Люлли остался на своем посту, но чувствовал себя все более одиноким. Он ждал, когда взгляд короля снова упадет на него. В феврале 1686 года он надеялся, что король услышит его последнюю музыкальную трагедию «Армида». Но Людовик XIV отказался слушать ее в Версале. Несколько отрывков произведения прозвучали при дворе только в личных покоях жены дофина. Монарх на мероприятии не присутствовал. Самый известный шедевр Люлли король так и не увидел. Музыканту не оставалось ничего другого, как выразить свое отчаяние в посвящении, адресованном Людовику XIV: «Что толку, Сир, что я приложил столько усилий, чтобы предложить вам эти новые концерты? Ваше Величество не был расположен их слушать и не хотел извлечь из них никакого другого удовольствия, кроме как отдать на развлечение народа. Только вам, Сир, я хочу посвящать все произведения моего гения». Люлли еще не знал, что больше никогда не предстанет перед королем.
Осенью 1686 года король заболел. Это был свищ, от которого Людовик XIV страдал несколько недель. Через три месяца в честь его выздоровления почти во всех церквях королевства зазвучали «Те Deum». Люлли не хотел упустить возможность напомнить о себе Людовику XIV. Он организовал собственный «Te Deum» с большой помпой и за свой счет. Он написал это произведение десятью годами ранее для крещения старшего сына, крестным которого был Людовик XIV. Но для выздоровления короля она должна звучать, как ему казалось, еще более торжественно.
Исполнение «Te Deum» за здравие короля состоялось 8 января 1687 года в церкви ордена фельянов на улице Сент-Оноре. Около ста хористов и пятьдесят инструменталистов занимали места в оркестре. Любовь парижан к Люлли не ослабевала. Он по-прежнему очаровывал. Уже в десять часов утра десятки людей пришли, чтобы занять свои места, хотя церемония была назначена только на поздний вечер. На алтарь было возложено две короны, украшенные драгоценными камнями. Люстры и жирандоли освещали церковь. В этот день Люлли использовал трость, чтобы отбивать такт, а также, вероятно, чтобы лучше обозначить свое рвение. Он ходил взад и вперед, энергично жестикулируя. Проявлял ли он нетерпение или раздражение? Мы не знаем. Факт остается фактом: трость с силой ударялась об пол, в пылу Люлли не заметил, как попал себе по ноге. Его пронзила боль. Трость почти проткнула плоть. Было только одно решение: обратиться к врачу. Через несколько часов ему порекомендовали ампутировать мизинец. В прошлом блестящий танцор, Люлли больше всего на свете беспокоился о своих ногах и потому отказался.
Несмотря на «Те Deum» в честь короля, Люлли был лишен своего театра в начале 1687 года. Людовик XIV также потребовал, чтобы он покинул Пале-Рояль вместе со своей труппой. Прошло несколько недель, и на ноге начала развиваться гангрена. Композитору предложили согласиться на ампутацию стопы, а затем и всей ноги. Были проведены консультации с лучшими хирургами Парижа. Но Люлли снова отказался. В марте 1687 года, в смертный час, в дом композитора пришел священник. Он объяснил, что соборует Люлли только в том случае, если тот покается в своей скандальной жизни. Он был вынужден сжечь партитуру музыкальной трагедии, которую писал, «Ахилл и Поликсена», чтобы показать, что сожалеет обо всех прошлых операх. Священник также потребовал, чтобы Люлли никогда больше не сочинял опер. Он должен был поклясться прекратить все в тот же день. Люлли пообещал отказаться от оперы и посвятить себя только молитвам Богу. К нему в комнату пригласили родственников и членов прихода. Он просил прощения за совершенные им скандальные преступления. Он указал на ящик, где хранилась партитура «Ахилла и Поликсены».