Смутное время способствовала усилению власти и ее централизации, поскольку центральная власть искала опору не в самоуправляющихся мирах, а в усилении приказной системы. В Смуту местное управление во многих городах сохранялось, поэтому, в интересах централизации власти в его были внесены некоторые коррективы. Воеводы стали назначаться на 12 года из дворян по московскому списку. В их ведении находились приказные избы, копировавшие структуру столичных приказов. Они занимались вопросами обороны, строительства и укреплений дорог, мостов и т. д. Сборами налогов обычно ведали губные старосты и целовальники. Иногда по просьбе горожан (не приграничных городов) царь разрешал обходиться без воевод, а только посредством губных старост.
Особого внимания требовали приграничные города, поскольку Россия была в состоянии войны с Речью Посполитой, Швецией и образовавшимся на юге Астраханским «государством» Марины Мнишек и И. Заруцкого. В 120 городах-крепостях были заменены воеводы и присланы осадные и стрелецкие головы. Им следовало отремонтировать укрепления, провести ревизию вооружения, переписать ратных людей, разделить на сотни и выбрать для каждой начальника голову.
С другой стороны, давние и широкие связи боярского дома Романовых давали возможности ввести в администрацию на разных её ступенях, своих доверенных людей. Свойство родства и простая близость к царствующему дому становится источником придворной и служебной карьеры. Развеянное погромами Грозного и Смутой, старое боярство быстро заменилось новой знатью.
Тушинская распущенность сказалась в нравах деятелей, теперь поднявшихся к власти. Их вымогательства и хищения вызывали ропот; в приказах «дела мало вершились» а брали с ходатаев помногу, потворствуя тем, «за кого заступы великие». В народе осуждали бояр, которых древний враг-дьявол «возвысил на мздоимание», расхищение царских земель, утеснение народа; иноземцы полагали, что такое правление «если останется в теперешнем положении, долго продлиться не может»22 (Исаак Масса). Руководители приказного управления сеяли недовольство, назначая на воеводство и по приказам своих людей, шедших по их примеру.
По идее, воевода, ведая всеми делами своего уезда, должен был быть не самостоятельным наместником, а исполнителем подробных наказов и частных отдельных предписаний столичных приказов, носителем административной централизации. Но, в то же время, запутанность всего дела, неосведомлённость высшей власти и общее расстройство порядка, заставляли предоставлять воеводам полномочия столь же широкие, сколь и неопределённые, требуя от них инициативы и усмотрения, «смотря по тамошнему делу», как окажется «пригоже». Воевода не был «кормленщиком», казённые доходы отправлял в казну, не получал от населения уставных кормов, но и не получал жалования по должности, а «добровольные» дары в благодарность не осуждались ни правительством, ни нравами, и воевода кормился со всем своим приказным людом «от дел».
Такая постановка должности открывала широкий простор для лихоимства, вымогательства, произвола и казнокрадства. Нравственный уровень русской администрации всегда был невысок, а теперь же был ещё больше отравлен навыками «разрух», а общая её организация, при отсутствии контроля и ответственности, не оставила сколько-нибудь действенных сдержек. Население роптало на воеводскую власть, ненавидело приказных людей, а былые органы его самоуправления оказались подавленными этой новой силой и превратились в простых исполнителей её распоряжений, неся при них чёрную административную работу. Только тяжкая нужда и горькие воспоминания Смуты, сознание национальной опасности и влияние Земских соборов сдерживали, до поры до времени, раздражённое народное настроение, и правительственная машина, при всех своих коренных недостатках, заработала, устраняя, шаг за шагом, наиболее резкие последствия пережитой разрухи, но и не более того, укрепляя тем чиновничье-административную деспотию центральной власти.
В первый год царствования Михаила Фёдоровича особую тревогу правительства вызывал Астраханский «господарь» Заруцкий. Точнее, был опасен не сам Заруцкий, сколько его влияние на неустойчивую казацкую среду. Объединившись с ним, казаки могли вновь дестабилизировать ситуацию в стране. Поэтому, по инициативе царя по всем городам были разосланы грамоты, сообщавшие о новом законном правительстве, вернувшем людям прежний порядок и призывавший казаков и всех людей, ещё не оставившие злые дела, служить Земле и государю; всех, кто «придёт в чувство», ожидало полное прощение. Призывы эти имели своё определённое действие, разлагая силы врагов порядка. Где уговоры не помогали, применялся военный нажим. Вместе с тем, само население продолжало дело местной самообороны. Именно с помощью местных сил и был сломлен главный внутренний враг.
Прибыв в Астрахань, Заруцкий, казнив местного воеводу, князя И. Хворостинина, и некоторое число верных ему соратников, отправил в Персию послов, с просьбой к шаху Аббасу принять его в качестве вассала и оказать ему помощь в овладении Московским престолом. Одновременно с этим, он обратился к волжским и терским казакам с призывом идти вместе с ним в поход на Москву. Однако большинство казаков, уже уставших от войны, могло убедиться в законности избранной власти, и потому на призыв Заруцкого отозвалась только небольшая часть молодых казаков, жаждавших «чужого зипуна». В Астрахани Заруцкий, поддерживаемый прибывшими казаками, и временами именовавший себя царевичем Дмитрием, вёл себя, как главарь самой настоящей разбойничьей шайки. Видя нерасположение к себе местных жителей, он стал притеснять их, что, в конце концов, закончилось их восстанием. Заруцкий вынужден был спасаться за высокими стенами кремля, ощетинившись пушками. К этому времени дозрели и разногласия атамана с гарнизоном Терского городка. Какое-то время, сомневаясь в законности избрания Михаила Фёдоровича, гарнизон поддерживал союзнические отношения с новым астраханским диктатором, но разобравшись в ситуации, решили занять сторону центральной власти. Присягнув царю Михаилу, терские люди снарядили против Заруцкого стрелецкого голову Василия Хохлова с семьюстами ратниками. Когда Хохлов подошёл к Астрахани, жители города тут же примкнули к терским людям, и атаману ничего не оставалось делать, как бежать из города. 12 мая он, вместе с Мариной и «Ворёнком» бежал вверх по Волге. Хохлов нагнал их, побил сопровождавших их казаков и ногайцев, но «венценосной семье» удалось скрыться от преследователей. Они спустились вниз по Волге, вдоль берега моря прошли до устья реки Яик (Урал) и поднялись вверх по течению. В Яицком городке их принял атаман Ус. К этому времени к Астрахани подошло войско князя Одоевского. Узнав о местонахождении атамана, князь отрядил на его преследование две стрелецкие команды, которые, осадив Яицкий городок, в конце июня 1614 г. принудили казаков целовать крест государю Михаилу Фёдоровичу и выдать беглецов. Под сильным конвоем их отвезли в Москву, где состоялся боярский суд. Через два месяца атамана ожидало посажение на кол, несчастного «Ворёнка» петля, Марину скорый конец в башне коломенской темницы. Сторонники Заруцкого были прощены и взяты на царскую службу. Это подняло авторитет молодого царя в казачьей среде. Смерть астраханских властителей положила конец затянувшейся авантюре Лжедмитриев, 10 лет сотрясавших устои Русского государства. Но её последствия ощущались ещё несколько десятилетий.
Если на юге к середине 1614 г. казаки успокоились, то на севере казачьи банды атамана Баловня, наводили страх на жителей Вологодского, Каргопольского и Белозерского уездов. Было решено отправить к «ворам» представителей духовенства и разных чинов, чтобы уговорить их «отстать от воровства» и перейти на царскую службу».
1 сентября 1614 г., от Земского собора в Ярославль была направлена делегация во главе с архимандритами Герасимом и Авраамием для переговоров с казаками. Они смогли уговорить часть казаков влиться в отряд воеводы М. Вельяминова и направиться против шведов. Другие не захотели подчиниться царю и сначала осадили Вологду, Ярославль, а весной 1615 г. подошли к Москве. Эти события заставили активизировать действия царского воеводы Б. М. Лыкова. Он отогнал казаков от Вологды, а в июле разгромил отряды Баловня под Москвой. Руководителей восставших казнили, а простым казакам вновь предложили поступить на царскую службу. Со второй половины 1615 г. стала проводиться перепись всех казаков, распределение по гарнизонам, наделение землями и денежными окладами. Такая политика позволила к 1619 г. покончить с беспорядками, устраиваемыми вольными казаками, и всех их записать на службу.
С первых дней царствования Михаила неотложной задачей было восстановление финансовых средств власти. Поскольку в разорённой стране население оказалось не в состоянии выплатить налоги за Смутные годы, правительство обратилось к богатым промышленникам Строгановым (к ним в трудное время обращался и В. Шуйский). В царской грамоте писалось, что «для крестьянского покоя и тишины» Михаил просит Строгановых дать взаймы денег, хлеба, рыбы, соли, сукон и других товаров. Промышленники не отказали и сначала доли 3000 руб, а потом несколько раз и более крупные суммы.
В целях изыскания финансовых средств, правительство Михаила предприняло попытку собрать налоги за прошлые годы, но она оказалась безнадёжной, времена Смуты развеяли все документы и часто былые оклады оказались вовсе неизвестными; да и применение их на деле стало невозможным, т.к. слишком изменилась в событиях последних лет хозяйственная деятельность. Тогда правительство стало прибегать к займам по доброй воле от всех торговых людей, поскольку ситуация была так тяжела, что если сейчас не помочь, то страну доведут до нового «конечного разорения» и «имения своего всего потеряют». Но следующий 1614 г., с согласия Земского собора было решено ввести чрезвычайные налоги «пятину», т.е. пятую часть всего имущества, но только для торговых людей. На третий год «пятина» становится обязательной для всего посадского населения. А в 1616 г., помимо увеличения прямых поземельных налогов, «пятина» становится обязательной для всего населения. (За период с 1613 од 1619 «пятина» собиралась семь раз, а в годы Смоленской войны ещё два раза).
Кроме основных прямых налогов вводилось много и дополнительных: «стрелецкие деньги» на содержание стрельцов, «мостовщина» плата за перевоз по мосту, «мытные сборы» плата за ввозимые товары на заставах, сбор даточных людей выделение людей либо для военных походов, либо для строительных работ и другие.
Произошли изменения и с владельцами тарханных грамот, ранее освобождёнными от всяческих налогов. Теперь они стали нести отдельные повинности (ямские деньги, стрелецкий хлеб и др.) Вместе с тем, отдельные города в начале царствования убыли освобождены от налогов на срок от 2 до 5 лет. Важную роль для России со временем стал играть экспорт хлеба, особенно выгодный в период европейского хлебного кризиса, вызванного тридцатилетней войной 16181648 гг.
Наиболее тяжёлый удар Смута нанесла по сельскому хозяйству. Грамоты с мест показывали, что в 16131617 гг. в западных районах распахивалось только 5% земельных угодий, в восточных 17%. Численность же сельского населения восстановилась только в 20-х годах XVII в.
В землевладении царила большая неразбериха, поскольку каждый властитель Смутного времени раздавал земли своих врагов приближённым. Поэтому, прежде всего, по царскому указу, размер земельных владений для всех членов Боярской думы, был ограничен 1000 четвертей.
В 1614 г. был вновь издан указ о сыске беглых крестьян, покинувших владельцев с 1 сентября 1605 г. Но землевладельцы сразу поднимают вопрос о трудности розыска беглых в указанный срок, и Троице-Сергиев монастырь первый выхлопотал себе в 16141615 гг. льготу возвращения своих беглых крестьян за 9 и 11 лет со времени побега. Однако, несмотря на ропот дворян и детей боярских на эту привилегию, правительство на первых порах не идёт на крутое усиление крестьянской крепости, не столько из опасений народного недовольства, сколько под давлением землевладельческой знати, сумевшей заполнить свои вотчины чужими крестьянами.
Так слагалась внутренняя политика царя Михаила, по существу такая же, какая была у Московских государей XVI века. Ситуация ухудшалась тем, что во главе её зачастую становились люди, хоть и опытные и умелые, но корыстные и случайные, внёсшие с собой господство интриги и произвола, которое даже иностранцев заставило с нетерпением ожидать возвращения из польского плена митрополита Филарета, отца царя.
Во внешней политике наибольшую опасность для молодого царя представляла Речь Посполитая. Бороться со столь грозным противником в одиночку было трудно. Поэтому уже в первые месяцы избрания Михаила Фёдоровича ко дворам европейских монархов были отправлены посольства с сообщениями о новом русском государе и просьбой о военной и материальной помощи. Однако традиционно дружеские Англия и Голландия денег не дали, ссылаясь на собственные трудности, Австрийский император отнеся к послам холодно, поскольку был союзником Сигизмунда. Правда, Английский король пообещал стать посредником в заключение мирного договора со Швецией и вскоре прислал в Москву своего представителя Джона Меррика.
Отношения с северным союзом также были очень сложными. Значительная часть северо-западных рисских земель вместе с Великим Новгородом находилась под властью короля Густава и он планировал посадить на Московский престол своего брата Карла-Филиппа.
В сентябре 1613 г. под Новгород против шведов были отправлены войска под командованием Д. Т. Трубецкого и Д. И. Мезецкого. С переменным успехом военные действия продолжались до 1615 г.; в этом году шведы осадили Псков, но взять его не смогли. После длительных переговоров при посредстве Д. Меррика 17 февраля 1617 г. в местечке Столбово был подписан мирный договор, по которому России возвращался Новгород с прилегающими землями, Старая Русса, Ладога, Гдов, но Швеции передавались территории по южному и восточному берегам Финского залива, Ивангород, Ям, Копорье, Орешек и Карельского уезда. Таким образом, страна оказалась отрезанной от Балтийского побережья.
России в это время было не до войны. В наказе послам, отправленным в Столбово, Михаил писал: «С шведскими послами никак ни зачем не разрывать, ссылайтесь с ними тайно, царским жалованьем их обнадеживайте, сулите и давайте что-нибудь, чтоб они доброхотали, делайте не мешкая для литовскаго дела и для истомы ратных людей»23. В итоге уже 13 марта 1617 г. Новгород вновь вошёл в состав Русского государства.
После решения вопроса со Швецией, приступили к подписанию мирного договора с Речью Посполитой. Переговоры начались осенью 1616 г. в местечке между Смоленском и Вязьмой. Русские послы требовали вернуть Смоленск и всех пленных. Поляки же хотели отдать только пленных. В интересы польской стороны, вообще не входило налаживание отношений с Москвой, оттого ею постоянно провоцировались обострения общей ситуации. Эти переговоры закончились вооружённым столкновением, польские послы были побиты и взяты в плен. В ответ король отправил на Русь войско во главе с подросшим Владиславом «для отмщения за поругание послов». В апреле 1617 г. он вступил на русскую территорию.