из них лежал, умирая в своем дворце, военачальник Саладин, курд по происхождению, который к тому времени уже стал настоящим владыкой Египта, позволил проповеднику прочитать приглашение к молитве от имени халифа-Аббасида Багдада. Халифат Фатимидов, уже исчезнувший и как религиозная, и как политическая сила, теперь был формально упразднен при почти полном равнодушии населения. Еретические книги исмаилитов сожгли на кострах. Спустя более чем два века Египет был возвращен суннитам.
Выбрав аль-Мустали, аль-Афдал расколол секту исмаилитов сверху донизу и оттолкнул возможно, намеренно почти всех ее сторонников в восточных регионах ислама. Даже во владениях Фатимидов существовали оппозиционные движения. Исмаилиты на Востоке отказались признавать нового халифа, заявили о своей верности Низару и его роду и порвали все отношения с ослабевшей организацией Фатимидов в Каире. Расхождения между государством и революционерами, которые начали появляться тогда, когда государство только образовалось, теперь сформировались окончательно.
Вскоре даже те исмаилиты, которые приняли аль-Мустали, разорвали свои связи с каирскими властями. В 1130 году после убийства сторонниками низаритов аль-Амира, сына и преемника аль-Мустали, оставшиеся исмаилиты отказались признать нового халифа в Каире, и среди них появилась вера, что потерянный младенец-сын аль-Амира Тайиб и есть скрывшийся и ожидаемый всеми имам. После него имамов больше не было.
Еще четыре халифа-Фатимида правили в Каире, но они были всего лишь местной египетской династией без власти, влияния или надежды. В 1171 году, когда последний из них лежал, умирая в своем дворце, военачальник Саладин, курд по происхождению, который к тому времени уже стал настоящим владыкой Египта, позволил проповеднику прочитать приглашение к молитве от имени халифа-Аббасида Багдада. Халифат Фатимидов, уже исчезнувший и как религиозная, и как политическая сила, теперь был формально упразднен при почти полном равнодушии населения. Еретические книги исмаилитов сожгли на кострах. Спустя более чем два века Египет был возвращен суннитам.
К этому времени в Египте осталось совсем мало убежденных исмаилитов. Однако в других странах эта секта сохранилась в виде двух основных ветвей, на которые она разделилась после смерти аль-Мустансира. Последователей аль-Мустали можно было найти и тогда, и в наши дни, в основном в Йемене и Индии, где они известны как бохра. Тот вид исмаилизма, который они исповедуют, иногда называют «старым проповедованием», так как в нем сохранились основные доктринальные традиции периода Фатимидов.
В то время как мусталианцы стали бездеятельны в отдаленных поселениях ислама, их соперники-низари-ты вступили в период интенсивного развития как своего учения, так и политической активности и некоторое время играли важную и драматическую роль в делах ислама.
В XI веке растущую внутреннюю слабость исламского мира выявили иноземные вторжения, самым значительным из которых было вторжение турок-сельджуков, создавших новую военную империю, простиравшуюся от Центральной Азии до Средиземноморья. С этими вторжениями были связаны серьезные экономические, общественные и культурные изменения, а также изменения чрезвычайной важности в истории ислама. Как обычно, после завоевания обширные земли и доходы были отданы военачальникам-туркам армии-победительницы, которые вместе со своими чиновниками образовали новую правящую касту, заменившую или затмившую арабскую и персидскую аристократию и мелкопоместное дворянство былых времен. Власть, богатство и положение в обществе теперь принадлежали новым людям иноземным пришельцам, которые часто были еще плохо приспособлены к городской цивилизации исламского Среднего Востока. Положение старой элиты еще больше ослабляли внешние факторы: перемещения кочевников, изменение торговых путей и начало больших перемен, которые привели к подъему Европы и соответствующему упадку ислама. Во времена тревог и опасностей новые владыки-турки обеспечили в определенной мере силу и порядок, но ценой этого были более высокие военные расходы и более жесткий контроль за общественной жизнью и мыслью.