В Токио отец Николай поселился в районе Цукидзи. По сравнению с жизнью в консульстве, он оказался в довольно скудных условиях. В Токио отец Николай арендовал небольшую комнату на чердаке. Здесь же и проходили катехизаторские беседы – недостатка в слушателях не было. Напротив, из-за большого количества слушателей беседы приходилось проводить в две смены – утром и вечером.
Помимо непосредственно миссионерской проповеди, отцу Николаю, как начальнику Духовной Миссии, необходимо было позаботиться о многом. В частности, первоочередным делом было строительство православного храма в Токио. Об этом отец Николай неоднократно писал в Россию, и ему удалось заинтересовать этим делом адмирала Евфимия Васильевича Путятина, неоднократно бывавшего в Японии – он взял на себя сбор средств на строительство храма.
Между тем, из Хакодата пришли тревожные вести – там вновь были арестованы ревностные катехизаторы – Павел Савабе и Иоанн Сакаи. В данном случае преследовались не именно православные, а все христиане. В Сендае и Хакодате было арестовано около 120 человек; кроме того по приказу местного губернатора были уволены все чиновники-христиане. Дабы выручить своих духовных чад, архимандрит Николай обратился к правительственным чиновникам, Ивакуре Томоми и Кидо Такаёси. Просьба отца Николая была принята благосклонно и катехизаторов отпустили.
Однако, в связи с этим остро встал вопрос о том, как быть с теми неофитами в Токио, которых отец Николай подготовил к крещению. В случае крещения и они и сам отец Николай также могли подвергнуться гонениям. Решившись, отец Николай все таки крестил тайно двенадцать человек, которых посчитал наиболее надежными и готовыми к принятию святого крещения. Известие о крещении вышло за рамки христианской общины – отец Николай узнал об этом от знакомого жреца. Оказалось, что когда пришел донос, влиятельные представители местного духовенства из уважения к русскому священнику решили не давать делу хода.