Выступая во главе королевского войска, Владислав имел и собственные цели он хотел сам сесть на Московский трон. Оттого, чтобы склонить на свою сторону русских дворян, он рассылал по городам грамоты, в которых обещал щедро наградить всех его сторонников. Вследствие этого, некоторые приграничные воеводы перешли на его сторону. Дорогобуж и Вязьма сами открыли полякам ворота, путь к Москве прикрывал только Можайск. Туда по приказу Михаила Фёдоровича был отправлен отряд во главе с Б. М. Лыковым и Д. М. Черкасским. Им удалось остановить поляков и заставить их зазимовать у Вязьмы. Весной 1618 г. боевые действия продолжились. Обойдя Можайск, Владислав двинулся к Москве. 25 сентября он уже был в районе Павшино. 1 октября поляки дошли до Арбатских ворот и попытались овладеть Белым городом. Михаил не покинул город и возглавил оборону. Это побудило воевод биться с особой отвагой. Взять приступом столицу поляки не смогли, потерпели они неудачу и под стенами Троице-Сергиева монастыря.
Наконец, королевич понял, что русские крепости ему не одолеть, да и что сами русские люди не желают быть его подданными. 1 декабря 1618 г. в селе Деулино у Троице-Сергиева монастыря было подписано перемирие на 14,5 лет. По его условиям Россия уступала Польше Смоленск и обширные земли на западе страны: Белую, Невель, Красный, Дорогобуж, Рославль, Почеп, Трубчевск, всего 28 русских городов (кроме Смоленска). Но получали назад Вязьму, Козельск, Мещовск, Серпейск, Стародуб, Новгород-Северский, Чернигов, Перемышль, Заволочье и всех пленных.
По условиям перемирия Россия и Польша обменялись пленными. Обмен закончился в июле 1619 г. на р. Поляновка. Вместе с русскими воинами был освобождён и митрополит Филарет. С ним приехали брат царя Василия И. И. Шуйский, смоленский воевода М. Б. Шеин с семьёй, дьяк Луговской и др. Второй глава смоленского посольства В. В. Голицын и Д. И. Шуйский с женой умерли в плену.
Филарет, в миру Фёдор Никитич Романов, представитель княжеского рода Захарьиных, которые в борьбе боярских партий за престол по смерти Василия III роли не играли. Их звезда взошла высоко с того момента, когда юный царь Иван Васильевич «избра себе по своему царскому достоянию богомудрую девицу Настасию, дщерь Романа Юрьевича Захарьина, и сочетася с нею законному браку»24. Сам Роман Захарьин не успел достигнуть боярского звания, вероятно, умер в молодых годах, но царская женитьба 3 февраля 1547 г. выдвинула семью Захарьиных вне местнических счётов, возвышала нетитулованный род в первые ряды боярства. Среди княжат она вызвала тревогу и недовольство.
Захарьины не примкнули к правительственному кругу «избранной рады», который образовался около царского духовника протопопа Сильвестра и А. Ф. Адашева. Влиятельные лица московского дворца почувствовали в них опасных соперников, за которыми может оказаться будущее. Эта вражда к Захарьиным вскрылась в истории в 1553 г., когда царь Иван IV тяжело заболел, а бояре не захотели присягнуть на имя царевича Дмитрия, его сына, с тем, что он сам, царевич ещё мал, а управлять будут Захарьины, Данила с братом.
Прошло несколько месяцев, и в деле о попытке князя Семена Лобанова-Ростовского с сыном бежать в Литву, картина боярского настроения раскрылась ещё полнее. Из показаний князя Семена выяснилось, что ропот в боярской среде возник ещё по поводу царской женитьбы. Бояре-княжата жаловались, что царь теснит великие роды и приближает к себе «молодых» людей: «да и тем, говорил Ростовский, нас истеснил, что женился у боярина у своего (Захарьина) дочер взял, понял робу свою и нам как служити своей сестре?»25 «Оттоле бысть вражда велия промеж государю с Владимиром Андреевичем (говорит летопись), а в боярах смута и мятеж, а царству почала быти во всем скудость»26. Оглядываясь назад московские люди связывали с дворцовой историей 1553 г. тяжёлые дни «эпохи казней».
Влияние Захарьиных на царя, несомненно, выходило за пределы простой дворцовой интриги, и бояре едва ли связывали с их именами только представление о нежелательном регентстве в случае малолетства преемника Ивана IV: в их близости противники видели причину постепенного и всё нарастающего расхождения Грозного с «избранной радой» по ряду вопросов. Первым «непослушанием синклитского совета» было решение царя вернуться, согласно мнению своих шуринов, Данилы и Никиты Романовичей Юрьевых, по взятии Казани в Москву, тогда как другие советники настаивали на продолжении завоевания Поволжья. Ещё острее стали разногласия после взятия Астрахани. «Избранная рада» настаивала на большом крымском походе всеми силами московскими, с царём во главе. Но те же близкие Ивану люди стали против такого плана, и снова их советы получили перевес. В борьбе с татарским миром, над мечтой покончить с врагом одним ударом, взяла верх иная, оборонительная система: организация укреплённой границы, сторожевых линий и засек, постепенно подвигаемая дальше вглубь незамиренного края, по мере развития русской колонизации в бассейнах Волги и Дона.
В этой сложной систематической работе над расширением и обороной государственной территории руководящую роль играл Никита Романович Юрьев-Захарьин. Однако к внутренней политике Грозного, относящейся ко второй половине царствования, его отношение более сдержанно. В кровавые времена опричнины Никита не вошёл в состав опричного двора, остался боярином земским, не запятнал себя в разгуле преступной жестокости и безудержного произвола. Вместе с тем, он сохранил расположение Грозного и влияние на дела до конца его дней. И когда, по смерти царя Ивана, власть перешла к Фёдору, неспособному управлять государством, Никита Романович и по родству и по положению оказался главою фактического регентства. Но уже к осени того же 1584 г. болезнь его сломила, в апреле следующего он умер.
После смерти Никиты Романовича правительственная среда, объединённая его бесспорным первенством, раскололась на враждебные группы. Шуйские, державшиеся при нём на втором плане, теперь потянулись к своей братье, княжатам, ища опоры против возвышения Годунова. А к Годунову, бывшему правой рукой Никиты Захарьина и царским шурином, перешло правительственное первенство.
С годами Никитичи (пятеро братьев) стали входить в силу. В 1587 г. Фёдор Никитич получил боярство. Родство с царским домом, богатство и широкие связи, семейная традиция влияния и власти всё сулило ему быстрое возвышение. Немудрено, что по мере укрепления позиций правителя Годунова нарастало чувство недовольства и недоверия, колебавшее прежний «союз дружбы» и разразившееся по смерти царя Фёдора прямой борьбой за престол угасшей династии. По Москве ходили слухи, что царь Фёдор завещал престол своему двоюродному брату Фёдору Никитичу Романову, что Годунов связан клятвой, некогда данной отцу Никитичей, быть их «царствию помогателем». На избирательном соборе 1598 г. у Фёдора была своя партия, как и во дворце.
Романовы не сдерживались в приёмах агитации. Из их среды поднялись обвинения против Бориса в убиении царевича Дмитрия и царевны Феодосии, в отравлении самого царя Фёдора. Возникла мысль противопоставить Годунову Симеона Бекбулатовича, будто имевшего право на престол по своей роли «государя московского». Но соперник стал царём по «единодушному избранию собора». Фёдор Никитич не смирился. Разрыв с Годуновым был полный. Ходили слухи о резких сценах между ними, причём Фёдор, как будто, на Бориса даже с ножом кидался.
На первых порах, царь Борис ищет примирения с Романовыми. При венчании на царство он велел «сказать боярам» двум Никитичам, Александру и Михаилу, и их родне, князьям Черкасскому и Катыреву-Ростовскому. Но глухая вражда и взаимное недоверие остались в силе. Романовы и их друзья окружены шпионами и доносчиками. В 1601 г. из-за неурожая в стране разразился продовольственный кризис. Воспользовавшись трудностями, Фёдор открыто стал возмущаться и выступать против Бориса. На это пятерых Романовых по лжедоносу обвинили в волшебстве. Их схватили, допрашивали, даже к пытке водили, хотя, и не пытали. Розыск тянулся полгода и захватил ряд боярских семей, связанных с обвиняемыми родством и дружбой. Все пять Никитичей с семьями и кое-кто из их родни были отправлены в ссылку.
Суровость расправы показывает, что дело было политическое. Истинный смысл всей истории указывает и дошедшее упоминание одного и приставов, стерегших Романовых в ссылке, что они «злодеи, изменники, хотели царство достать ведовством и кореньем». Фёдора Никитича сослали в Антониев-Сийский монастырь и там насильно постригли под именем Филарет. Из Москвы продолжали внимательно следить за ссыльными, приказывая приставам «бережнье держать большое, чтобы им нужды ни в чём отнюдь никакой не было и жили бы и ходили бы свободно», но в то же время, постоянно доносить об их поведении. Первое время инок Филарет сильно тосковал, но к 1605 г. его настроение круто изменилось, и пристав доносил с недоумением: «и живет деи старец Филарет безчинством не по монастырскому чину, всегда смеется неведомо чему и говорит про мирское житье»27
Это было время, когда шла борьба царя Бориса с самозванцем. Годунов обвинил Романовых, что появление самозванца «их рук дело», указывая на место проживания Гришки Отрепьева у них во дворце. Будучи уверенным в этом, Борис возложил борьбу с самозванцем на бояр-княжат Шуйских, Голицыных, Мстиславских, т.е. на соперников романовского круга. Но если враги Годунова думали найти в самозванце только орудие его низвержения, то они жестоко ошиблись. Неожиданная кончина Бориса и смута в войсках привели к воцарению Лжедмитрия. Разбитая опалами Годунова придворная знать лишь постепенно стала оправляться при новом царе. Филарет возвращён из ссылки, но не занял видного положения в Москве, а был назначен на митрополию в Ростове; брат его Иван, единственный и братьев, переживший ссылку, стал боярином.
При дворе царя «Дмитрия» влияние досталось новым людям и это сблизило против него прежних недругов. Родовитое боярство поспешило свергнуть самозванца; Романовы и их друзья поддержали заговор, но не руководили им. Однако союз двух кругов московского боярства не мог быть прочным: когда инициаторы заговора прочили на престол одного из своих, в то же самое время по Москве пошли слухи, записанные иноземцами, что власть перейдёт к одному из Романовых.
Царем стал Василий Шуйский. И он пытался примирить партию Романовых со своим воцарением, наметив Филарета на патриарший престол. Наречённый, но ещё не поставленный Филарет тотчас по воцарению Шуйского был послан в Углич для перенесения в Москву мощей царевича Дмитрия. В его отсутствие в столице разыгрались какие-то уличные беспорядки, направленные против нового царя, и спровоцированные «подмётными листами», в которых говорилось о спасении Дмитрия. Польские послы запивали слух, что эти листы приписывали Филарету. Так или иначе, но в конце мая 1606 г. лиц Романовского круга постигла опала, а Филарет вернулся из Углича, не выполнив поручения, на свою Ростовскую митрополию. Тут он живёт до октября 1608 г., как «верный богомолец» царя Василия. В октябре 1608 г. отряды Тушинского вора взяли Ростов и увезли Филарета в Тушино. Здесь пленника встретили с почётом, дорожа им для роли «наречённого патриарха Московского» при тушинском царьке. Известия о положении Филарета в Тушине противоречивы. По одним он жил «не своею волею» и его «блюли всегда крепкими сторонами», по другим он добровольно играл роль главы того духовенства, которое «вора» признало царём Дмитрием. И последнее лучше согласуется с последующими событиями. Все, кто был враждебен Шуйскому, видели во втором самозванце орудие против него. И. Н. Романов, князья Катырев и Троекуров, женатые на Романовых, кн. Трубецкой подвергались опале за то, что чуть было не увлекли войско на его сторону. А потом Троекуровы, Трубецкой, Черкасский и др. лица романовского круга собрались в Тушине вокруг Филарета. Когда же Тушино распалось, то в его станах осталась группа русских людей с Филаретом во главе, которая порешила к царю Василию не ехать и завели переговоры с королём Сигизмундом III об избрании на Московский престол королевича Владислава. Причём, в посланиях к королю Филарет продолжает титуловать себя патриархом. На попытку Сигизмунда склонить их под свою власть, тушинские политики ответили, что всё дело не может быть решено без «совета всей земли», а Филарет, поехавший было к королю, был «отполонен» у поляков и вернулся с Москву. Здесь его приняли с честью, и он, сохраняя Романовскую митрополию, остался жить в столице.
О личном участии Филарета в низложении царя Василия известий нет, но там действовали близкие ему люди. После падения Шуйского выдвинулись два кандидата на престол: Князь Голицын и М. Ф. Романов, за которого стояло большинство горожан и сам патриарх Гермоген. Но опасное положение Москвы, теснимой с одной стороны шайками самозванца, с другой польскими войсками гетмана Жолкевского, заставило бояр впустить в Москву польские войска и присягнуть Владиславу. Жолкевский, понимая, что русские претенденты на престол опасны для польской политики, отправил В. В. Голицына, и, за молодостью Михаила, его отца, Филарета, во главе посольства к королю под Смоленск. Через некоторое время это посольство распалось в связи с изменой многих его членов. Но митрополит Филарет и князь В. В. Голицын твёрдо стоят на ранее принятых условиях. После бурных перипетий прежних годов, когда Филарет вёл честолюбивую борьбу за власть, он теперь выступил непреклонным защитником независимости и неприкосновенности русской земли. Его имя в московском общественном мнении стало рядом с именем Гермогена, как последних борцов против политики национального и религиозного порабощения родины. А ссылка за «твёрдое стояние» и долгий плен в Мальборгском замке окружили это имя ещё большей популярностью.
Отец Филарета почти полстолетия стоял близко к центру всей государственной работы и занял в нём руководящее положение. Всю жизнь боролся его сын за сохранение этого значения себе, объединяя вокруг себя разбитые налетевшими бурями элементы московской правительственной среды. Злая судьба подвела его под монашеский клобук, по православной традиции являющейся уходом от мирской жизни. Путь к престолу, который при новых условиях не миновал бы Фёдора Никитича, был закрыт пострижением. Но это не лишило его большой политической роли: выдвинулась кандидатура его сына, окрепла и осуществилась. А сам Филарет, давно наречённый в патриарха, занял святительский престол при исключительных условиях.
После смерти Гермогена в Москве не было патриарха, поскольку Михаил Фёдорович желал видеть на этом посту только своего отца. Для его рукоположения был специально приглашён Иерусалимский патриарх Феофан, который 24 июня 1619 г. в Успенском соборе совершил обряд постановления нового патриарха. В мае 1625 г. Филарет получил грамоту, по которой мог вершить суд над всем духовенством и собирать доходы с церквей и монастырских земель.