Как известно, В. И. Ленин создавал Совет обороны в том числе целью обуздать претензии на власть военных (во главе с Л. Д. Троцким). Такая потребность возникла, когда Троцкий совместно со Я. М. Свердловым, после покушения на Владимира Ильича образовали Революционный военный совет Республики. По факту РВСР имел более широкие полномочия, нежели ленинский СНК. Появление Совета обороны Ленин восстанавливало status quo, так как РВСР теперь должен был подчиняться вновь созданному органу. Параллель между Советом рабочей и крестьянской обороны и ГКО была очевидна всегда. Кто другой, как ни Сталин, мог попытаться воспользоваться удачным ленинским опытом в новых условиях?
Идея Государственного комитета обороны родилась у И. В. Сталина, очевидно, 29 июня 1941 года. Это произошло либо, как уже предполагалось, после посещения НКО, либо в момент работы над «Директивой о мобилизации» страны. В подтверждение этой версии, помимо всего прочего, свидетельствует содержание его выступление 3 июля 1941 года. Не только по смыслу, но и по стилистике оно вытекало из директивы 29 июня и постановления о создании ГКО. В документах встречаются не только общие образы и мысли, но и текстовые совпадения, что невозможно назвать случайным и подтверждает их общее авторство.
Будучи своеобразной надстройкой над всеми государственными органами, сам ГКО большого аппарата не имел. Он действовал через партийные и государственные органы, а также общественные организации. В процессе уже его работы, когда выявилась потребность оперативного решения ряда вопросов, был создан особый институт уполномоченных ГКО. Они действовали на фронтах, в наркоматах, отдельных союзных республиках, краях и областях, на важнейших предприятиях и стройках. В особых случаях при ГКО создавались специальные комитеты и комиссии. Например, в разное время существовали Трофейная комиссия, Комитет по эвакуации, Совет по радиолокации Транспортный комитет и др. В прифронтовых районах функцию чрезвычайных органов власти осуществляли созданные ГКО в 19411942 годах городские комитеты обороны. Всего городские комитеты обороны были созданы более чем в 60 городах, в том числе в таких городах-героях, как Севастополь, Одесса, Тула и др.
В своей деятельности на местах ГКО, помимо городских комитетов обороны мог опираться и на другие чрезвычайные органы военного времени. Так, в местностях, объявленных на военном положении, вся полнота власти по части обороны, охраны общественного порядка и государственной безопасности переходила непосредственно военным. Военные власти контролировали въезд и выезд из местности, объявленной на военном положении. По их распоряжению, из подотчётной им зоны могли в административном порядке выселять любого, признанного нежелательным элементом. Изданные военными властями постановления являлись общеобязательными. За их неисполнение виновные подвергались в административном порядке лишению свободы до 6 месяцев или штрафу до 3 тыс. рублей. В случае необходимости военные могли мобилизовывать транспортные средства, устанавливать военно-квартирную и трудовую повинность. Они же получали право регулировать режим работы предприятий, учреждений, торговли и коммунальных служб. Порядок проведения собраний и шествий так же переходил в ведение военных властей.
Военное положение могло вводиться не только в местностях, оказавшихся перед угрозой вражеской оккупации, но и в отдельных, особо важных с оборонной точки зрения отраслях народного хозяйства. В частности, учитывая опыт I Мировой войны, военное положение было объявлено на транспорте. Это означало введение воинской дисциплины в системе транспортных ведомств. Работники транспорта приравнивались к военнослужащим и наравне с ними несли дисциплинарную, а в ряде случаев и уголовную ответственность за совершенные проступки и преступления. Эти меры способствовали поддержанию высокой эффективности работы транспорта на протяжении всей войны.
Перед угрозой захвата городов в них вводилось осадное положение. От военного, осадное положение отличалось ещё более жёсткой регламентацией режима. Осадное положение постановлением ГКО было введено в октябре 1941 года в Москве. Действовало оно так же в Ленинграде, Сталинграде и некоторых других городах и районах прифронтовой полосы, особо важных в военном отношении. В городах, объявленных на осадном положении, вводился комендантский час, упорядочивалось и подлежало контролю передвижение транспортных средств и населения. Охрана общественного порядка усиливалась. Нарушители режима осадного положения могли привлекаться к уголовной ответственности с передачей дела военному трибуналу. Любой, кто был уличён в провокаторской деятельности, шпионаже или призывал к нарушению порядка, подлежал расстрелу на месте.
Чрезвычайные органы не могли полностью заменить всю систему управления мирного времени, да этого и не требовалось. Наряду с ними продолжали работать и выполнять распоряжения ГКО конституционные органы власти и управления. Война внесла свои коррективы в организацию и порядок их работы. В частности, условия войны и оккупации больших территорий СССР не позволили провести в предусмотренные законом сроки очередные выборы в Советы всех ступеней. Они состоялись только после войны. Несмотря на это, советские органы власти должны были функционировать. Решено было, что избранные в предвоенное время депутаты продолжат свою работу до тех пор, пока в этом будет сохраняться необходимость.
В условиях войны непросто было соблюсти сроки созыва очередных сессий, обеспечить на них кворум. Это было связано с тем, что многие депутаты, чувствуя свой патриотический долг, уходили в действующую армию. Показательна такая цифра: к 1 января 1945 года из состава местных Советов выбыло более 59 % избранных до войны депутатов и более 38 % членов исполкомов Советов. В большинстве своём они сражались на фронтах Великой Отечественной. В результате приходилось идти на чрезвычайные меры и признавать полномочными сессии Советов, на которых присутствовало 2/3 наличного состава депутатов, тогда как по Конституции для этого требовалось присутствие 2/3 избранных депутатов. Всего в период войны сессии ВС СССР созывались лишь три раза, в то время как перед войной с 1937 по 1941 год 8 раз.
Ещё сложнее обстояли дела в союзных республиках, ставших объектом агрессии. Так, на Украине первую сессию высшего законодательного органа республики удалось собрать лишь в начале марта 1944 года.
Как и в годы гражданской войны, резко изменилось соотношение исполнительных и представительных органов. Первые, в лице исполкомов Советов, ощутимо усилились. Права исполкомов вышестоящих Советов по отношению к исполкомам нижестоящих Советов были расширены. В частности, в случае необходимости, исполком вышестоящего Совета без дополнительных выборов, путём кооптации мог пополнять состав исполкомов нижестоящих Советов. Как правило, депутатский корпус пополнялся проверенными людьми, представителями партийно-советского актива. Особенно широко подобная практика применялась на территориях, освобожденных от врага.
Огромная нагрузка в годы войны лежала на высшем исполнительном органе страны Совете Народных Комиссаров. Наиболее важные, прежде всего, военно-хозяйственные вопросы СНК СССР принимал совместными решениями с ЦК ВКП (б). В компетенцию Совнаркома входили вопросы, связанные, например, с эвакуацией предприятий из прифронтовых в восточные районы страны. Для этого при СНК была создана новая структура Совет по эвакуации во главе с Н. М. Шверником. С 24 июня 1941 года при правительстве действовало Совинформбюро. Им руководили лидер московских коммунистов А. С. Щербаков и замнаркома иностранных дел С. А. Лозовский. Задачи, которые решались в годы войны, потребовали создать такие новые Народные комиссариаты СССР, как наркомат боеприпасов, танковой промышленности, миномётного вооружения и ряд других.
Огромная нагрузка в годы войны лежала на высшем исполнительном органе страны Совете Народных Комиссаров. Наиболее важные, прежде всего, военно-хозяйственные вопросы СНК СССР принимал совместными решениями с ЦК ВКП (б). В компетенцию Совнаркома входили вопросы, связанные, например, с эвакуацией предприятий из прифронтовых в восточные районы страны. Для этого при СНК была создана новая структура Совет по эвакуации во главе с Н. М. Шверником. С 24 июня 1941 года при правительстве действовало Совинформбюро. Им руководили лидер московских коммунистов А. С. Щербаков и замнаркома иностранных дел С. А. Лозовский. Задачи, которые решались в годы войны, потребовали создать такие новые Народные комиссариаты СССР, как наркомат боеприпасов, танковой промышленности, миномётного вооружения и ряд других.
В период военного лихолетья совершенствование механизма управления шло не только по линии централизации, но и через его демократизацию, через повышение ответственности и свободы манёвра входивших в него звеньев. Так, уже 1 июля 1941 года было принято постановление СНК СССР «О расширении прав народных комиссариатов в условиях военного времени». Наркоматам предоставлялось право перераспределять материальные ресурсы. Более того, они получили право свободно маневрировать финансами, даже направлять их на совершенно иные, нежели ранее предусматривалось, объекты. Новые объекты теперь можно было запускать без директив центра, лишь уведомив СНК СССР. Разрешалось резервировать до 5 % от утверждённого фонда зарплат. Кроме того, ведомства получали новые права в области капитального строительства и восстановления разрушенного войной. Расширялись так же права директоров предприятий. Теперь для выполнения плановых заданий они могли выдавать смежникам необходимые материалы из своих запасов.
В том же направлении 1 февраля 1944 года был принят закон «О предоставлении союзным республикам полномочий в области внешнеэкономических сношений и о преобразовании в связи с этим Народного комиссариата иностранных дел из общесоюзного в союзно-республиканский». В нём содержалось следующее положение: «Союзные республики могут вступать в непосредственные сношения с иностранными государствами и заключать с ними соглашения». Этот шаг был продиктован стремлением укрепить роль СССР на международной арене, в частности, расширить влияние на Организацию Объединённых Наций, создание которой планировалось после разгрома блока фашистских государств. Верховный Главнокомандующий добивался включения в ООН всех 16 союзных республик (соответствующее предложение было озвучено на конференции трёх великих держав в Думбартон-Оксе 28 августа 1944 года). В то же время очевидно, что подобное решение укрепляло демократические начала в государственном механизме СССР и являлось своего рода шагом навстречу нашим союзникам т. н. странам Западной демократии.