В 1912 г. в Халхе окончательно оформилась теократическая монархия во главе с богдо-гэгэном Джембцзун-дамба-хутухтой. Правительство Внешней Монголии возглавил Саин-нойон-хан, воспитанный при Цинском дворе. Одним из самых влиятельных политических деятелей был министр иностранных дел Ханда-цин-ван. В Урге был собран монгольский парламент, состоявший из 3-х палат, первая сессия которого состоялась в апреле 1914 г. Монгольский парламент был законосовещательным органом, палаты его собирались и распускались по велению богдо-гэгэна. Ургинский хутухта также формировал и распускал правительство Монголии. Вся полнота власти на местах осталась в руках владетельных князей хошунных цзасаков. Место цинских амбаней в Улясутае и Кобдо заняли наместники богдо-гэгэна (сайты).
Вскоре на всей территории Улясутайского цзянц-зюньства цинская власть была ликвидирована. В Халхе прежняя администрация уступила власть без сопротивления, а в западной части Внешней Монголии цинские силы были разбиты. В Кобдо позиции Пекина были более прочными, чем в Халхе, и китайская власть там была свергнута вооруженным путем. Цинская администрация Западной Монголии надеялась на помощь из соседнего Синьцзяна, да и западные монголы не были единодушны в стремлении отойти от Китая и присоединиться к Халхе. В декабре 1911 г. китайское население проявило решимость защищаться от восставших монголов и тувинцев. В письме торговца А.В. Бурдукова к востоковеду В.Л. Котвичу говорилось: «Из хошунов китайские торговцы побросав все бегут в город. В г. Ховдо китайские власти с завтрашнего дня начинают раздавать оружие солдатам и китайским торговцам везде монголы страшно боялись и были страшно перепуганы письмом, что скоро должны из Ховдо прийти китайские солдаты зеленого знамени и усмирить грабителей урянхайцев, которые разграбили китайских торговцев в Ховдском округе. Но в Ховдо хотя и есть 160 человек китайских солдат, но это жалкие дон-кихоты, это насобранный разный сброд огородников и праздношатающиеся выбросы китайского населения»132.
Политическое противостояние в Западной Монголии привело к вооруженному конфликту. Амбань Пу Жунь отправил семьи китайских чиновников и часть торговцев, около 100 человек, в Россию, а сам вместе с основной частью китайской колонии Кобдо остался защищать административный центр Западной Монголии. В августе 1912 г. цинская крепость в Кобдо была захвачена монгольскими войсками, которыми командовал Максаржаб. В штурме столицы Западной Монголии приняли участие и тувинские отряды из трех хошунов, всего 675 человек. Китайцы, более 600 человек во главе с амбанем, под русской охраной выехали в Кош-Агач и далее в Китай. В декабре 1912 г. столичная газета «Бэйцзин жибао» сообщила: «При взятии г. Кобдо торговавшие там купцы уроженцы Шаньсийской провинции понесли убытки, на сумму не менее миллиона. Поэтому Главная Торговая Палата городов Гуй-хуа-чэна и Суй-юань-чэна обратилась к Правительству с просьбой возместить купцам эти убытки» .
В соседней с Кобдинским округом Джунгарии монгольское население, в силу своей малочисленности и разобщенности не сразу смогло объединиться под национально-освободительными лозунгами. В Синьцзяне 80% всего населения составляли уйгуры, а наиболее организованной частью были новые войска, руководимые прибывшими из Центрального Китая ханьцами. Но монголы так же принимали участие в политических событиях Синьхайской революции. Первоначально монгольские войска или соблюдали нейтралитет в борьбе революционеров против маньчжурской администрации, или принимали участие в борьбе против оставшихся верными Пекину войсками. Однако в начале 1912 г. ситуация изменилась. Специалист по Синьцзяну В.И. Петров писал: «Глава ламаистской церкви Монголии ДЗАНЦАН-ДАНБИ хутухта обратился с посланием к монголам и калмыкам, в котором призывал образовать в северной части Синьцзяна независимое монгольское государство. Поэтому торгоуты Юлдуса, дербеты, олеты, чахары Илийской долины, вышли из повиновения революционному комитету и объявили об отделении от Китая. Монгольские части покинули революционные войска и стали нападать на них. Кобдоский торгоутский князь Тохто (Тохтохо), пользовавшийся поддержкой российских дипломатов, пытался объединить под своей властью Илийский, Тарбагатайский и Алтайский округа и присоединить их к Монголии. Революционный комитет приступил к подавлению сепаратизма монголов и калмыков, часть из них (чахары) бежали в Россию»134.
В 1912 г. объявила независимость Барга с центром в Хайларе. В январе 1912 г. китайские чиновники и солдаты были изгнаны из этого района. Российские исследователи писали: «Более крупные события разыгрались в Барге, а затем и на юге Монголии. Барга, в которой к тому времени монгольское население казалось совершенно подавленным китайцами, в 1911 году решила образовать самостоятельное государство и сформировать свое войско. Под угрозой силы, даотай китайский правитель Барги, был вынужден удалиться»135. Избранный главой Барги даур Шэн Фу послал богдо-гэгэну телеграмму с просьбой о принятии баргутов в подданство. В мае эта просьба была удовлетворена, а местные русские власти поддержали движение баргутов за независимость от Пекина.
Самопровозглашенная независимость не никем не была признана, но долгое время фактически сохранялась. Трехсторонние русско-монголо-китайские переговоры не привели к признанию вхождения Барги в состав Внешней Монголии. Россия, не признав независимости Барги или включения ее в состав Халхи, все же оказала содействие ее фактически самостоятельному существованию, по русско-китайской договоренности Хулуньбуир так и остался фудутунством. 6 ноября 1915 г. было подписано русско-китайское соглашение, по которому Барга (Хулуньбуир) объявлялась «особой областью, непосредственно подчиненной центральному правительству Китайской республики». Фудутун назначался президентом из числа местных жителей, охрана области осуществлялась местной милицией, все налоги, кроме соляного сбора, оставлялись в местной казне, приобретать земли китайцам в области разрешалось лишь на правах временной аренды.
Большая часть южных монгольских хошунов поддержала Халху в борьбе за независимость. В Ургу своих представителей направили все хошуны Чахара, Ордоса, 24 хошуна Кукунора, монголы Синьцзяна и 35 из 49 хошунов шести сеймов (аймаков) Внутренней Монголии. Однако китайцам удалось подавить сепаратистские устремления данных этнических групп монголов. Российские исследователи в начале ХХ в. писали: «освободительное движение разлилось по всем областям Монголии. Наибольшей силы это движение достигло после опубликования состоявшегося в октябре месяце 1912 года русско-китайского соглашения по монгольскому вопросу Договор этот, безусловно, не мог удовлетворить южную, Внутреннюю Монголию она не меньше Халхи мечтала об автономной Монголии и она именно остро чувствовала и переживала гнет Китая Часть южных князей послала делегации в Ургу, высказывая свое желание присоединиться к Халхе. Хутухта, из боязни лишиться полученной автономии, медлил с ответом. Движение это, естественно, встретило противодействие со стороны Китая и, в конце концов, вылилось в вооруженное столкновение в конце 1914 года. Партия объединенной Монголии потерпела поражение и была изгнана из пределов Внутренней Монголии за Хинган»136.
Современные исследователи так же пишут: «Весной 1913 г. особенно накалилась обстановка в Барге и Внутренней Монголии, где из 49 хошунов о добровольном присоединении к Халхе заявили 35. В ответ на просьбы о помощи правительство Богдо-гэгэна выслало туда свои воинские части. Первую половину 1913 г. между монгольскими войсками, представлявшими чаще всего импровизированные отряды, и китайскими регулярными войскам частями велись ожесточенные бои»137. В современных работах указывается на активное участие в борьбе с китайцами монголов-харачинов: «В 19111912 гг. харачины под предводительством Бабучжаба состояли на службе у Ургинского правительства и помогали ему в военных действиях против китайцев Во время заседания Кяхтинской конференции 19141 915 гг. харачины просили отвести им постоянные территории для проживания. Их просьба была отвергнута. Обиженные, харачины покинули Халху и поселились во Внутренней Монголии, на границе Мукденской провинции, где и предавались грабежам»138.
Часть монгольской элиты, будучи экономически, политически и культурно связанной с Китаем, приняла участие в создании Китайской Республики. В состав временного парламента Китайской республики, первая сессия которого открылась 29 апреля 1912 г., вошли 11 депутатов от Монголии. Депутаты внесли законопроект о предоставлении населению Монголии особых прав и преимуществ, состоящий из 11 пунктов. Этот законопроект, дававший монгольским землям определенную автономию и самоуправление, был одобрен с некоторыми поправками Юань Шикаем, и затем принят парламентом. Правда, уже через несколько лет монгольские хошуны в Китайской Республике лишились остатков своей автономии.
Реальная самостоятельность Монголии от Китая в тех условиях могла быть обеспечена лишь поддержкой со стороны Российской империи. Сразу же после провозглашения монголами независимости Россия предложила свои услуги по предотвращению монголокитайского конфликта. Но в январе 1912 г. китайский посланник Лу Чжэнсян сообщил министру иностранных дел С.Д. Сазонову об отказе от посредничества России. Через месяц после отречения Пу И от престола Юань Шикай ликвидировал автономию Монголии, однако Пекин не мог пойти на открытый конфликт с Россией. Монгольский исследователь пишет, что, начиная с 1911 г.: «Монголия рассчитывала на поддержку России в получении полной независимости Внешней Монголии»139. И действительно, Петербург поддержал Внешнюю Монголию в борьбе против попыток Пекина восстановить свою власть на отложившихся землях бывшей Цинской империи. Русские гарнизоны в монгольских районах были усилены вдоль всей границы, от Кульджи до Хайлара. Русский контингент в Урге был усилен двумя казачьими сотнями еще в сентябре 1911 г. В 1912 г. в Шара-сумэ была направлена полусотня 3-го Сибирского казачьего полка, а в Кобдо 1 Верхнеудинский казачий полк. В 1913 г. воинские контингенты в Алтайском и Кобдоском округах были усилены. Постепенный вывод войск начался лишь в 1914 г., в апреле Томский губернатор сообщил Бийскому уездному исправнику: «Согласно Высочайшего соизволения, приступить к выводу из состава Кобдоского отряда нижних чинов и казаков, подлежащих перечислению в запас и спуску на льготу»140. Из Кобдоского отряда войска проследовали шестью эшелонами, всего 557 н.ч. и 106 казаков 1-го Верхне-удинского полка Забайкальского казачьего войска141.