В 1478 г. Казанский хан, нарушив клятвенные обеты, захватил Вятскую землю. Весной следующего года устюжане и вятичи выжгли селения по Каме, а московский воевода по берегам Волги. Казанский хан Ибрагим запросил мира, однако вскоре он умер, оставив от разных жен много детей. После братоубийственной стычек князем Казани стал Алегам, недруг Руси. Стороннику московской ориентации Мухаммед-Эмину пришлось бежать в Москву. Он бил великому князю челом и назвал его отцом, т.е. совершил акт феодальной коммендации, признав свою зависимость от русского государства. Взамен беглец просил у великого князя «силы на брата своего».
12 апреля 1487 г. под предводительством князя Даниила Дмитриевича Холмского начался поход русских войск на Казань последний поход XV века. 18 мая конная и судовая рати оказалась под стенами ханской столицы. Али-хан сделал попытку отрезать русских, но был обращен в бегство. Началась осада Казани. Вокруг города для полной блокировки был построен непрерывный острог контрвалационная линия.
Осажденные казанцы не были едины. Их волю к сопротивлению ослабляли сторонники русских, которые, в конце концов, свергли хана Али, открыли 9 июля ворота Казани и выдали хана и всю его семью русским военачальникам. Русские войска вступили в Казань и начали ее разграбление.
На престол хана Казанского вновь был возведен Мухаммед-Эмин, окруженный русскими советниками. Хана Али и его семью отправили в ссылку.
Мусульманские государства соседи Казанского ханства Ногайская Орда и Сибирское ханство были шокированы расправой, учиненной Московским князем в независимом Казанском ханстве. Они сделали дипломатическое представление Москве, потребовали освобождения хана Али и его семьи и передать их, хотя бы за выкуп, в мусульманские страны. Однако Иван III отклонил подобные предложения. Вместе с тем, великий князь не решился идти на полное присоединение к Москве Казанского ханства, ограничившись тем, что к своему титулу он добавил слова «государь Булгарии».
Трамплином для ведения своей политики в северо-восточной части Европы, т. е. Новгорода, был Псков, поэтому Иван III при всем желании лишать города своего права голоса и подчинить их полностью Москве, должен был проявить здесь большую деликатность. Еще в 1461 г. Василий II прислал в Псков князя Владимира, которого не просили и не хотели. По сути дела это был уже московский наместник. Псковичам пришлось мириться и принять неугодного им князя, но в 1462 г., когда умер Василий II, Владимир был немедленно изгнан. «Выгнаша псковичи князя Володимира Ондреевича изо Пскова, а иные люди на вечи с степени съпхнули его; и он поехал на Москву с бесчестием к великому князю Ивану Васильевичу жаловатися на Псков»55.
Псковский летописец сообщает, что на вече «некоторые невежественные люди» даже спихнули его со ступени.
После изгнания неугодного Владимира псковичам пришлось вновь обратиться за князем к Москве, поскольку существовать без поддержки Москвы Псков не мог. К новому великому князю Ивану III были отправлены послами псковские посадники. Тот, желая наказать псковичей за непокорность, три дня продержал послов в сенях великокняжеского дворца, отказываясь их принять. Но ссориться с Псковом в то время ему было не выгодно: Москве предстояла долгая и трудная борьба с боярским Новгородом. Поэтому Иван III дал псковичам того князя, кого они просили. Но отношения между Псковом и Москвой с этого времени стали меняться. Московские наместники забирали себе все большую власть, что привело к восстанию в 1483 г. На этот раз восставшие не решились выгнать князя, но отправили послов к Ивану III с просьбой восстановить «старину», дать им другого князя, не нарушавшего прав вече. Иван III на эти просьбы ответил отказом и требовал, чтобы псковичи признали свою вину и подчинялись московскому наместнику. Восставшим не удалось добиться успеха. Но и Иван III принял к сведению сопротивление псковичей и не настаивал до поры до времени на дальнейшем увеличении своей власти в Пскове.
Напряженно складывались отношения у Ивана III с Господином Великим Новгородом. Его городская верхушка стала проявлять активное сближение с Западом. Великий князь отправлял в Новгород послов с требованием: «Исправитися ко мне, моя отчина, нас и знайте; а в земли и в воды мои великаго князя не вступайтеся, а имя мое держите великаго князя честно и грозно по старине, а ко мне к великому князю посылайте бити челом по докончанию; и аз, свою отчину, жаловати хощу вас и в старине держати»56. Они не желали подчиняться Московскому князю, говоря-де Новгород не отчина великого князя, Новгород сам себе господин, и склонились под патронаж Польского короля и великого князя Литовского Казимира IV. В 1470 г. ситуация обострилась, новгородцы пригласили к себе на службу Литовского князя Михаила Олельковича (Александровича) с дружиной.
По поручению Ивана в Новгород прибыл митрополит Филипп, пытавшийся внушить горожанам, что переход под власть государя «латинской веры» есть измена православию. Однако посланцев РПЦ выдворили из Новгорода. После ухода князя Олельковича послы Новгородцев, во главе с вдовой бывшего посадника Марфой Борецкой, заключили с Казимиром договор, по которому Новгород отдавался под власть короля Польского и великого князя Литовского при сохранении новгородских обычаев и привилегий. Этого Иван вынести уже не мог.
Решающая кровопролитная битва произошла 14 июля 1471 г. на р. Шелонь, где новгородское войско было разгромлено, вся боярская верхушка попала в плен. В руки Ивана попала грамота, подготовленная для Казимира, с точки зрения Московского князя она стала свидетельством измены новгородцев своему отечеству. За свою вину новгородцы должны были выплатить сумму в 16 тыс. рублей, четверо главных зачинщиков были публично казнены, остальных отправили в коломенскую тюрьму. Дальнейшее прикрепление Новгорода к Москве послужили внутренние раздоры, жители, недовольные на самоуправство посадника Ананьина, обратились с мольбами на него к Ивану III. В конце октября 1475 г. Иван выехал из Москвы в Новгород для разбора дела, а 26 октября в Городище состоялся княжеский суд. Подобная ситуация в корне меняло народное сознание, поскольку здесь на лицо происходило пренебрежение традицией, по которой должностных лиц судили только вече и совет господ. Произведя суд, Московский князь демонстрировал усиление своей власти, и то, что только князь способен защитить народ. Иван счел обвинения в сторону посадника и его сторонников правильными, арестовал их и отправил в Москву. Кроме того взял с них штраф на сумму 1500 руб.
Несмотря на все, новгородцам понравился справедливый суд и теперь многие стали искать правду в Москве, а Иван III вызывать жителей Новгорода для суда в Москву, чего прежде никогда не было. Хитрая политика великого князя, настраивающая новгородцев на главенство Москвы, вызывало неудовольствие бояр, у них по-прежнему были сильны польские настроения.
В мае 1477 г. они подняли мятеж против великого князя и убили его сторонников. Новгородские события вновь заставили Ивана III отправиться с войском наводить порядок. 27 ноября московские полки, расположились на льду озера Ильмень. В ходе многодневных переговоров Иван III проявил твердость, ни на какие уступки согласия не дал и объявил, что в Новгороде не будет ни вече, ни посадника, а вечевой колокол, древний символ «Господина Великого Новгорода» будет снят и отправлен в Москву. Однако Иван пошел на уступки, обещая новгородцам оставить ряд привилегий: право сношений с соседней Швецией. Обещал не выселять новгородских бояр из города и не привлекать новгородцев к московской службе.
Твердая позиция Ивана III совпала с изменой внутри Новгорода. Глава новгородской рати В. В. Шуйский перешел на сторону великого князя и теперь новгородцам ничего не оставалось, как принять условия Ивана III. 15 января князь И. Ю. Патрикеев с четырьмя московскими боярами получил от новгородцев грамоту с 58 печатями о том, что они обязываются верно служить Ивана III, и стал приводить новгородцев к крестному целованию, затем были поставлены новые наместники. Однако все эти действия не возымели должного результата, менее чем через два года наместники стали доносить, что сам владыка Феофил и некоторые знатные новгородцы ссылаются с Польским королем Казимиром и хотят восстановить прежние вольности. Ситуация осложнялась тем, что Польский король вошел в союзнические отношения с Золотой Ордой и планировал совместный поход на Москву, кроме того, политикой централизации стали недовольны его братья Андрей Большой и Борис Волоцкий они отправились в Псков для дальнейшего отъезда в Литву. Однако все эти события не остановили Ивана III. В октябре 1479 г. он с небольшим отрядом, якобы с миром, подошли с городу, но горожане отказались открыть ему ворота, тогда стало все очевидно. Вслед за ним подошло и основное войско. Только после того, как пушки стали обстреливать город, владыка города, новый посадник, тысяцкий и другие важные лица Новгорода вышли к Ивану. Заняв город, Иван начал методическую расправу. Архиепископ Феофил был сведен с кафедры и отправлен в Чудов монастырь в Московском Кремле, вместо него был поставлен старец Троице-Сергиева монастыря Сергий. Были выявлены и казнены 100 человек заговорщиков, другие 100 знатных семейств были разостланы по городам бывшего Московского княжества. В 1480 г. 50 наиболее богатых новгородских купцов были отправлены во Владимир, в 1482 г. более 7000 новгородцев были переведены в различные города, на их место приехали жители Москвы и других центральных городов. Политика переселения оказалась более эффективной, нежели аресты и казни.
Большое сопротивление по присоединению к Москве оказал некогда Новгородский город Вятка. В 1489 г. против вятичан выступило войско во главе с Даниилом Щеней и Григорий Морозовым. Город сдался, главные противники Москвы были повешены, остальных представителей знати с женами и имуществом разослали по разным центральным городам.
Рязанский князь Василий еще во времена Василия Темного был взят в Москву и там воспитан. В 1464 г. Ивана III отпустил его на родину, а, поскольку, он был женат на сестре великого князя, Анне, связь с ним не прерывалась. В 1483 г. князь Василий умер, оставив свои владения старшему сыну Ивану. Тот предпочел сразу заключить договор с великим князем, по которому значился младшим братом и имел права удельного князя, а после смерти Ивана Рязанского в 1500 г. его сын попал еще в большую зависимость от великого князя.
С Тверским князем Михаилом Борисовичем отношения складывались дружественные, пока была жива первая жена Ивана III Мария. С 1484 г. Михаил стал отдаляться в сторону Литвы и даже вступил в родственные отношения с Казимиром. Наконец, был заключен договор, по которому Тверской князь обязывался помогать своему новому родственнику и явно имел антимосковскую направленность. Это понял Иван III и он сразу направил свое войско в Тверскую землю. Казимир не пришел на помощь, и Михаилу пришлось признать главенство Москвы. Через некоторое время Тверской князь опять попытался сблизиться с Литвой и отправил к Казимиру гонца, но тот был перехвачен и доставлен в Москву. 8 сентября 1485 г. московское войско окружило Тверь. После того, как посады были сожжены, тверская знать в массовом порядке стала переходить на сторону Ивана III. Сам Михаил под покровом ночи бежал в Литву, а его владения перешли в собственность великого князя. В Твери он оставил наместником старшего сына Ивана.
Верейский князь Михаил Андреевич долго сохранял независимость. Он был союзником Ивана III и активно помогал ему в борьбе с ордынцами. Породнился с великим князем, женив своего сына Василия на племяннице второй жены Ивана III, Софье Палеолог. Через некоторое время между ними произошла семейная ссора (вероятно, не случайно) и Иван III обрушился на Верейского князя. Василий бежал в Литву, а его отец лишился своего удела.
В 1474 г. после смерти Юрия Дмитровского, Иван III без всякого совета с остальными братьями присоединил его владения к своим. В борьбе с ордынцами братья Ивана III Андрей Угличский и Борис Волоцкий, смогли выторговать у него некоторые территории за оказанную им помощь. После смерти младшего брата, Андрея Меньшого, великий князь по завещанию получил все его владения. Через некоторое время Иван III обновил договора со средними братьями, теперь они должны были поддерживать его во всем. В 1491 г. Иван III приказал братьям послать войска на помощь своему союзнику Крымскому хану Менгли-Гирею. Андрей не подчинился. Тогда по приказу великого князя его схватили и бросили в тюрьму. В конце 1494 г. он умер в заточении. Борис Волоцкий умер своей смертью и передал удел сыну. Но тот уже никакой самостоятельной роли не играл.
Русские князья, проживавшие на Литовских землях и подчинявшиеся Казимиру, с симпатией смотрели на успехи великого князя и вскоре стали иметь желание перейти к нему на службу. В 1483 г. на службу к Ивану III прибыли князья Воротынские, Иван и Семён, вместе со своими отчинами и захваченными городами Серпейск и Мещовск. В это же время великокняжеские воеводы Денис Щеня и Василий Патрикеев взяли Вязьму, приехал служить и князь М. Р. Мезецкий, приведя с собой пленными двух родных братьев, которых сослали в Ярославль. Сын Казимира, Александр, став великим князем Литовским, решил упрочить положение своего таявшего государства браком с дочерью Ивана III, Еленой. Однако этот брак не улучшил отношения между соседями. Вскоре начался массовый переход князей на сторону Ивана III. Вместе с собой они забирали свои волости, так Чернигов, Стародуб, Галич, Любеч, Рыльск, Новгород Северский вскоре стали за Московское княжество. Александр решил выступить в поход. Решающая битва произошла 14 июля 1500 г. на р. Ведроша. Литовцы были разбиты, а сам гетман К. Острожский попал в плен. Вместе с тем другие воеводы взяли Торопец, Оршу, Мстиславль.
В 1492 г. на берегу р. Наровы, напротив крепости Нарва, возводится русское укрепление Ивангород. Этим Иван III закрепил на северо-западе границу Руси. Вместе с тем земли Русского государства расширялись и на восток. С 1487 г. Казанское ханство считало себя вассалом Москвы, одновременно с этим началось присоединение поволжских народов: чувашей, мордовцев, марийцев.
Отношения с Ордой, и без того бывшие напряженными, к концу 1470-х г. окончательно испортились. Орда продолжала распадаться: на территории прежней Золотой Орды, помимо непосредственно приемника Большой Орды, образовались также Астраханская, Казанская, Крымская, Ногайская и Сибирская Орды. При Иване III, если принять во внимание насколько выросли силы Москвы, объединившей большую часть русских земель, и насколько ослабла Орда, зависимость от нее становилась анахронизмом.
Используя все более осложнявшиеся отношения хана Большой Орды Ахмата с Крымским ханом Менгли-Гиреем и турецким султаном, Иван III стал выплачивать дань хану не регулярно. В 1471 г. Ахмет вступил в союзнические отношения с великим князем Литовским и Польским королем Казимиром, а в 1472 г. с войском подошел к Алексину, сжег город и остановился у Оки. Вскоре сюда же стали подходить и основные силы великого князя.