Лысенко становится любимцем Сталина. Иосифу Виссарионовичу Сталину нравятся люди широкого размаха действий Чего только стоит один заказ Лысенко на восемьсот тысяч пинцетов для колхозников, занятых внутрисортовым скрещиванием! Масштаб-то каков! Сын крестьянина, человек из народа. И говорит по делу, придерживаясь его, сталинской ориентации
И вырывает цепкая память Лаврентия Павловича эпизоды встречи Сталина с Вавиловым. Они были не личными, а происходили на глазах общественности, где каждое слово вождя особенно ценно, оно конкретно свидетельствует об отношении его к той или иной личности. На одном из совещаний, где Сталин приветливо беседовал с Лысенко и ободрил академика Цицина словами: «Экспериментируйте, мы Вас поддержим», он демонстративно вышел, когда начал выступать Вавилов.
Еще более откровенно продемонстрировал Сталин свое нерасположение к ученому в специальной встрече с руководителями Академии сельскохозяйственных наук, когда обращаясь к Вавилову, сказал:
«зарубежные поисковые экспедиции ботаников никому не нужны. Многие ученые-ботаники не думают об урожае, а занимаются у себя в лабораториях и институтах ерундой».
И, сверля недобро глазами Николая Ивановича, предложил: «Идите на выучку к стахановцам полей!»
В июле 1940 года Молотов получил от Берии письмо, специально посвященное Вавилову и положению в биологической науке. Комиссар государственной безопасности первого ранга сообщал, что, по имеющимся сведениям, после назначения академика Лысенко Т. Д. президентом Академии сельскохозяйственных наук Вавилов Н. И. и возглавляемая им буржуазная школа так называемых «формальных генетиков» организует систематическую кампанию, которая призвана дискредитировать академика Лысенко как ученого. Берия не скрывал цели своего демарша: он ждал от Молотова, ведающего в ЦК наукой, согласия на арест Вавилова. В письме Берии ничего не говорится о троцкистских взглядах Вавилова, о Вавилове-вредителе, пособнике Бухарина и Милюкова. В деловой переписке двух государственных мужей такая мишура была излишней. И Берия и Молотов знали, что уничтожить академика Вавилова надо потому, что он не приемлет «открытий» Лысенко и тем раздражает товарища Сталина. Такова была голая правда. Облечь же ее в подобающие формы, сфабриковать обвинения против Вавилова вредителя и шпиона это уже детали, методика, которой впоследствии займется аппарат НКВД НКГБ
Берия, получив от Молотова санкцию на арест, приказал вызвать к нему старшего лейтенанта Хватова. Судьба Вавилова Николая Ивановича была решена!
Арест произошел тогда, когда Вавилов думал о том, что пора неудач и опалы прошла. Он это связывал с тем, что в 1940 году ему было поручено Наркомземом возглавить научную комплексную экспедицию по западным областям Белоруссии и Украины, присоединённым к СССР в 1939 году. Ученый ошибался: 6 августа, находясь в Черновцах, он был арестован.
Не знал Вавилов того, что фабрикация дела против него была начата органами НКВД РСФСР (ОГПУ) ещё с 1931 года В дело поступали донесения платных агентов НКВД. Дело пополнялось за счёт доносов платных агентов НКВД (ботаника А. К. Коля, академика И. В. Якушкина и доктора биологических наук Г. Н. Шлыкова) а также доносов других научных работников, привлечены органами спецслужб к сотрудничеству,
Не знали многие о том, что пользуясь своим высоким административным положением Т. Д. Лысенко начал расправу со своими идейными врагами.
Пользуясь поддержкой властей, Лысенко и его окружение систематически преследовали учёных-генетиков. Многие из них лишились работы и были арестованы. Самого Вавилова до поры до времени защищал от преследований его международный авторитет крупного учёного.
В постановлении на арест Вавилова было сказано, что, «продвигая заведомо враждебные теории, Вавилов ведёт борьбу против теорий и работ Лысенко, Цицина и Мичурина, имеющих решающее значение для сельского хозяйства СССР».
Начались бесконечные допросы, их было более четырехсот, во время допросов он подвергался пыткам, Вавилова доводили до состояния невменяемости, когда от бессонных ночей, от постоянных унижений и угроз любой человек терял не то что самоконтроль, а был согласен признаться в чём угодно, лишь бы выйти живым из кабинета следователя.
Старшему лейтенанту любыми средствами надо было доказать, что Н. И. Вавилов не выдающийся ученый, не гордость советской науки, не организатор отечественной агрономии, а заклятый враг Советской власти и, как таковой, должен быть уничтожен.
Старшему лейтенанту любыми средствами надо было доказать, что Н. И. Вавилов не выдающийся ученый, не гордость советской науки, не организатор отечественной агрономии, а заклятый враг Советской власти и, как таковой, должен быть уничтожен.
В конце июня 1941 года следствие затребовало характеристику на Вавилова как учёного. Экспертная комиссия специалистов, созданная Лысенко, состояла только из противников Вавилова. Такая комиссия не могла дать объективную характеристику!
9 июля 1941 года состоялось заседание Военной коллегии Верховного суда СССР, на котором рассматривалось дело в отношении Вавилова. Заседание продолжалось всего несколько минут. На суде присутствовали лишь обвиняемый и трое военных судей. Свидетели и защита отсутствовали!..
9 июля 1941 года Военная коллегия Верховного Суда СССР приговорила Вавилова к расстрелу. Он был признан виновным в том, что он в 1925 году якобы являлся одним из руководителей никогда не существовавшей «антисоветской организации», именовавшейся «Трудовая крестьянская партия», а с 1930 года якобы являлся активным участником также никогда не существовавшей «антисоветской организации правых», действовавшей в системе Наркомзема СССР; Вавилов, используя служебное положение Президента сельскохозяйственной Академии, директора института Растениеводства, директора института Генетики и, наконец, вице-президента сельскохозяйственной Академии наук им. Ленина и члена Академии наук СССР, в интересах «антисоветской организации» якобы «проводил широкую вредительскую деятельность, направленную на подрыв и ликвидацию колхозного строя и на развал и упадок социалистического земледелия в СССР»; кроме того, Вавилов, «преследуя антисоветские цели», якобы «поддерживал связи с заграничными белоэмигрантами, передавал им сведения, являющиеся государственной тайной Советского Союза».
9 июля 1941 года Вавилов обратился с ходатайством в Президиум Верховного Совета СССР об отмене приговора. 26 июля 1941 это ходатайство было отклонено.
Странно, что Вавилову дали саму возможность обжаловать приговор. Мало того, осталось неясным, почему в случае с Вавиловым возникла отсрочка исполнения приговора, тем более, что шла война и приговоренного к смерти академика этапировали почему-то в Саратов. Обычно расстрелы осуществлялись в первые часы от вынесения самого приговора.
В саратовской тюрьме Вавилов содержался сначала в карцере-одиночке, а затем его перевели в камеру, где сидели академик И. К. Луппол и один из инженеров-лесотехников. Николай Вавилов дважды находился на лечении в тюремной больнице. Тяжёлые условия содержания в тюрьме (отсутствие прогулок, запрет на пользование тюремным ларьком, получение передач, мыла и т. п.) подорвали его здоровье
25 апреля 1942 года Вавилов направил заявление на имя Л. Берии с просьбой о смягчении участи, предоставлении работы по специальности и разрешении общения с семьёй
23 июня 1942 года Президиум Верховного Совета СССР постановил заменить Вавилову высшую меру наказания 20 годами лишения свободы в исправительно-трудовых лагерях. Заявление Вавилова на имя Берия «совпало с решением Лондонского Королевского Общества от 23 апреля 1942 г. об избрании Вавилова своим иностранным членом. О нём вспомнили в связи с высокой оценкой его вклада в науку со стороны высшего научного учреждения Англии союзницы СССР по антигитлеровской коалиции Но никто не рискнул бы, даже Берия, осуществить «перевод Вавилова в особый лагерь» и допустить к работам в области растениеводства столь известного человека без санкции официального главного растениевода страны, каковым был Лысенко, поддерживавшийся Сталиным.
Однако, несмотря на отмену смертного приговора, «мало что изменилось в положении Вавилова. Ни одна из его просьб, по существу, не выполнена Он остался в саратовской тюрьме. Состояние его здоровья резко ухудшалось.
Во время пребывания в саратовской тюрьме Вавилов заболел воспалением лёгких и переболел дизентерией, которой он заразился во время эпидемии в 1942, Итогом всех болезней стал упадок сердечной деятельности, из-за которого наступила смерть.
Акт о смерти заключенного сохранился в Государственном архиве Российской Федерации:
Мною, врачом Степановой Н. Л., фельдшерицей Скрипиной М. Е., осмотрен труп заключенного Вавилова Николая Ивановича рожд. 1887 г., осужденного по ст. 58 на 20 лет, умершего в больнице тюрьмы 1 г. Саратова 26 января 1943 года в 7 часов 15 минут. Телосложение правильное, упитанность резко понижена, кожные покровы бледные, костно-мышечная система без изменений. По данным истории болезни, заключенный Вавилов Николай Иванович находился в больнице тюрьмы на излечении с 24 января 1943 года по поводу крупозного воспаления легких. Смерть наступила вследствие упадка сердечной деятельности
Акт о смерти заключенного сохранился в Государственном архиве Российской Федерации:
Мною, врачом Степановой Н. Л., фельдшерицей Скрипиной М. Е., осмотрен труп заключенного Вавилова Николая Ивановича рожд. 1887 г., осужденного по ст. 58 на 20 лет, умершего в больнице тюрьмы 1 г. Саратова 26 января 1943 года в 7 часов 15 минут. Телосложение правильное, упитанность резко понижена, кожные покровы бледные, костно-мышечная система без изменений. По данным истории болезни, заключенный Вавилов Николай Иванович находился в больнице тюрьмы на излечении с 24 января 1943 года по поводу крупозного воспаления легких. Смерть наступила вследствие упадка сердечной деятельности
Похоронен Вавилов в общей могиле.
Пришло время, когда следовало заняться теми, кто безвинно погиб, был оклеветан, да так, чтобы и памяти о нем не осталось
20 августа 1955 года Военная коллегия Верховного суда СССР отменила судебный приговор от 9 июля 1941 и прекратила дело в отношении Н. Вавилова за отсутствием состава преступления. Тем самым с Вавилова были сняты абсолютно все обвинения.