Африка (332 последовательности): BQ.1.1 (23,7%), BA.2.10.1 (12,3%) и XBB.2 (12,1%);
Америка (40 010 последовательностей): BQ.1.1 (37,5%), XBB.1.5 (19,6%) и BQ.1 (19,6%);
Восточное Средиземноморье (85 последовательностей): XBB.1 (37,2%), BN.1 (10,3%) и BA.5.2 (10,3%);
Европа (40379 последовательностей): BQ.1.1 (31,3%), BQ.1 (13,0%) и CH.1.1 (12,3%);
Юго-Восточная Азия (389 последовательностей): XBB.1 (41,1%), BQ.1.1 (14,3%) и BA.2.10.1 (6,0%);
Западная часть Тихого океана (15515 последовательностей): BA.5.2 (30,1%), BF.7 (13,2%) и BQ.1.1 (8,5%).
В настоящее время ВОЗ уделяет первоочередное внимание мониторингу четырех потомков Омикрона. С 9 по 15 января 2023 г. было зарегистрировано 1147 последовательностей BF.7 (4,6%), 11 674 последовательностей BQ.1 (46,9%), в том числе BQ.1.1 (7189 последовательностей, 28,9%). Было 3473 последовательности BA.2.75 (13,9%), включая BA.2.75.2 (35 последовательностей, <1%) и CH.1.1 (1672 последовательности, 6,7%). Наконец, 4049 последовательностей XBB (16,3%), включая XBB.1.5 (3005 последовательностей, 12,1%), были отправлены в GISAID по всему миру. [175]
Согласно обновленной информации китайских властей, с 26 сентября 2022 года по 23 января 2023 года по всей стране было проанализировано 18 906 последовательностей. Распространенность подштаммов: BA.5.2 (70,8%) и BF.7 (23,4%) были наиболее распространенными циркулирующими подштаммами. Что касается региональных различий, согласно имеющимся данным, BF.7 доминирует в Пекине и Тяньцзине, а BA.5.2 доминирует в большинстве других провинций. (ВОЗ)
В данный момент я веду также подробную хронологию о COVID, и подробнее напишу обо всем в моей новой книге (пока не знаю, когда эта книга будет опубликована).
IV. ПРОИСХОЖДЕНИЕ ВИРУСА
В определенный момент вирус в своем природном очаге мутировал и приобрел новый протеин, который сделал его опасным для человека. Это произошло в процессе спилловера (англ. spillover).
Однако, данные систематического анализа предложили три постулированные гипотезы относительно происхождения SARS-CoV-2, которые включают зоонозное происхождение, лабораторное происхождение и неясное происхождение. [425]
Резервуар вируса летучие мыши (Rhinolophus sinicus [12]); промежуточный хозяин: ящерица панголин (Manis javanica)? [615617] Существование промежуточного животного-хозяина SARS-CoV-2 между вероятным резервуаром летучей мыши и людьми все еще находится в стадии исследования. [13] Этим промежуточным животным-хозяином может быть домашнее животное, дикое животное или одомашненное дикое животное. [71]
22 января 2020 в Journal of Medical Virology Wei Ji и соавторами было опубликовано исследование о том, что SARS-CoV-2 обладает наиболее сходной генетической информацией с коронавирусом летучей мыши и наиболее схожим смещением в использовании кодонов со змеиным коронавирусом. Тем не менее, последующие исследования показали, что источником вируса всё же являются летучие мыши.
Обнаружение белка AS-SCoV2 и bat-SL-RatG13 у вируса SARS-CoV-2 позволило предположить, что новый коронавирус, вероятно, возник в результате генетического дрейфа из bat-SL-CoV-RaTG13 [15] или Bat SARSr CoV-ZC45, Bat SARSr CoV-ZXC21. [93]
В исследовании «Genomic variance of the 2019‐nCoV coronavirus» обнаружено, что геном CoV летучей мыши на 96,2% идентичен геному 2019-nCoV, также набор белков SARS-CoV-2 на 77,1% идентичен протеому вируса SARS. [16] Исследования множественного анализа последовательностей показали, что последовательности генома SARS-CoV-2 демонстрируют более чем 99% идентичность [16,90,91]. Низкая гетерогенность последовательностей свидетельствует о том, что все эти SARS-CoV-2 происходили от одного и того же источника в течение очень короткого периода. [90] При анализе 160 полных геномов SARS-CoV-2 человека в начале пандемии исследователи из Кембриджского университета обнаружили три центральных типа вируса, отличающихся аминокислотным изменением: A, B и C. Типы A и C были обнаружены, в основном, у европейцев и американцев, тогда как тип B был наиболее распространенным типом в Восточной Азии. [111] В начале пандемии уровень мутаций SARS-CoV-2 был низок, и не было никаких доказательств того, что произошла вирусная рекомбинация. [93]
Учёные пришли к выводу, что вирус SARS-CoV-2 не произошел непосредственно от панголинов. Однако, из-за ограниченных метагеномных данных о вирусах, полученных из панголинов, нельзя исключить, что другие китайские панголины могут содержать коронавирусы, которые демонстрируют большее сходство с вирусом SARS-CoV-2. [17]
Анализ общедоступных данных о последовательности генома из SARS-CoV-2 и родственных вирусов не выявил доказательств того, что вирус был произведен в лаборатории. [31] Все имеющиеся на сегодняшний день доказательства свидетельствуют о том, что вирус имеет естественное животное происхождение и не является манипулируемым или сконструированным вирусом. (ВОЗ 2020, Coronavirus disease 2019 (COVID-19). Situation Report 94) [71]
На основании имеющейся информации в начале вспышки не было известно, оказывает ли SARS-CoV-2 влияние на здоровье животных, и о конкретных событиях не сообщалось у конкретных животных. [14]
Однако, в начале февраля 2020 года собака из Тай-Хана, Гонконг, которая жила в той же семье, что и пациент с COVID-19, стала положительной на SARS-CoV-2 при ОТ-ПЦР, и не имела клинических признаков.
На факультете ветеринарной медицины Университета Льежа была обнаружена РНК вируса SARS-CoV-2 в кале кошки с рвотой и клиническими признаками заболеваний органов пищеварения и дыхательных путей. Кот заболел через 1 неделю после возвращения хозяина из Италии. Он имел клинические симптомы (анорексия, диарея, рвота, кашель и поверхностное дыхание), совместимые с классической коронавирусной инфекцией (респираторные и / или пищеварительные симптомы). У кошки был положительный результат на вирус SARS-CoV-2 в последующих пробах стула и желудочного сока. Положительные результаты ПЦР были подтверждены секвенированием. Через девять дней после появления клинических симптомов состояние кошки улучшилось. Мнение Научного комитета: «Научный комитет принял к сведению сообщения о предполагаемых случаях обнаружения вируса SARS-CoV-2 у домашних животных (2 собаки в Гонконге и 1 кошка в Бельгии). На основании этих данных Научный комитет считает низким риск передачи вируса от человека к животным». [73]
Позже также сообщалось об обнаружении SARS-CoV-2 у тигра из зоопарка в Нью-Йорке. [72]
Ещё одно исследование показало, что SARS-CоV-2 легко заражал кошек и хорьков, но обладает слабой способностью заражать собак, свиней, кур и уток. [92]
Было обнаружено, что значительный процент животных инфицирован SARS-CoV-2, при этом норка входит в число наиболее частых животных, за ней следуют собаки и кошки. [536]
Некоторые млекопитающие, включая кошек, собак, полевок, хорьков, летучих мышей, хомяков, норок, свиней, кроликов, енотовидных собак и белохвостых оленей, заразились вирусом естественным путем. Некоторые лабораторные открытия показали, что такие животные, как кошки, хорьки, фруктовые летучие мыши, хомяки, енотовидные собаки и белохвостые олени, могут передавать болезнь другим животным того же вида. [583]
Большинство моделей COVID-19 на животных повторяли мягкую модель человеческого COVID-19 с фенотипом полного выздоровления. Серьезных заболеваний, связанных со смертностью, не наблюдалось, что свидетельствует о большом разрыве между COVID-19 в моделях человека и животных. [595]
В отчете Нацразведки США в конце августа 2021 года говорится, что все разведагентства США рассматривают две версии происхождения вируса: естественный контакт с инфицированным животным или инцидент, связанный с лабораторией Уханьского института вирусологии. При этом, в разведке считают, что коронавирус не был разработкой биологического оружия. Большинство разведагентств также полагают, что SARS-CoV-2 не был создан с помощью генной инженерии. [183]
Недавно директор Федерального бюро расследований США Кристофер Рэй заявил, что коронавирус «скорее всего» был спровоцирован утечкой из лаборатории в Китае. Об этом он сказал в интервью телеканалу Fox News. По его словам, в ФБР давно считают, что причиной пандемии «вероятно является потенциальный инцидент в лаборатории в Ухане, Китай».
Несмотря на то, что зоонозное происхождение SARS-CoV-2 до сих пор окончательно не установлено, другие данные предполагают зоонозное происхождение, в отличие от некоторых альтернативных концепций, включая вероятность лабораторной аварии или утечки. Данные показывают, что зоонозное происхождение имеет более высокую доказательную поддержку, чем лабораторное происхождение. [425]
5 июля 2020 г. британский эпидемиолог Том Джефферсон, почетный старший научный сотрудник Центра доказательной медицины (CEBM) Оксфордского университета [239], выдвинул гипотезу о том, что вирус SARS-CoV-2 является «спящим» вирусом и что он был активирован, породив эпидемию COVID-19 в результате конкретных и малоизвестных экологических обстоятельств; в поддержку этой гипотезы два факта [240] [241]:
по мнению исследователей из Института Макса Планка и Каролинского Института, вирус уже присутствовал во времена неандертальцев, на самом деле они обнаружили унаследованный от неандертальцев геномный сегмент размером ~ 50 kb, который встречается с частотой ~ 30% в Южной Азии и ~8% в Европе [242];
вирус был обнаружен задолго до вспышки COVID-19 в разных сточных водах из разных канализационных систем по всему миру. [243] [244]
До сих пор не было доказательств того, что морепродукты с рынка в Ухане вызвали пневмонию, связанную с SARS-CoV-2. [37] Хотя, пробы окружающей среды, взятые с этого рынка в декабре 2019 года, дали положительный результат на SARS-CoV-2, что еще раз свидетельствует о том, что рынок в городе Ухань был источником этой вспышки или играл роль в её первоначальном усилении. [71]
V. МЕХАНИЗМЫ ПЕРЕДАЧИ
1) Прямой капельный, от человека к человеку [97] (через капельки слюны зараженного пациента после длительного прямого контакта, более 15 минут, на расстоянии менее 1 метра). Является основным путём передачи вируса; несколько исследований демонстрируют непрерывную передачу от человека к человеку [277,278; RCOG].
2) непрямой (контактно-бытовой) при прикосновении к поверхностям, на которых находится вирус. Этот путь инфицирования менее вероятный. Команда вирусолога Хендрика Штрека из Хайнсберга пришла к выводу, что на поверхностях жизнеспособных вирусов нет только нежизнеспособные.
Интересно, что у полностью бессимптомных субъектов может быть вирусная нагрузка, аналогичная таковой у пациентов с симптомами [284].
Данные одного систематического обзора показывают положительную корреляцию между вирусной нагрузкой SARS-CoV-2 и его трансмиссивностью. [310]
Эпидемиологические данные из нескольких источников показывают, что передача SARS-CoV-2 более эффективна в холодном и сухом климате, чем в жарких и влажных местах. [378,379]
Текущие данные свидетельствуют о том, что SARS-CoV-2 может передаваться во время авиаперелетов, но опубликованные данные не позволяют сделать убедительную оценку вероятности и масштабов. [422] В одном обзоре говорится, что скученность и большее количество людей в каюте были связаны с повышенным риском передачи инфекции на круизных лайнерах. (E C Rosca, 2022)
В среднем, на каждое первичное заражение приходилось 5,8 близких контакта. Среди близких контактов с COVID-19 пожилой возраст и контакты в домохозяйствах были связаны с более высокими показателями заражения, а тесные контакты с симптоматическими пациентами имели в три раза более высокий риск заражения, чем тесные контакты с бессимптомными пациентами. [645]
Передача SARS-CoV-2 с хирургическим дымом и аэрозолями еще не наблюдалась. Однако, учитывая потенциальный риск передачи вируса, при выполнении операций следует соблюдать осторожность, чтобы обеспечить безопасность персонала операционной. [654]
В исследовании китайских врачей были упоминания об обнаружении вируса в фекальных массах больных. [18] Выделение вируса SARS-CoV-2 из образцов стула от пациентов с COVID-19 продемонстрировало, что SARS-CoV-2 может распространяться через фекалии. Тем не менее, фекально-оральный механизм передачи официально не подтверждён.
Продолжительность положительного результата на РНК SARS-CoV-2 составила 18,29 дня в образцах из верхних дыхательных путей. Продолжительность в мокроте и кале была больше, а в крови короче. Продолжительность обнаружения в образцах верхних дыхательных путей была больше у лиц пожилого возраста, с любыми сопутствующими заболеваниями, более тяжелыми и получавшими глюкокортикоиды. [569]
Совокупная распространенность РНК SARS-CoV-2 в желудочно-кишечном тракте у детей с COVID-19 составила 86%. После того, как респираторный образец стал отрицательным, у 72% была стойкая элиминация в желудочно-кишечных образцах. РНК SARS-CoV-2 в желудочно-кишечном тракте дает положительный результат теста в течение более 70 дней после появления симптомов. [449] У детей с COVID-19 наблюдается более длительное выделение вируса с калом по сравнению со взрослыми. Плохая практика гигиены рук у детей, их склонность к глотанию мокроты и/или слюны, разница в экспрессии ACE2 в кишечнике у детей и взрослых, а также различия в иммунном статусе и кишечном микробиоме могут рассматриваться как потенциальные факторы более длительного веделения вирусной инфекции с фекалиями у детей. [530]
Анализ показал постоянное обнаружение вируса в образцах верхних дыхательных путей, нижних дыхательных путей и стула, независимо от клинической тяжести COVID-19. Этот анализ показывает, что SARS-CoV-2 дольше сохраняется в нижних дыхательных путях, чем в верхних дыхательных путях у взрослых пациентов. [552]
Кроме того, Xia и соавт. обнаружили РНК SARS-CoV-2 в двух образцах слёз и секрета конъюнктивы у одного пациента из 30 с конъюнктивитом и с диагнозом COVID‐19. У 29 остальных пациентов конъюнктивита не было. Исследователи отметили, что передача SARS-CoV-2 через конъюнктивальный секрет не распространена и менее вероятна, но также заявили, что риск передачи не может быть полностью исключен. [19] В Италии также обнаружили SARS-CoV-2 в образцах слёз пациента. Другое исследование предполагает, что нет никаких доказательств того, что структура глаза может быть дополнительным путем передачи SARS-CoV-2, однако это заслуживает дальнейшего изучения. [467]
Риск, связанный с человеческой кровью для передачи другим людям, достоверно неизвестен. Имеются данные, что ни у одного реципиента тромбоцитов или эритроцитарной массы от доноров в Корее, у которых после донорства была диагностирована инфекция SARS-CoV-2 или был получен положительный результат на РНК SARS-CoV-2, не развились симптомы, связанные с COVID-19. [11] Несмотря на отсутствие каких-либо доказательств передачи COVID-19 при донорстве органов [104], нельзя пренебрегать этим путем передачи, поскольку вирус был выделен из крови приблизительно у 15% пациентов [105].
Использование нелегочных органов (почек, печени и сердца) от доноров, положительных на SARS-CoV-2, представляется безопасной практикой с низким риском передачи независимо от наличия симптомов на момент сбора. Низкая репликация вируса (Ct> 30) была безопасной среди доноров органов, не являющихся легкими. [452]