После заключения перемирия, царь Иван, по словам Скрынникова, "вызвал в Москву королевских послов и решительно потребовал от них очищения Ливонии до Двины. Послы отклонили эти требования и выехали на родину. Следом за ними в Литву двинулись царские рати".
Однако в правящих кругах русского государства не было единства. При этом, как это уже было не раз на протяжении ряда последних столетий, враги царя искали поддержку в Литве. Скрынников писал: "Оттесненная от кормила власти, но все еще не сокрушенная удельно-боярская оппозиция все чаще обращала свои взоры в сторону Литвы Оттуда ждали помощи те, кто подумывал об устранении царя Ивана. Тревога властей по поводу литовских связей возрастала по мере того, как сражение на русско-литовской границе приобретало все более ожесточенный характер. В конце концов царь заподозрил в измене своего двоюродного брата князя Владимира. Подозрения имели основания. В то самое время, когда царская армия и старицкие удельные полки скрытно двигались к Полоцку, из царской ставки бежал знатный дворянин Борис Хлызнев-Колычев, предупредивший полоцких воевод о намерениях Грозного".
Возможно, что подобным образом литовцы сумели узнать и о военных планах Грозного после взятия им Полоцка и смогли предотвратить соединение двух русских армий, одна из которых шла от Полоцка, а другая из Смоленска. В битве под Улой 26 января 1564 года литовцы разгромили полоцкую армию. В апреле 1564 года в Литву бежал друг царя князь Андрей Курбский. Осенью 1564 году был совершен набег войск крымского хана Девлет-Гирея, разоривших русские земли.
Воспользовавшись трудностями России, в Москву в 1566 году прибыло посольство Литвы, предложившего разделить Ливонию на основе фактического положения войск. Однако созванный в том же году Земский собор предложил царю вести войну "до победного конца".
Готовясь к новым боям, Литва пошла на Люблинскую унию с Польшей, следствием которого было создание в 1569 году единого государства Речь Посполита. В том же году турецкая армия совершила поход под Астрахань, а в 1571 году Девлет-Гирей совершил набег на Москву.
Несмотря на все эти неблагоприятные события, русское государство вскоре возобновило наступление в Ливонии. Новым врагом России с 1570 года стала Швеция. Поддержав брата датского короля Магнуса, поставленного русскими во главе созданного ими в Ливонии "королевства", войска Ивана Грозного и Магнуса взяли 1 января 1573 года опорный пункт шведов в Прибалтике Пайду (Вейсенштейн), затем Пернов (Пярну). К 1576 году Россия овладела всем прибалтийским побережьем, за исключением Ревеля и Риги. Одновременно правительство Ивана Грозного вело переговоры с императором Австрии Максимиллианом о ликвидации Люблинской униии и расчленении Речи Посполитой. Зимой 1575 1576 года в Москву прибыло австрийское посольство. Однако Максимиллиан отказался признать права России на Прибалтику.
В 1577 году начался новый поход русских войск в Ливонию. В этом году была предпринята осада Ревеля и летом взяли бывшую резиденцию магистра Ливонского ордена Венден (Цесис).
Однако в 1579 году начался поход на русские земли нового польского короля Стефана Батория, который сумел взять Полоцк, Великие Луки, а в 1581 году осадил Псков. В том же 1581 году шведы взяли Нарву.
Лишь героическая оборона Пскова сорвала планы Батория двигаться дальше на Новгород и Москву. В 1582 году было заключено 10-летнее Ям-Запольское перемирие между Россией и Речью Посполитой. Все завоевания в Ливонии были Россией утрачены. Полоцк и Ливония отходили к Речи Посполитой, но русские земли, захваченные войсками Батория, возвращались России.
В 1583 году было заключено Плюсское перемирие со шведами, по которому к Швеции перешли Нарва, Ям, Копорье и Ивангород. 24-летняя Ливонская война завершилась. Инициатор войны Россия ничего не получила от этой войны. Напротив, она потеряла ряд земель, понесла большие людские потери, а хозяйство страны было подорвано непомерными военными расходами. Объект борьбы Ливония перестала существовать как государственное образование, но эстонцы и латыши не освободились от ига иноземцев. Последствием Ливонской войны явилась и ликвидация Литовского самостоятельного государства и превращение его в часть Речи Посполитой с ограниченной автономией. Утверждалось, что в 1569 году литовские магнаты оплакивали "погребение и уничтожение на вечные времена вольного и независимого некогда Великого княжества Литовского".
Полтора века между Ливонской и Северной войной
Завершение Ливонской войны не привело к прочному миру в этом регионе. В 1600 году началась война между Речью Посполитой и Швецией за обладание Ливонией. В соответствии с Альтмаркским перемирием, подписанном 26 сентября 1629 года, Швеция получила Эстляндию и Лифляндию, а также некоторые балтийские порты от Вислы до Немана, в том числе и Клайпеду. Только Латгалия с Даугавпилсом остались за Речью Посполитой. В ходе очередной польско-шведской войны 1635 года шведы потеряли Клайпеду, а город оказался в руках Прусского княжества.
Ливонская война сопровождалась разрушениями хозяйства в Ливонии и гибелью местного населения. Латвия была опустошена. Следствием военных действий на территории Эстонии с середины XVI века, голода 1601 1602 годов и связанных с ним эпидемий стало сокращение населения страны на 65%. До начала Ливонской войны население Эстонии составляло 250 280 тысяч человек, в 1625 году около 100 тысяч.
Шведская Прибалтика была разделена на Эстляндскую (Северная Эстония) и Лифляндскую (Южная Эстония и Северная Латвия) губернии. С 1645 года остров Сааремаа также перешел к Швеции. Шведские провинции Прибалтики использовались прежде всего для производства зерна. 80% валовой стоимости экспорта Эстляндии составлял хлеб. Впрочем, немалую роль играл и транзит товаров из России в Западную Европу и обратно.
Торговля зерном приносила немалые прибыли не только Швеции, но и верхам в ее прибалтийских провинциях. Города Прибалтики богатели и развивались. В XVII веке в Эстляндии появились зачатки мануфактурного производства (стеклоделательное предприятие в Хюти на острове Хийумаа в 1628 году, лесопильная мануфактура для обработки меди в Нарве в 1650 году, бумажная мельница в Таллине в 1664 году и т.д.).
Налицо были и признаки развития культурной жизни. В 1632 году был основан университет в Дерпте (Тарту). (Правда, среди его студентов преобладали выходцы из семей остзейских баронов.) В 1684 88 годах близ Дерпта существовала учительская семинария, а в 80-е годы были созданы первые сельские школы. В 1689 году стала публиковаться первая газета в Эстляндии (Правда, на немецком языке).
В ХХ веке на эти факты стали ссылаться, говоря о "благодетельности" пребывания Прибалтики под властью шведов. На деле неоспоримые свидетельства прогресса были следствием усиленной эксплуатации крестьянства Эстонии и Латвии в годы шведского владычества. Чтобы обеспечить высокую производительность сельского хозяйства в сельском хозяйстве был установлен жестокий крепостнический режим. Как отмечалось в пятом томе "Всемирной истории" (М., 1958), "шведский гнет тяжело ложился на плечи местного трудящегося населения, особенно крестьянства. Повышенные по сравнению с собственно Швецией, государственные налоги, постоянные реквизиции сельскохозяйственных продуктов и скота (особенно во время частых войн в районе самих балтийских провинций), разнообразные извозные повинности, а самое главное, увеличение барщины и ухудшение юридического положения крестьянства характеризуют наиболее ярко этот период шведского господства в Прибалтике. Правительство тщательно сохраняло и поддерживало права и привилегии местного остзейского дворянства, являвшегося здесь господствующим классом Законом от 1 февраля 1632 года о земских судах санкционировалось крепостное право в Лифляндии и утверждалась полицейская власть помещика с правом "домашнего наказания" непослушных крестьян Крепостной считался полной собственностью помещика, который мог своих крестьян отчуждать или предоставлять кредитору в счет погашения долгов и процентов по ним".
Шведские власти постоянно увеличивали наделы своих дворян. К 1680 году в Лифляндии государству принадлежало около 1% земли, шведскому дворянству около 58% и немецкому дворянству около 35%. По мере того, как государственные земли переходили к дворянам в виде пожалований, положение крестьян ухудшалось. Как сказано во "Всемирной истории", "крестьянские земельные наделы в Прибалтике систематически сокращались, вследствие увеличения барской запашки, вызванного ростом хлебного экспорта. Уже по переписи 1638 года, не менее 22% всех крестьян являлись батраками, оставшимися без земли или имевшими лишь небольшое подсобное хозяйство. Беднейшее крестьянство, даже если оно и вело свое полевое хозяйство, находилось в весьма тяжелых условиях, прежде всего из-за недостатка рабочего скота. Волы и лошади имелись только у состоятельных крестьян. Крестьянин-бедняк нередко вынужден был сам впрягаться в соху вместе с женой и таким образом обрабатывать свой жалкий участок. Многие крестьяне не имели коров и вместо них содержали коз. Барщина на помещика считалась "нормированной" определенным количеством дней в году; фактически же помещик мог требовать и дополнительной барщины под видом "помочей" и т.п.".