Грамота патриарха 1354 г. начиналась так: «Святейшая русская митрополия, вместе с другими городами и селениями, находящимися в ея пределах, имела еще в Малой Руси город, именуемый Киев, в котором изначала была соборная церковь митрополии; здесь же имели свое жительство и преосвященные русские архиереи. Но так как [этот город] сильно пострадал от смут и безпорядков [настоящего] времени и от страшного напора соседних Аламанов и пришел в крайнее бедственное состояние»44.
Патриарх повелел митрополиту Алексею и его приемникам пребывать во Владимире, «имея здесь свое постоянное и во веки неотъемлемое место жительства»45 [там же, стр. 68]. Но, говорилось далее, «чтобы Киев, если он останется цел, был собственным престолом и первым седалищем архиерейским». В это время по просьбе великого князя Литовского Ольгерда, патриарх поставил митрополитом Литвы и Волыни монаха Романа. Роман изъявил свои притязания и на Киев. С большим трудом, расходуя большие деньги, Алексею удалось отстоять Киев. Кафедрой Романа был Новгородок, откуда он делал попытки распространить свою власть на Киев, брянскую епархию и даже Тверь, пользуясь тем, что тамошний князь Михаил был родственник и союзник Ольгерда.
В 1371 г. король Польский Казимир, владевший Галицией и частью Волыни, угрожая патриарху Филофею тем, что придется «крестить руссов в веру латинов, так как нет митрополита в (Малой) России, а земля не может быть без закона»46, вынудил патриарший собор возвести присланного им епископа Антония в митрополиты Галичские с подчинением ему епископии: Холмской, Туровской, Перемышльской и Владимирской (на Волыни). А великий князь Литовский Ольгерд, в свою очередь, прочил поставить отдельного митрополита не только для Литвы, но и для всей той Руси, которая по его представлению, была враждебна Москве (упоминая Тверь и Нижний Новгород). В этом патриарх ему отказал. После смерти Антония, в 1376 г., патриарх посвятил в митрополиты Киприана, с тем условием, чтобы он, по смерти Алексея, оставался митрополитом всей Руси. Еще при жизни митрополита Алексея, митрополит Киприан появился в Москве. Великий князь Дмитрий (Донской) заявил ему, что не имеет нужды в новом митрополите, когда жив «святитель» Алексей. Попытка закрепиться в Новгороде тоже оказалась для него не удачной, тогда Киприан отправился в Киев, где обосновался. (Киев уже воспринимался как город, не имеющий политического значения). Так, в России тогда было два митрополита: Алексей и Киприан.
В 1362 г. Дмитрий Иванович, при сильной поддержки митрополита Алексея, почитавшегося в Орде, получил ярлык на великое княжение. С этого времени началось наследственное, никем не оспоримое сидение московских людей на великокняжеском престоле.
Митрополит Алексей скончался 12 февраля 1378 г. сам Алексей своим приемником видел основателя Троицкой обители Сергия Радонежского, но тот решительно отказался. Тогда великий князь Дмитрий указал на своего духовника Михаила, называвшегося Митяем. О нем как о кандидате пошло представление в Константинополь еще при жизни Алексея. Сам же Михаил, по настоянию Дмитрия, согласился принять постриг за два года до кончины митрополита Алексея, и был поставлен архимандритом Спасского придворного монастыря.
Но кончину Алексея ожидал в Киеве и митрополит Киприан. Получив известие о ней, он в июне 1378 г. прибыл в Москву, сумев даже миновать кордоны, которые, в ожидании его приезда, были поставлены великим князем. Однако в Москве он был схвачен, посажен в заключение и с бесчестием выселен. (К этому времени относится его письмо к Сергею, в котором он жаловался на все перенесенное). В Москву же от патриарха Макария пришла грамота, в которой отрицались права Киприана, а церковь «Великой России» вручалась архимандриту Михаилу, и предлагалось последнему прибыть в Константинополь для посвящения.
К этому времени Михаил уже был возведен великим князем, в согласии с боярами, на двор митрополичий. Почти полтора года он пробыл в качестве нареченного митрополита, и у него даже возникла мысль, что его поставление было совершенно в Москве русскими епископами, на что соглашался и великий князь. Но против этого решительно восстал Суздальский епископ Дионисий. Духовенство, вообще не любило Михаила, собиравшегося навести в церковных делах больше порядка и смотрящего на церковь несколько иными глазами. Так интересно, что Михаил оказывал немалую поддержку Стефану в его миссионерской работе.
В Константинополь патриарх вызвал и архимандрита Михаила и епископа Дионисия, имея на него положительные отклики. По просьбе Михаила великий князь должен был задержать Дионисия в Москве, чтобы тот не помешал намеченной миссии. Однако Дионисию удалось освободиться от надзора, дав обещание не ехать в Царьград, с поручительством за него Сергия. Но освободившись, он тайно выехал в Константинополь, заставив этим поспешить с поездкой туда же в июле 1379 г. Михаила. Отправляя Михаила, великий князь Дмитрий снабдил его незаполненными хартиями или бланками, припечатанными великокняжеской печатью, в которых он мог вносить от имени Дмитрия грамоты и заемные письма или векселя. Путешествуя по Черному морю, когда уже был виден Константинополь, Михаил внезапно заболел и скончался. Спутникам Михаила надлежало было вернуться в Москву, но они решили провести аферу с имевшимися у них на руках ценными бумагами. После долгих споров три архимандрита остановились на Пимене, архимандрите Переславского Горицкого монастыря. Его имя было внесено в пустую хартию, как прошение великого князя. Подложность этого ходатайства не могла быть не известна в патриархии. Но туда потекли крупные средства, и Пимен был поставлен митрополитом. Огромные суммы денег были израсходованы, вместе с тем были взяты большие суммы в долг у константинопольских банкиров.
У самих посланцев оставались на руках не малые средства от всей этой операции. Все это время в Константинополе находился Суздальский епископ Дионисий, который пробыл там три года. Он не был поставлен митрополитом, а возведен только в сан архиепископа. Узнав о случившемся, великий князь разгневался и, не желая принимать Пимена, который не спешил возвращаться из Константинополя, Дмитрий пригласил на кафедру владыку Киприана и тот прибыл в Москву весной 1381 г. Через полгода вернулся и Пимен. Не доезжая Москвы, он и члены его посольства были схвачены. Посольство посадили «в железа», а Пимена сослали.
Вскоре Киприан впал в немилость великому князю за оставление Москвы во время нашествия и сожжения ее ханом Тохтамышем в 1382 г. Его выслали, митрополитом же великий князь признал Пимена, за которого несколько раз ходатайствовал патриарх. Вскоре из Константинополя вернулся архиепископ Дионисий. Он подробно осведомил великого князя о поведении Пимена в Константинополе, после чего Дмитрий низложил Пимена, а в Константинополь послал Дионисия для постановки его митрополитом. Но по пути, в Киеве Дионисий был схвачен князем Владимиром Ольгердовичем и там 15 октября 1385 г. скончался.
В Константинополе, куда отправился Пимен и Киприан, принятие решения, выбора Московского митрополита, растянулось на три года. В 1389 г. патриарх Антоний и собор провозгласили окончательно Киприана митрополитом Киевским и всей России. Было подтверждено низложение и отлучения Пимена. Он до этого недолго побывал в Москве и на обратном пути в Константинополь умер в сентябре 1389 г. в Халкидоне.
Когда митрополит Киприан занял кафедру митрополии, то в своем лице он соединил кафедры Москвы и Литовской Руси. Кафедра же Галиции оставалась особой митрополией. После смерти Галицкого митрополита Антония (зима 13911392 гг.) только часть Волыни оказалась в составе Литвы и церковно была подчинена митрополиту Киприану. Но из-за неудачных кандидатов, представлявшихся патриарху, Галицинская митрополия управлялась экзархом патриарха. История с Пименом ухудшила отношения с греками как Дмитрия Донского, так и его сына Василия I. Но помощь от России продолжала оказываться грекам, воевавшим с турками, как при митрополите Феогносте, так и при митрополите Киприане. Киприан скончался 16 сентября 1406 г., погребен в Успенском соборе.
В год смерти митрополита Киприана открылась прямая вражда, приведшая к войне, между великим князем Литовским Витовтом и его зятем великим князем Московским Василием I. Витовт не хотел иметь одного с Москвою митрополита. Поэтому, одновременно с представлением Василия I, просившего патриарха о поставлении митрополита, Витовт представил своего кандидата на отдельную Литовскую митрополию, грека, князя Полоцкого Феодосия. Но патриарх поставил в сентябре 1408 г. Фотия митрополитом над всей Россией.
1 сентября 1409 г. Фотий, в сопровождении послов императора и патриарха, прибыл в Киев. Витовт вначале встретил его недоброжелательно, но затем ему ничего не оставалось, как смириться с положением. В Москву Фотий прибыл 22 марта 1410 г. Но уже через некоторое время Витовт задумал поставить в митрополиты Литовского игумена Григория Цамблака, сменившего митрополита Киприана.
Болгарин из Терново, Григорий Цамблак, состоял при болгарском Терновском патриархе, был игуменом Дечанского монастыря в Сербии и Плинаирского в Константинополе. Он направлялся к митрополиту Киприану, но узнав в Литве об его пленении, остался там. Имея такую благородную ветвь в руках, Витовт решил воспользоваться подвернувшимся случаем. Тем временем митрополит Фотий выехал в Литву, чтобы переговорить с Витовтом, в крайнем случае, оттуда отправиться в Константинополь для воспрепятствование его намерениям. Однако по прибытии в Литву, митрополит Фотий по приказу Витовта, был схвачен, ограблен и, не пропущенный в Царьград, вернулся в Москву. Григорий же прибыл в 1411 г. в Константинополь. Фотию все же удалось воздействовать на патриарха, вследствие чего Григорий не только не был поставлен митрополитом, но из-за смущения в церкви был снят со священнического сана с последующим отлучением. Когда Григорий возвратился обратно в Литву с отказом, Витовт собрал епископов и уговорил их поставить его митрополитом вопреки патриарху. В 1415 г. Литовские епископы поставили Григория митрополитом в Новгородке. В особой грамоте епископы оправдывали свой поступок тем, что митрополит Фотий, по их уверениям, пренебрегал Киевской половиной митрополии, заботясь только о собирании дани. Митрополит Фотий, ответив своим посланием, обратился за помощью к патриарху. Патриархи Евфимий и его приемник Иосиф предали Григория отлучению. Несмотря на это Григорий продолжал оставаться митрополитом. Зимой с 1419 г. на 1420 г. Григорий скончался. В 1420 г. митрополит Фотий встретился в Новгородке с Витовтом, сумел примириться с ним. Теперь Литва снова соединилась в церковном отношении с Москвой.
При митрополите Фотии Галиция вновь соединилась с митрополией России. В 1412 г. в своей поездке в Литву митрополит Фотий посещал Галич, а в 1421 г. он снова был в Галиче и Львове. Фотий скончался 1 июня 1431 г.
После кончины Фотия в Москве предложено было представить на его место русского кандидата. Но выбор такового был задержан княжескими спорами.
В 1432 г. вел. князь Василий II избрал кандидатом в митрополиты человека, в лояльности которого великий князь не сомневался, епископа Казанского и Муромского Иону, который с 1433 г. назывался «нареченным в святейшую митрополию русскую». В этом же году великий князь Литовский Свидригайло, преемник Витовта, послал в Константинополь епископа Смоленского Герасима, для постановки его в митрополиты, что и было сделано. Герасим считал себя не только митрополитом Литвы, но и «на русскую землю». Таковым он упоминается в псковских и в третьей новгородской летописях. В 1434 г. Герасим в Смоленске поставил Евфимия архиепископом Новгородским. Герасим и Свидригайло намеривались принять участие в начавшемся соединении церквей и пересылались с этим с папой Евгением IV. Но вскоре Свидригайло заподозрил Герасима в тайных сношениях с Сигизмундом (сыном Витовта). Герасим был схвачен вблизи Смоленска, сослан в Витебск и в июле 1435 г. сожжен. Княжеская смута в России продолжалась.
В 1436 г. Василий II созвал всех архиепископов и епископов для подтверждения кандидатуры на место митрополита Рязанского архиепископа Ионы. Когда тот прибыл в Константинополь для рукоположения, то выяснилось, что его место уже занял грек Исидор. В тот момент византийцы готовились к заключению унии с католиками, в обмен на кафедру надеялись получить военную помощь против турок. Но, помня, сколь болезненно воспринимались на Руси любые идеи контакта с католиками, они вызвали на московскую кафедру человека, известного, с одной стороны, своим латинофильством, а с другой даром убеждения. К этому времени в Киеве тоже не было митрополита и, используя этот момент, Исидору удалось объединить две митрополии.
В Москву Исидор прибыл в начале апреля 1437 г., сопровождаемый владыкой Ионой. Василий II был очень недоволен назначением митрополита без его воли и прошения, и принял его только не желая рушить добрые отношения с Константинополем. В сентябре того же года Исидор отправился на Флорентийский собор, был главным действующим лицом по принятию унии, что даже удостоился звания кардинала-пресвитера и легата от ребра апостольского на провинции Литвы, Ливонии и всей России и на города, диоцезы, земли и места Лехии, т. е. Польши (вероятно, русскую Польшу или составлявшую русскую часть Польши Галицию).
Акт гласил, что Дух Святой исходит от Отца и Сына, имеющие одно начало; есть чистилище, где грешные души очищаются посредству наказания и степенью соразмерной тяжести своего греха: евхаристия может совершаться как на квасном, так и на пресном хлебе; Папа как глава Церкви имеет первенство во всем мире47.
Узнав о принятии унии в Москве, наступило смущение. Войдя в контакт с Афоном, Василий II узнал, что и в Византии духовенство (среднего звена) и миряне к унии отнеслись с негодованием. Прожив в Литве почти год, 19 марта 1441 г., на третье воскресенье великого поста, Исидор прибыл в Москву, где в Успенском соборе сразу пел молебен за великого князя и за все православное христианство. Затем Исидор совершил литургию, на которой велел поминать «вопервых» вместо имени константинопольского патриарха имя папы римского Евгения; по окончании же литургии он велел протодьякону «с орарем на амвонь и велегласно» прочесть грамоту Восьмого собора, или акт соединения. Василий Васильевич, советовавшийся три дня с русскими епископами, князьями и боярами, на четвертый день, «в середу на крестопоклонной недели», приказал Исидора взять под стражу, его поместили под домашний арест в Чудов митрополичий монастырь. Собранный Василием церковный собор, угрожая смертной казнью, без успеха старался убедить Исидора от заблуждений. Просидев в Чудовом монастыре весну и лето, он ночью 15 сентября 1441 г. со своими учениками Григорием и Афанасием бежал из Москвы. Его не преследовали. Он объявился в Твери и князь Борис Александрович посадил его «за приставов». Но Василий II приказал выпустить его (на великом посте 1442 г.) Некоторое время он был в Новгородке у Литовского князя Казимира. Но и там он почувствовал себя неловко среди православных. Оттуда он направился к папе. В 1452 г. Исидор из Рима выехал в Царьград, чтобы действовать в пользу унии, но и там побывал в тюрьме. «Кардинал Исидор, неузнанный, успел выкупиться за несколько монет на другой же день взятия Константинополя и бежал в Рим»48 пишет епископ Арсений. Папа Николай дал ему титул патриарха Константинопольского и декана кардинальской коллегии. Умер он в Риме в 1463 г. в звании титулярного Константинопольского патриарха и старейшего кардинала.