В создавшейся обстановке Богарне был вынужден оставить Иллирийские провинции и отступить к границе Итальянского королевства, закрепившись на рубеже реки Изонцо. Этот выгодный для обороны рубеж он удерживал в течение месяца. Несколько попыток австрийцев прорвать оборону Итальянской армии на реке Изонцо фронтальным ударом закончились неудачей.
В октябре 1813 г. обстановка для французов резко ухудшилась. Наполеон в «битве народов» под Лейпцигом потерпел сокрушительное поражение и с остатками своей разбитой армии поспешно отступал за Рейн. Бывшие союзники один за другим изменяли ему и переходили на сторону его врагов. В середине октября тесть Эжена де Богарне, Максимилиан Баварский, тоже изменил Наполеону и присоединился к Шестой антифранцузской коалиции. Баварские войска повернули оружие против своих недавних союзников французов.
Воспользовавшись этим, главнокомандующий австрийскими войсками в Италии генерал Гиллер решил обойти с севера армию Богарне. Оставив на реке Изонцо часть своих войск (25 тыс. чел.), он с главными силами двинулся через контролируемый баварцами Тироль в обход левого фланга Итальянской армии.
Это заставило вице-короля в конце октября оставить свою позицию на реке Изонцо и начать отступление к реке Адидже. Его войска отходили в полном порядке, давая в случае необходимости отпор преследовавшему их противнику. Отступив на 170200 км к западу, они в начале ноября заняли оборону по рубежу реки Адидже. К этому времени Итальянская армия насчитывала 40 тыс. чел. и 80 орудий. Французы продолжали удерживать оставшуюся в тылу противника Венецию, которую оборонял 11-тысячный гарнизон (в том числе 3 тыс. моряков) с 336 орудиями.
Воодушевленные столь глубоким отходом противника австрийцы попытались было активизировать свои действия. Но Богарне быстро отрезвил их, нанеся ряд коротких, но сильных контрударов. В результате их 12 ноября при Бассано был разгромлен авангард австрийской армии (усиленная бригада генерала Экгардта).
15 ноября при Кальдиеро вице-король с 11 тыс. разбил главные силы левофлангового корпуса австрийской армии (18 тыс. человек; генерал Радивоевич). Австрийцы потеряли в этом бою 2,5 тыс. чел., французы ок. 500 чел. Затем австрийцы понесли новое поражение при Ровередо (Роверето). Упорные бои на восточном берегу Адидже продолжались всю вторую половину ноября и в течение всего декабря. Все это время штаб-квартира вице-короля находилась в Вероне. Таким образом, намерение австрийского командования преодолеть реку Адидже сходу успехом не увенчалось. Войска Итальянской армии остановили противника на подступах к этой водной преграде. Настойчивые попытки австрийцев сломить упорное сопротивление франко-итальянских войск восточнее реки Адидже ни к чему не привели.
Недовольный действиями Гиллера австрийский гофкригсрат (высший придворный военный совет) заменил его фельдмаршалом Бельгардом (15 декабря 1813 г.). Правда этот выбор оказался не совсем удачным. Новый австрийский главнокомандующий оказался человеком еще более осторожным, нежели его предшественник.
Тем временем поведение неаполитанского короля Мюрата становилось все более подозрительным. Стремясь любой ценой сохранить свой трон, он решил предать Наполеона и перейти на сторону его врагов. Но открыто и сразу изменить своему сюзерену Мюрат все же не отважился свою измену он готовил постепенно, исподволь, выжидая развития событий. Его армия насчитывала около 34 тыс. чел. (3 пехотных дивизии и гвардия всего 30 батал. и 16 эскадр.) и 50 орудий. Мюрат довольно продолжительное время под разными предлогами саботировал приказ Наполеона выступить на помощь Итальянской армии Богарне. Наконец, уступая категорическому требованию императора, он все же вынужден был в конце ноября 1813 г. направить свои войска на север, в Ломбардию.
Неаполитанская армия выдвигалась в трех направлениях на Флоренцию, Фано и Анкону. Но ее выдвижение проходило очень медленно: Мюрат явно не спешил на театр военных действий. Зато, занимая итальянские города, неаполитанцы сразу же устанавливали там свою власть. Но при этом Мюрат не переставал заявлять о своей верности Франции и Наполеону. 11 января 1814 г. его войска заняли Болонью, а вслед за ними туда вступили австрийцы.
Войдя южнее реки По в соприкосновение с противником, неаполитанский король повел себя очень странно: он отказался вести против него боевые действия, сославшись на заключенное им в начале декабря перемирие с Австрией. Такая политика Мюрата серьезно озадачила вице-короля (Богарнэ).
Однако Наполеон и слышать не хотел о ненадежности своего зятя. Ему вообще казалась дикой сама мысль о возможной измене Мюрата, своего давнего боевого сподвижника, весьма скромного армейского офицера, не блиставшего никакими выдающимися дарованиями, кроме разве безрассудной храбрости на поле боя, которого он вознес на такую высоту, о которой простой смертный не мог и помышлять И вдруг такая черная неблагодарность! Нет, этого не может быть! Тут что-то не то.
Вероятнее всего, считал император, Эжен просто сгущает краски, стремясь выставить короля неаполитанского как можно в более неприглядном свете перед императором!?.
Ему хорошо была известна взаимная неприязнь между приемным сыном и зятем, принадлежавшим к разным семейным кланам, уже давно враждовавшим между собой. Поэтому все настораживающие сигналы, поступавшие из Италии, Наполеон просто отвергал как не заслуживавшие внимания и более того, провокационные. Его аналитический ум, его холодный рассудок никак не могли воспринять всю совокупность накопившихся фактов и осознать реальность таковой, как она есть, а не такой, какую ему хотелось видеть.
В конце 1813 г. Итальянская армия получила подкрепление. В ее состав прибыла итальянская дивизия, сражавшаяся до того во Франции, а также несколько тысяч обученного молодого пополнения. Затем прибыла итальянская дивизия, вернее, ее остатки, из Испанской армии. Теперь Итальянская армия насчитывала около 50 тыс. чел. и свыше 100 оруд. Но одновременно подкрепления, и куда более значительные (25 тыс. чел.), получил и противник. В результате соотношение сил еще более изменилось в его пользу. Но тем не менее на протяжении всего января и первой половины февраля 1814 г. войска Итальянской армии прочно удерживали фронт на Адидже.
11 (23) января 1814 г. закончился договор о союзе с Австрией и через шесть дней Мюрат объявил о своем переходе на сторону Шестой антифранцузской коалиции, открыв военные действия против Итальянской армии Эжена де Богарне. Он поставил своим неаполитанским войскам задачу овладеть всей территорией до реки По. В первой половине февраля 1814 г. неаполитанцы заняли Рим, Флоренцию, Модену, Парму, Феррару, изгнав оттуда небольшие французские гарнизоны, и установили взаимодействие с действовавшим на правом берегу По австрийским корпусом генерала Нугента.
Измена Мюрата поставила Итальянскую армию в крайне затруднительное положение, поскольку под угрозой оказались ее правый фланг и тыл. Богарне вынужден был направить против неаполитанцев почти треть своих сил, существенно ослабив фронт на Адидже. В этот критический момент его спасла лишь пассивность австрийского главнокомандующего Бельгарда, который, несмотря на свое более чем двукратное превосходство в силах, так и не решился атаковать войска Богарне на Адидже. Австрийский фельдмаршал полагал возможным перейти в наступление лишь после того, как Мюрат нанесет им удар во фланг и тыл. Но Мюрат и здесь не особенно торопился исполнять свои союзнические обязательства.
13 февраля Богарне объявил своим войскам о предстоящей войне с неаполитанцами. Через три дня он оставил свою позицию на Адидже и одним броском (на 1530 км) отошел к реке Минчио (Минчо), в результате чего значительно улучшил оперативное положение своей армии. Бельгард принял этот маневр за общее отступление Итальянской армии и жестоко поплатился за свой просчет. Быстро сосредоточив ударную группировку (24 тыс. чел.) в районе Ревербелло, Богарне нанес внезапный контрудар по выдвигавшимся без должных мер предосторожности к реке Минчио австрийским войскам (ок. 50 тыс. чел.). В результате развернувшегося 20 февраля на левом берегу этой реки сражения австрийцы были разбиты, потеряв более 8,5 тыс. чел. (в том числе 2 тыс. пленными). Потери Итальянской армии составили 2,5 тыс. чел.
Несмотря на то, что предательство Мюрата стало уже вполне очевидным фактом, Богарне из-за позиции Наполеона, все еще не верившего в измену своего родственника, не мог начать против него активных действий.
Наконец 27 февраля король неаполитанский (Мюрат) официально объявил войну Итальянскому королевству, избрав поводом для этого вылазку блокированного неаполитанцами гарнизона цитадели города Анконы. После этого многие французские генералы и офицеры, служившие под знаменами Мюрата, оставили службу в неаполитанской армии. «Неужели вы думаете, что я в душе не такой же француз, как и вы?!» в запальчивости кричал Мюрат, обвиняя их в неблагодарности. Свой переход на сторону врага он объяснял исключительно лишь желанием спасти Неаполитанское королевство и предотвратить неизбежную внутреннюю смуту в нем. Призывая соотечественников оставаться на службе в своей армии, он обещал, что скоро обстановка изменится к лучшему. Но никакие уговоры не помогли. Абсолютное большинство французов не пожелало сражаться против своих соотечественников и, сохранив верность Наполеону, перешли на службу в Итальянскую армию Богарне. Вслед за этим Наполеон отозвал всех французов, еще остававшихся на неаполитанской службе.
Вероломство Мюрата произвело на Наполеона шокирующее впечатление. Это был первый из маршалов (не считая Бернадота, уже давно вычеркнутого из списка маршалов Франции), изменивших ему.
Правда, еще больше его поразило то, что его родная сестра Каролина, королева неаполитанская, оказалась заодно со своим мужем-предателем. Ярости императора не было предела. Но исправить уже ничего было нельзя. Оставалось винить только самого себя на излишнюю доверчивость и самонадеянность, за свой корсиканский менталитет с его непоколебимой верой в прочность родственных уз и проявленную политическую недальновидность, чего ранее за ним не наблюдалось, но в последние годы стало проявляться все чаще и чаще.
С присоединением Мюрата к антифранцузской коалиции против армии Богарне стала действовать 110-тысячная армия противника, в то время как он мог противопоставить ей лишь 35 тыс. Таким образом, противник теперь обладал более чем трехкратным превосходством в силах. 2 марта неаполитанцы Мюрата овладели Анконской цитаделью. После многодневной артиллерийской бомбардировки, в результате которой все строения внутри крепости превратились в руины, а магазины с боеприпасами, продовольствием и другими запасами оказались уничтоженными, комендант крепости французский генерал Барбу вынужден был сдать цитадель.
Капитуляцию он заключил на почетных условиях: гарнизон покинул крепость с оружием, знаменами и всеми воинскими почестями. В тот же день неаполитанские войска заняли Ливорно, а в последующие дни Пизу и Лукку, завершив оккупацию всей Тосканы. Следует отметить, что здесь негативную роль сыграл специальный представитель Наполеона и его давний тайный враг Фуше, заключивший соглашение с неаполитанцами, согласно которому французы оставляли все крепости Тосканы и уходили на родину, обязавшись в течение года не участвовать в боевых действиях против союзников, хотя они, не будучи побеждены, вовсе не обязаны были принимать такое условие. В результате такого предательского соглашения 4-тысячный гарнизон Генуи лишился столь необходимых ему подкреплений.
Возросшая активность противника к югу от реки По вызвала озабоченность командования Итальянской армии. Осуществив быстрый и искусный маневр, Богарне создал ударную группировку на своем правом фланге и 14 марта в районе Пармы нанес внезапный контрудар по противнику. В результате находившаяся там группировка австрийских и неаполитанских войск была разгромлена, понеся большие потери. Преследуя разбитого противника, войска Итальянской армии овладели городами Пармой и Реджио (Реджонель-Эмилия), а их передовые части вышли на ближние подступы к Модене. Но после того как прибывшие с рубежа реки Минчио войска ушли обратно, противник восстановил первоначальное положение, а затем развернул наступление на Пьяченцу. 22 марта англичане и их союзники, сардинцы и сицилийцы (войска сардинского короля и неаполитанских Бурбонов, удерживавших Сицилию), высадили крупный десант в Ливорно, который начал наступление на север, вдоль морского побережья. Вскоре англичане усилили эту группировку, и две английские дивизии повели наступление на Геную с юго-востока.
Тем временем в Италию пришло известие о падении Парижа и отречении Наполеона. Дальнейшая борьба на Итальянском фронте потеряла всякий смысл. 16 апреля там было заключено перемирие. По соглашению с союзниками французские войска покидали Италию и возвращались на родину.
Однако, несмотря на заключение конвенции о прекращении боевых действий, англичане упрямо стремились во что бы то ни стало овладеть Генуей. На подступах к этому городу развернулись упорные бои. Несмотря на свою малочисленность, французский гарнизон стойко отражал мощный натиск противника, имевшего более чем 6-кратное превосходство в силах. И только вспыхнувшее в Генуе восстание, организованное английскими агентами (на современном слэнге «ждунами»), заставило французов оставить этот город (21 апреля 1814 г.).
19 апреля Итальянская армия оставила свои оборонительные позиции на Минчио и По, которые тут же были заняты австрийцами и неаполитанцами. А за два дня до этого, 17 апреля, она простилась со своим главнокомандующим.
Богарне сложил с себя обязанности главнокомандующего, передав командование армией командиру I-го корпуса генералу Гренье. 27 апреля он покинул Италию, выехав в Мюнхен, где находилась его семья.
На этом боевое поприще Эжена де Богарне, продолжавшееся 20 лет, закончилось. Французские войска (ок. 40 тыс. чел. и 77 орудий) повел на родину Гренье. В начале июня 1814 г. войска бывшей Итальянской армии прибыли во Францию, где сразу же были расформированы (20 июня 1814 г.).
В июне 1814 г. экс-пасынок (или Принц/вице-король Евгений, как это повелось в отечественной литературе) на короткое время (в связи с кончиной матери) прибыл в Париж. Король Людовик XVIII и союзные монархи приняли его благосклонно. Они сохранили за ним все чины и титулы, а в лице русского императора Александра I Богарне нашел даже покровителя.
На Венском конгрессе (сентябрь 1814 г. июнь 1815 г.) союзные державы-победительницы решили судьбу Эжена де Богарне. Ему было выдано денежное вознаграждение в сумме 5 млн франков. За эти деньги его тесть баварский король предоставил Богарне княжество Эйхштедтское и даровал титулы принца Баварского и герцога Лейхтенбергского, утвержденнные на Венском конгрессе стран-победителей Наполеона.