Вместе с приказом начальники областных управлений НКВД получили подробное секретное письмо, также подписанное Ежовым, "О фашистско-повстанческой, шпионской, диверсионной, пораженческой и террористической деятельности польской разведки в СССР". Это письмо, одобренное Политбюро, наряду с приказом № 00485 подтверждало выводы доклада Ежова на июньском (1937) пленуме. Оно подытожило различные обвинения против поляков: шпионаж, диверсии, терроризм, вооруженный мятеж, антисоветская агитация. Как указывалось в письме, агенты ПОВ уже давно захватили руководство Польской коммунистической партией и польской секции Коминтерна, а также проникли на все уровни советского государственного аппарата, включая наркомат иностранных дел, НКВД и Красную Армию; деятельность ПОВ на советской территории направлялась "Центром" во главе с Уншлихтом, Муклевичем, Ольским и другими.
Позднее, во время допроса, сотрудник УНКВД по Московской области А.О. Постель показал, что приказ Ежова ими был понят как приказ на арест "абсолютно всех поляков, польских эмигрантов, бывших военнопленных, членов Польской коммунистической партии и других". Затем Ежов добавил "имевших контакты с консульствами" в качестве еще одной категории для репрессий в польской операции. Он имел в виду лиц, связанных с официальными польскими дипломатическими представителями в СССР. По аналогии с германской операцией и польская операция, изначально направленная почти исключительно против поляков, трансформировалась в операцию по репрессированию всех неблагонадежных и подозрительных лиц, как-либо связанных с поляками и Польшей.
Однако в течение месяца польская операция начала терять темпы, и Ежов настойчиво потребовал от начальников областных управлений НКВД "ускорить завершение дел". В связи с этим Политбюро приняло специальное решение 5 сентября 1937 года, позволив Особому совещанию НКВД по делам "о польском шпионаже" выносить приговоры до 10 лет тюремного заключения. Сталин был весьма удовлетворен ходом операции и 14 сентября наложил следующую резолюцию на рапорте Ежова: "Очень хорошо! Копайте и вычищайте и впредь эту польско-шпионскую грязь. Крушите ее в интересах СССР". 2 октября НКВД принял решение распространить репрессии против поляков также и на членов семей арестованных, в соответствии с приказом Ежова № 00486 от 15 августа 1937 года. В итоге их жены также были арестованы, а дети моложе пятнадцать лет отправлены в детские дома.
Приказ Ежова № 00593 от 20 сентября 1937 года, одобренный Политбюро 19 сентября, предписывал "национальную операцию" против вернувшихся из Харбина. В НКВД было зарегистрировано почти 25 тысяч таких лиц - "харбинцев", большую часть из них составлял бывший персонал КВЖД, реэмигрировавший из Манчжурии в СССР после продажи железной дороги. Согласно приказу № 00553, большинство этих людей рассматривалось как агенты японской разведки, засланные в СССР с целью ведения террористической, диверсионной и шпионской работы. Операция по их ликвидации должна была пройти с 1 октября по 25 декабря. Как и в польской операции, с членами семей репрессированных надлежало обращаться согласно приказу № 00486. Однако число членов семей оказалось столь велико, что в ноябре НКВД принял решение - в проведении польской и харбинской операциях ограничиться высылкой жен. Кроме немецкой, польской и харбинской операций, были и другие так называемые "национальные операции" против латышей, эстонцев, финнов, румын, греков, афганцев, иранцев и т. д., хотя в этих операциях приказ № 00486 (о репрессиях против родственников) не применялся. Также он не применялся в операции против кулаков, которые осуществлялись по приказу № 00447.
В национальных операциях использовалась так называемая "альбомная процедура" осуждения. Каждые десять дней местные органы НКВД должны были составлять списки с "кратким изложением материалов следствия и секретных материалов, характеризующих степень вины арестованных" и в виде альбомов отправлять их в Москву на утверждение. Арестованные подразделялись на категории двойками состоявшими из местных главы НКВД и прокурора. В Москве их решение проверялось главой НКВД СССР Н.И. Ежовым (или его заместителем М.П. Фриновским) и Прокурором СССР А.Я. Вышинским (или его заместителем). После утверждения в Москве приговоры приводились в исполнение на местах. На практике эта процедура приводила к значительным задержкам во времени; во многих случаях решения местных двоек месяцами ожидали утверждения.
В национальных операциях лимиты не устанавливались; начальники областных управлений НКВД получили полную свободу действий. В результате людей арестовывали без разбора и в массовом порядке. При этом получали полную поддержку региональных партийных лидеров. Так, первый секретарь Красноярского крайкома С.М. Соболев, выступая на оперативных совещаниях У НКВД, заявлял: "Довольно играть в интернационализм, надо бить всех этих поляков, корейцев, латышей, немцев и т.д., все это продажные нации, подлежащие истреблению… Всех националов надо ловить, ставить на колени и истреблять как бешеных собак". После падения Ежова, парторганизация УНКВД осудила Соболева, посчитав, что "давая такие указания, Соболев клеветал на ЦК ВКП(б) и тов. Сталина, говоря, что он такие указания имеет от ЦК ВКП(б) и лично от тов. Сталина".
Польскую операцию надлежало завершить до 20 ноября, но в начале ноября местные органы НКВД получили приказы ускорить свою работу и завершить ее до 10 декабря. Когда и с этим не получилось, срок был продлен до 1 января 1938 года. А 31 января Политбюро разрешило НКВД продлить операцию по уничтожению диверсантов и шпионов среди поляков, а также латышей, немцев, эстонцев, финнов, греков, иранцев, харбинцев, китайцев и румын до 15 апреля, а также приказало распространить операцию на болгар и македонцев. В этом случае дату окончания пришлось перенести: 26 мая Политбюро разрешило НКВД продлить до 1 августа операцию в отношении всех вышеназванных национальностей, к которым добавились еще и афганцы. Через два дня НКВД передал это решение своим местным органам, добавив, что дела должны рассматриваться в "упрощенном (альбомном) порядке". Таким образом, арест и внесудебный порядок рассмотрения дел по национальным операциям продолжались до 1 августа 1938 года. Альбомная процедура вызвала множество задержек, вызванных неспособностью центрального аппарата НКВД в Москве справиться с потоком дел, и 15 сентября Политбюро приняло решение передать их на рассмотрение особым тройкам.
Национальные операции были завершены в середине ноября 1938 года. В итоге, почти 350 тысяч человек прошли через эти операции; 247 157 - из них были осуждены к высшей мере, 88 356 - получили тюремные и лагерные сроки. В ходе одной польской операции 144 тысячи человек были арестованы, более 111 тысяч - из них были осуждены по первой категории и почти 29 тысяч - по второй. Почти вся польская секция Коминтерна была уничтожена, а в Польской коммунистической партии 46 членов и 24 кандидата в члены ее ЦК были расстреляны. В августе 1938 Польская коммунистическая партия была даже официально распущена Исполкомом Коминтерна. В греческой, финской и эстонской операциях процент приговоренных к высшей мере был выше, чем в афганской и иранской операциях, где большинство арестованных было депортировано.
Между тем годы Большого Террора продемонстрировали распространение практики депортации "неблагонадежных элементов" на все приграничные районы. Уже в апреле 1936 года советское правительство приняло решение о переселении силами НКВД в Казахстан около 45 тысяч поляков и немцев из районов Украины, прилегающих к польской границы, в итоге было депортировано 35 тысяч поляков. В июле 1937 года эта практика распространилась на территории, граничащие с Ираном и Афганистаном; в результате в 1937–1938 годах были высланы тысяча курдских и 2 тысячи иранских семей. В ноябре 1937 года Одесский обком партии приказал депортировать 5 тысяч немецких хозяйств.
В августе 1937 года после вторжения Японии в Северный Китай советское правительство депортировало всех корейцев из Дальневосточного края. Постановление ЦК и советского правительства от 21 августа, подписанное Сталиным и Молотовым, приказывало местным территориальным партийным организациям и органам НКВД немедленно начать высылку всех корейцев из приграничных районов Российского Дальнего Востока и закончить ее до 1 января 1938 года. Как потенциальная "пятая колонна" в условиях угрозы войны с Японией, они были высланы в Казахстан и Узбекистан; в пути многие из них умерли. Операция, которую возглавлял лично глава НКВД Дальнего Востока Г.С. Люшков (незадолго до этого сменивший Т.Д. Дерибаса), завершилась в течение нескольких недель. В конце октября Ежов доложил Сталину, что 171 781 корейцев переселены в Среднюю Азию. Кроме этого, НКВД арестовал свыше 2,5 тысячи корейцев. Около 11 тысяч китайцев также были высланы.
5 июля 1937 года Политбюро одобрило предложение НКВД "заключить всех жен осужденных изменников родины членов право-троцкистской шпионско-диверсионной организации" в лагеря сроком на 5–8 лет. С этой целью предстояло организовать специальные лагеря в Нарымском крае и Тургайском районе Казахстана. Дети младше пятнадцати лет должны были поступить под присмотр государства. Оперативный приказ № 00486 от 15 августа 1937 года "О репрессировании жен изменников из право-троцкистской шпионской и саботажнической организации, осужденных Военной Коллегией и военными трибуналами" гласил, что жены и дети старше 15 лет, которые были названы "социально опасными", должны быть арестованы и отправлены в лагеря по решению Особого Совещания. Детей младше 15 лет надлежало отправить в специальные детские дома (грудные дети в сопровождении матерей). Именно этот приказ и был позднее использован в польской операции. Более 18 тысяч жен "врагов народа" были арестованы и примерно 25 тысяч детей были взяты у матерей.
Во время "массовых операций" продолжались и чистки в партии. Летом 1937 года и позднее руководители партии, включая ближайших соратников Сталина Кагановича, Молотова, Жданова, Андреева, Маленкова, Хрущева, Микояна и самого Ежова, оказывали давление на республики и области, требуя ускорить чистку партийного и государственного аппарата. Они давали указания об арестах напрямую местным органам НКВД. А когда это было необходимо, Сталин посылал их непосредственно на места для проведения репрессий. Так, во второй половине 1937 года Микоян выезжал в Армению (сентябрь), Андреев в Среднюю Азию, Поволжье и Северный Кавказ, Жданов в Татарию и Башкирию, Каганович в Челябинскую, Ярославскую и Ивановскую области, Маленков в Белоруссию (июль - август). Сталинское Политбюро и партия проводили репрессии, непосредственно опираясь на органы НКВД, и по-другому никак не могло быть. В результате в регионах один слой управленцев и партаппаратчиков подвергался репрессиям вслед за другим. Так, во многих случаях палачи сами становились жертвами, в результате чего состав троек постоянно менялся. Во второй половине 1937 года около 97 тысяч членов партии были исключены из нее, главным образом, старые кадры. В то время исключение часто влекло за собой арест.
Чистка Коминтерна также продолжалась. В 1937 году, в период между январем и сентябрем, 256 человек были выведены из состава его центрального аппарата, что обычно влекло за собой арест. В октябре того же года Димитров и Мануильский признали, что НКВД "выявил широкую шпионскую организацию в аппарате Коминтерна". В ноябре Сталин сказал Димитрову: "Троцкистов [в Коминтерне] нужно преследовать, расстреливать, уничтожать. Они международные провокаторы, наиболее злостные агенты фашизма". Иностранные коммунистические партии, работавшие в Советском Союзе, потеряли множество своих членов и были фактически уничтожены.
Террор не остановился на границах СССР. В 30-е годы Внешняя Монголия, хотя и была суверенным государством, рассматривалась как советская республика. Во второй половине августа 1937 года бывший начальник управления НКВД Западно-Сибирской области С.Н. Миронов стал полномочным представителем СССР в этой стране и в это же время представителем НКВД. Фриновский сопровождал его в Улан-Батор, откуда он 13 сентября телеграфировал Ежову о планах по ликвидации лам. Через шесть дней Политбюро одобрило предложение Фриновского об организации специальной тройки по рассмотрению дел лам, состоящей из первого заместителя председателя совета министров Чойбалсана, министра юстиции и руководителя партийной организации. 18 октября Миронов сообщил Фриновскому (который уже вернулся в Москву) о раскрытии "крупной контрреволюционной организации" внутри министерства внутренних дел. Через четыре месяца, 13 февраля 1938 года, он попросил Ежова о санкции на арест новой группы "заговорщиков" и настаивал на присылке новых инструкторов из НКВД. 3 апреля Миронов доложил Фриновскому, что 10 728 "заговорщиков" арестовано, включая 7814 лам, 322 феодала, 300 служащих министерств, 180 военных руководителей, 1555 бурятов и 408 китайцев. 31 марта 6311 из них уже было расстреляно, что составило 3–4% взрослого мужского населения Монголии. Согласно Миронову, планировалось арестовать еще 7000 человек. Массовые операции 1937–1938 годов встречали лишь весьма ограниченное сопротивление, в основном на традиционно мятежном Северном Кавказе, где происходили убийства руководящих работников НКВД, освобождение арестованных из-под стражи и т. п. Как указывает Авторханов, тысячи чеченцев и ингушей объединялись в повстанческие группы, убившие нескольких местных руководителей НКВД. В феврале - декабре 1938 года чеченские и ингушские повстанцы произвели 98 вооруженных вылазок, сопровождавшихся убийствами партийных руководителей и государственных служащих и похищением имущества на 617 тысяч рублей. В этих условиях 13 июля 1938 года первый секретарь Чечено-Ингушского обкома обратился к Сталину и руководству в Москве с просьбой разрешить организацию Особой тройки с чрезвычайными полномочиями на время от четырех до пяти месяцев, чтобы окончательно покончить с повстанческими элементами.
Одновременное проведение чистки партийного и государственного аппарата и массовых арестов среди населения не было случайным совпадением. Именно на фоне разоблачения руководителей высокого ранга как "врагов, шпионов, заговорщиков и вредителей" и проведения показательных процессов против них с шумихой и истерий стала возможной организация массовых арестов среди населения, причем при массовом одобрении. Во второй половине 1937 года Ежов стал хозяином положения. Аресты, проводимые его ведомством, не знали пределов. Хлевнюк приходит к хорошо обоснованному выводу, что массовый террор 1937–1938 годов был "целенаправленной операцией, спланированной в масштабах государства". Чистка проводилась "под контролем и по инициативе высшего руководства СССР". Ее "сугубая централизация" не исключала определенной "случайности" и "инициативы" на местном уровне, но и это было "запланировано" и "вытекало из сути приказов центра".
Сведения о размахе террора против руководящих кадров были обнародованы в 1956 году. В своем "секретном докладе" к XX съезду партии Хрущев сообщил, что из 15 членов Политбюро 5 было репрессировано: Чубарь и Косиор (члены), Эйхе, Постышев и Рудзутак (кандидаты в члены Политбюро); из 139 членов и кандидатов в члены ЦК, избранных на XVII съезде партии в 1934 году, 98 - были арестованы и расстреляны; 1108 из 1966 делегатов того же съезда были арестованы. Хрущев рассказал также, что НКВД составлял списки руководящих партийных, советских, комсомольских, военных и хозяйственных работников, писателей, деятелей искусства и прочих, смертный или другой приговор, которым был предрешен до начала судебного процесса. Ежов посылал эти списки Сталину и нескольким другим членам Политбюро для одобрения. Согласно Хрущеву, в 1937–1938 годах Сталин получил 383 таких списка с именами 44 тысяч человек, из них 39 тысяч должны быть приговорены к высшей мере наказания Военной Коллегией Верховного Суда. В период между февралем 1937 и сентябрем 1938 года Сталин и его ближайшее окружение в Политбюро предрешили смертные приговоры Военной Коллегии в отношении 38 679 человек на основе списков составленных в НКВД (16 606 в 1937 и 22 073 в 1938), включая 3167 человек только в один день - 12 сентября 1938 года. Этот чрезвычайный вид судопроизводства, где Сталин вместе с несколькими соратниками фактически выступал в роли судьи, применялся лишь в отношении партийной и государственной элиты. Подписывая списки, Сталин тем самым уже выносил приговор. На основе утвержденных списков Военная Коллегия в Москве и ее выездные сессии на периферии выносили приговоры в точном соответствии с мерой наказания, определенной списком. А чекистов расстреливали и без этой формальности в так называемом "особом порядке" - только на основании списка.