Первоначально Синод состоял из президента, которым был назначен Стефан Яворский, два вице-президента архиепископов Феодосия Яновского и Феофана Прокоповича, четырех советников и четырех асессоров из представителей монашествующего и белого духовенства. В решении все они, не исключая и президента, имели равные голоса. Поэтому Стефан оказался затерт двумя влиятельными вице-президентами и до конца жизни не мог примириться с новой формой церковного управления. После его смерти в 1722 г. Пётр не назначил нового президента. Вакансия же покойного была занята новым советником, архимандритом Феофилактом Лопатинским, в 1723 г. посвященным в епископа Тверского. Главным деятелем в Синоде был архиепископ Феофан, вследствие своей исключительной близости к государю. Архиепископ Феодосий хотя и считался первым вице-президентом, начинал все более терять расположение царя, поскольку стал выступать против унижения церкви светской властью и против духовных штатов, а после смерти Петра допускал оскорбительные выражения в адрес Екатерины и Меньшикова, дело закончилось его ссылкой простым чернецом на послушание в Холмогоры; это история стала своеобразной границей, позади которой остались все прежние вольности русской церкви.
Прежний Монастырский Приказ был подчинен Синоду и превратился в его «камер-контору», что-то нечто экономического отделения. Сенат вначале старался играть начальствующую роль, но 6 сентября 1721 г. состоялся Высочайший указ о «Конференции Сената и Синода». Этому собранию надлежало рассматривать дела общие обоими учреждениями. Наконец, учреждение Синода было дополнено установлением должности обер-прокурора, который по обер-прокурорской инструкции 1722 г. есть «яко око Наше и стряпчий о делах Государственных»39, фактически являлся тем же прокурором только в церковной сфере. В обязанности ему вменялось наблюдать за всем ходом синодальных дел, замечать в делопроизводстве опущения, незаконные дела останавливать и доносить о них царю, делать Синоду предложения о потребных мероприятиях, представлять царю о синодских решениях и быть, вообще, посредником между Синодом и государственной властью. Ему были подчинены прокуроры духовных приказов и духовные фискалы или инквизиторы, рассылавшиеся для надзора за духовным управлением по городам и монастырям.
Таким образом, в области церковного управления Святейший Синод получил «честь, силу и власть Патриаршескую или, по выражению Регламента, едва ли не большую, понеже собор»40. На этом основании ему принадлежала в церкви власть законодательная право, с согласия государя, восполнять свой Регламент новыми правилами, власть, высшая судебная и административная, по всем частям церковной жизни. Вместе с тем, церковь становилась в полное подчинение государству. Епископы получали назначения от царской власти, а от них зависело назначение священников, архимандритов и игуменов, исключительно из числа учеников архиерейских школ; «а естьли Епископ неученаго во оной школе поставит в священники, или в монашеский степень, минув ученаго, и без вины правильной; то надлежит наказанию»41.
Характер дореформенной церкви сводился лишь к отправлениям культа и собиранию доходов. Теперь, напрямую вмешавшись в церковное управление государство стало требовать от нее более нравственный уровень. Так, Духовный Регламент подробно останавливается в разделе о епископах. Прежде всего, епископ наставляется, что он должен знать «соборы поместные и вселенские, и что в оных заповедано», а также каноны о супружестве, о дозволенных и недозволенных степенях родства, и иные каноны, определяющие порядок деятельности и объем власти епископа. Но пуще всего, «ведал бы всяк епископ меру чести своея, и не высоко бы о ней мыслил и дела убо великое, но честь никаковая»42, то есть знать меру своей чести и славы. Регламент запрещал водить их под руки и кланяться им в землю. Функции епископа, кроме поставления подчиненных ему клириков, заключалось в том, чтобы смотреть за монахами, «дабы не волочились безпутно, дабы лишних безлюдных Церквей не строено, дабы иконам Святых ложных чудес не вымышленно; також о кликушах, о телесах мертвых несвидетельствованных, и прочих всего того добре наблюдать»43, а для наблюдения держать «по всем городам» «докащиков», как бы духовных фискалов и тайным образом собирать сведения во время объезда епархий. По всему подчеркивалась церковно-охранительная функция епископов: сакралии допускаются, по строго проверенные и «нелишние» полная противоположность прежней практике, когда новые чудотворящие «святыни» появлялись каждый день, обогащая своих владельцев и привлекая к ним толпы доверчивых богомольцев. Теперь же можно было молиться только официально признанным «святыням».
Но больше всего епископы должны были заботиться о насаждении школ и об образовании в них будущих клириков. Ведь, что осталось после разрыва со старой верой? Сила старого обряда была заподозрена, новой не мог сразу приобрести такой же авторитетной, как старой; и еще при Никоне появилась мысль, что обряд есть дело второстепенное, дело не в чине, а в религиозной теории, то есть в том, что всегда было на заднем плане в допетровской церкви, иерархи, которые зачастую не знали даже Никейского символа веры. Между тем, осуждая старый обряд, старую веру, новая церковь должна была дать своим клирикам осмысление богослужения по новому образцу и оправдало бы взгляд на второстепенное значение обряда. Отсюда забота о насаждении богословского образования, богословской схоластики, целиком заимствованной из Киева. Правда, в курс духовной школы были введены и общеобразовательные предметы, включая арифметику, геометрию и физику. Сделано это было ввиду недостатка светских школ, чтобы в духовные школы могли поступать и сыновья дворян, где они занимали к тому же второстепенное место: шесть образовательных предметов проходили за один год, а «богословия» за два. Эта-та «богословия», или объяснение новой обрядности, и стала основанием новой веры. Исходя из ее принципов составлялись катехизисы, перешедшие из духовной школы в светскую, строились системы преподавания ветхого и нового завета, создалась последующая богословская официальная система, и тот «Закон Божий», который преподавался во всех светских школах. И сколько бы в появившейся школе не было заблуждающих моментов, допетровская Русь и этого ничего не знала. Религия для нее заключалась в знании и соблюдении богослужения, вера состояла в том, что определенные обряды и священнодействия, определенные святые и святыни обладают чудесной силой, могут спасти человека и помочь ему в невзгодах. Богословская школа не уничтожила эту прежнюю невежественность, но подвела под нее теоретический фундамент. Эмпирическое обрядовое «благочестие» перешло в теоретическое.
Создавая фундамент для теоретического обоснования новой веры, борьба со старой должна была получить еще более решительный характер. Синод учредил для этой цели «духовную инквизицию», Приказ для преследования раскольников. Во главе ее был поставлен протоинквизитор, игумен московского Даниловского монастыря Пафнутий, которому подчинялись провинциальные инквизиторы, а последним уездные и городские инквизиторы. Инквизиция располагала особой воинской командой, и при ее помощи разыскивала и расправлялась с раскольниками: адептам старой веры вырывали ноздри, ссылали на каторгу, а их книги и иконы сжигали. Но это фискальное учреждение, неприятное и духовным властям, к тому же допускавшее различные злоупотребления своими полномочиями, вскоре после кончины Петра было упразднено, равно, как и заменены в 1726 г. на более приличествующие имена светские наименования духовных лиц Синода.
В целом духовное состояние русского народа в этот момент времени, несмотря на все реформы, Соловьев описывает так, соотнося это с назначением архиерея Дмитрия в Ростовские митрополиты: «Духовенство было невежественное, учить своих духовных детей не могло, и духовныя дети тем легче увлекались проповедию какого-нибудь раскольничьяго старца, который кричал против духовенства, отступившаго от правил старой веры»44. Сам Дмитрий отмечал: «Окаянное наше время!.. окаянное время, в которое так пренебрежено сияние слова Божия, и не знаю, кого прежде надобно винить, сеятелей или землю, священников или сердца человеческие, или тех и других вместе? Сеятель не сеет, а земля не принимает, иереи не берегут, а люди заблуждаются; иереи не учат, а люди невежествуют; иереи слова Божия не проповедуют, а люди не слушают, и слушать не хотят. С обеих сторон худо: иереи глупы, а люди неразумны. Иерейские жены и дети многия никогда не причащаются; иерейские сыновья приходят становиться на отцовские места; мы их спрашиваем: давно ли причащались, и они отвечают, что и не помнят, когда причащались»45 Наблюдая за обыденной жизнью своего народа, причисляя себя к нему, как частица целого, архиерей Дмитрий уже позже стал подписываться под своими письмами названием «архигрешник».
Пётр I всегда придавал тенденциозную, педагогическую окраску и военным публичным парадом, и триумфальному въезду, и народным увеселениям, и беспардонным выступлением своего «всепьянейшего собора». Даже невинные фейерверки у Петра принимали форму двуглавого орла, бросающего смертоносную молнию в шведского льва, не говоря уже об изображениях Марсов, Посейдонов и других божеств, подвизавшихся «по указу Е. Ц. В.», на поприще прославления и пропаганды его дел. По словам Юля Юста, все искусства соединились для этой цели во время Петра. Все эти эмблемы, образы и символы как то, свинья, нюхающая цветок, с «изъяснением»: «не по твоим ноздрям дух», орёл, поражающего льва, который успел пошатнуть постамент с польской короной, и льва, повешенного на верёвки, с многоговорящей надписью: «Да знает властительствовати» все они, несомненно, служили идеям Петра и ярко запечетливались в памяти современников. Для Петра в этом смысле культурная составляющее своего народа было не мнение важным, чем его реформирование в военных и экономических областях.
Культурная реформа Петра I нераздельна от разрешения вопроса стиля преподавания Славяно-греко-латинской академии. После становления Софьи правительницей Нарышкины были удалены от Москвы в село Преображенское, где Пётр, представленный сам себе, предавался, по большей части, в военные игры. Православные иерархии, враждебно смотревшие на прозападничество и Алексея и Софьи (а кроме того ещё и Годунова и Михаила) теперь могли усматривать в Нарышкиных прекращение этой тенденции, т.е. для них, как можно меньше грамотность и обученность царя (и его народа) являлось идеалом православия. Поэтому когда в августе 1689 г. Пётр одержал победу над сестрой Софьей, патриарх Иоаким, перебежавший одним из первых в его лагерь, поспешил нанести решительный удар своему главному врагу. Он предал анафеме Медведева, а восторжествовавшая партия сумела запутать его в процесс Шакловитого с товарищами. Узнав об этом, Медведев скрылся из Москвы. Его поймали в смоленском Бизюковом монастыре и отослали в Троице-Сергиев монастырь, где находился в это время Пётр со своими приверженцами. Здесь патриарх лишил его иночества и отлучил от церкви и поспособствовал, что бы стороной Петра было назначено ему тяжкое заточение. Только после того, как голова «латинян» стала безгласна, пришёл черед церковного воздействия на пошатнувшиеся в сторону просвещенческой свободы умы народа. В выпущенной победителями пасквильной «повести о разстриге, бывшем монахе, Сильверстке» рассказывается, что Медведев после увещания отрекся от своего заблуждения и проклял все книги, в которых оно содержалось; действительно, от его лица было составлено заявление, осуждавшие свои прежние взгляды, не подписанное, однако им. В январе 1690 г. подтасованный «собор» в кельях Иоакима осудил сочинения Медведева и его единомышленников, а также целый ряд малороссийских книг, самого Медведева определил подвергнуть церковному покаянию и пожизненной ссылки под охраной в отдалённый монастырь. Но этот приговор остался на бумаге: через год Медведев по новому извету опять был предан суду и после пытки обезглавлен в Москве. «Хлебопоклонная ересь» была подавлена, латинская партия замолкла, терроризованная демонстрацией силы авторитета, обычными органами которого были, по меткому выражению одного современника, «немые учителя, стоявшие у дыбы, вместо Евангелия огнем просвещавшие, вместо Апостола кнутом учившие»46.
Возглавившие академию Лихуды в 1694 г. вынуждены были оставить своё место. Главной причиной их удаления стала кампания, которую повёл против них Иерусалимский патриарх Досифей. Сначала Лихудами в Москве были довольны. Доволен был и Досифей. Но затем он начал действовать против них, подстрекаемый наветами завистливых греков, с которыми Лихуды держались высокомерно. В1693 г. патриарх Досифей отправил в Москву три послания царям Ивану и Петру, патриарху Адриану и самим Лихудам, в которых клеймил поведение последних и сурово осуждал постановку преподавания в академии, где они ввели латинский язык и вместо того, чтобы учить (простой) грамматике, «забавлялись около физики и философии». Он называл братьев не Лихудами, а Ликудиями (от греч. слова волк), грозил даже отлучением. Обличение Иерусалимского патриарха, конечно, имели должное действие на Московскую духовную власть, для которой «свободные учения» были своего рода «жупелом». Патриарх Адриан потребовал от светской власти мер воздействия. Здесь следует заметить немаловажный факт, что русская светская власть, являясь отражением духовной, к образованию тоже относилась всегда с подозрением и способствовала этому лишь настолько, насколько это было необходимо ей на данный момент; стремление власти к западной культуре было лишь стремлением не отстать от Запада, но вовсе не просвещения как такового. Поэтому Лихуд отставили от академии, предоставив им право преподавать при типографии итальянский язык. Патриарх Досифей считал и это не достойным и требовал изгнания их из Москвы. Он обвинил их в гордости, в самозваном присвоении книжного титула и даже в сношениях с Турецким правительством. В 1701 г. Лихуды были высланы под надзор в Ипатьевский монастырь в Костроме.
После ухода Лихуд академия быстро пришла в упадок. Учителями были назначены недоучившие студенты, по необходимости ограничившие преподавание одной грамматике. В принципе, патриарха Адриана всё это устраивало, латынь и более-менее сносное образование было изгнано; вместе с тем средства на содержание учебного заведения, о котором ни кто уже не заботился, иссякли, и само помещение стало разрушаться печи разваливались, потолки падали. В таком виде академия вступила в XVIII столетие, демонстрируя, в первую очередь, не желание старомосковской партии создавать школу, удовлетворяющему своему назначению, и бессилие греческой стороны. На такой развал обратил в 1697 г. внимание царь Пётр I. В беседе с патриархом он выразил недовольство беспризорным положением академии и указал на необходимость опять вызвать в неё Киевских учёных. В 1700 г. патриарх Адриан вынужден был сделать блюстителем академии выходца из-за границы иеромонаха Палладия Рогову (или Роговского). Короткое время он слушал Лихуд, образование своё доканчивал в Моравии и Риме, получив звание доктора богословия. Принявший унию в Ольмюнце, он отрекся от нее и в 1694 г. написал: «Исповедание и опровержение римских догматов». Оно содержало краткое изложение римского учения и большого доказательства чистоту учения русской церкви. Ставший игуменом Заиконоспасского монастыря Палладию Роговскому удалось несколько поднять уровень академии. В 1703 г. Роговский скончался. Стефан Яворский, назначенный «местоблюстителем патриаршего стола» по смерти Адриана (в 1700 г.), довершил преобразование академии, заместив преподавательские должности вызванными из Киева учёными, которые ввели Киевскую программу. С этого времени открылся новый период в жизни академии период исключительного господства латинского элемента, затянувшейся до последней четверти XVIII века.